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- PDB-7ouh: Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ouh
タイトルStructure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • Integrase
  • PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
キーワードVIRAL PROTEIN / integrase / intasome / HTLV / STLV / integration / strand-transfer inhibitors / INSTI / bictegravir / BIC / drug
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. ...Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bictegravir / DNA / DNA (> 10) / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Barski, M.S. / Ballandras-Colas, A. / Cronin, N.B. / Pye, V.E. / Cherepanov, P. / Maertens, G.N.
資金援助 英国, 米国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust107005/Z/15Z 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM082251 米国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
Wellcome Trust206175/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the inhibition of HTLV-1 integration inferred from cryo-EM deltaretroviral intasome structures.
著者: Michal S Barski / Teresa Vanzo / Xue Zhi Zhao / Steven J Smith / Allison Ballandras-Colas / Nora B Cronin / Valerie E Pye / Stephen H Hughes / Terrence R Burke / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /
要旨: Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this ...Between 10 and 20 million people worldwide are infected with the human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1). Despite causing life-threatening pathologies there is no therapeutic regimen for this deltaretrovirus. Here, we screened a library of integrase strand transfer inhibitor (INSTI) candidates built around several chemical scaffolds to determine their effectiveness in limiting HTLV-1 infection. Naphthyridines with substituents in position 6 emerged as the most potent compounds against HTLV-1, with XZ450 having highest efficacy in vitro. Using single-particle cryo-electron microscopy we visualised XZ450 as well as the clinical HIV-1 INSTIs raltegravir and bictegravir bound to the active site of the deltaretroviral intasome. The structures reveal subtle differences in the coordination environment of the Mg ion pair involved in the interaction with the INSTIs. Our results elucidate the binding of INSTIs to the HTLV-1 intasome and support their use for pre-exposure prophylaxis and possibly future treatment of HTLV-1 infection.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13077
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Integrase
E: Integrase
F: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
I: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
A: Integrase
B: Integrase
C: PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
K: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,45220
ポリマ－332,19410
非ポリマー1,25810
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area31120 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area89500 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 DEABFC

#1: タンパク質
Integrase


分子量: 33943.539 Da / 分子数: 4 / 変異: A219E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 pLacI (Rosetta-2) / 参照: UniProt: Q4QY51
#2: タンパク質 PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform


分子量: 80394.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no ...詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below),fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2, PPP2R5C, KIAA0044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): LOBSTR(RIL)

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DNA鎖 , 2種, 4分子 IKJL

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 9221.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 8593.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-KLQ / Bictegravir


分子量: 449.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18F3N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA, the human PP2A B56 subunit and the drug inhibitor bictegravirCOMPLEXSample composition and source have been described in "macromolecules"#1-#40MULTIPLE SOURCES
2IntegraseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoformCOMPLEX#21RECOMBINANT
4DNACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量値: 0.3311 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)33747
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)33747
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
34Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMBis tris propane1
20.3 MSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Complex was isolated by size exclusion chromatography
試料支持詳細: Glow-discharged for 4 min at 45 mA on an Emitech K100X instrument (Electron Microscopy Sciences) and covered with a layer of graphene oxide (Sigma-Aldrich, catalogue #763705) immediately before being used.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatchv0.53粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9Coot0.8.9.2モデル精密化
10PHENIXdev-4142モデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1714199
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39731 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6Z2Y

6z2y
PDB 未公開エントリ


Accession code: 6Z2Y
詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix. ...詳細: 6Z2Y was fitted into the cryoEM map using Chimera. The model was adjusted to fit the map; metal ions and drug docked into the map manually using Coot. The final model was subjected to Phenix.real_space_refine using C2 NCS and secondary structure and metal ion coordination restraints.
Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315676
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51621688
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.3712582
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382412
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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