PDB-7ou3: Crystal structure of Tga-AGOG, an 8-oxoguanine DNA glycosylase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ou3

タイトル

Crystal structure of Tga-AGOG, an 8-oxoguanine DNA glycosylase from Thermococcus gammatolerans

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

HYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / archaea / Thermococcus gammatolerans

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus gammatolerans (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Coste, F. / Confalonieri, F. / Castaing, B.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing.
著者: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ou3.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ou3.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ou3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7olbC 7oliC 7oueC 7oy7C 7p0wC 7p8lC 7p9zC 1xqoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-glycosylase/DNA lyase

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.429, 62.452, 139.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase / 8-oxoguanine DNA glycosylase / AGOG / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase 分子量: 31021.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus gammatolerans (strain DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3) (古細菌) 株: DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3 / 遺伝子: TGAM_1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C5A7E3, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: Hepes, NaCl, PEG 1500, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→69.94 Å / Num. obs: 88713 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.49 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4393 / CC_1/2: 0.832 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1xqo

1xqo

解像度: 1.49→46.15 Å / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.4723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1918	4390	4.95 %
R_work	0.1722	84309	-
obs	0.1732	88699	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→46.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	14	319	4185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	4011
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.766	5457
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0698	607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6182	1487

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.2577	135	0.2351	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.51-1.52	0.2384	143	0.2232	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.52-1.54	0.2668	132	0.2107	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.2148	142	0.2091	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.56-1.58	0.2352	176	0.2024	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.58-1.6	0.2295	137	0.1955	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2087	133	0.2127	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2117	130	0.2076	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.65-1.68	0.2298	158	0.2075	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.2247	144	0.2024	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.7-1.73	0.2401	146	0.1877	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.73-1.77	0.1927	143	0.1722	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.77-1.8	0.185	168	0.1738	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.8-1.84	0.1785	163	0.169	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2035	147	0.1687	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-1.92	0.2281	134	0.1698	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.92-1.97	0.1946	138	0.1776	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.2058	154	0.1906	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.08	0.1683	151	0.165	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.08-2.15	0.1956	150	0.1708	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.1981	139	0.1662	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.22-2.31	0.1835	122	0.1672	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.42	0.187	136	0.1657	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.42-2.55	0.2032	170	0.1677	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.71	0.1772	158	0.1682	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.91	0.1838	141	0.1653	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.92-3.21	0.1738	166	0.1691	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.21-3.67	0.1509	145	0.1629	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.67-4.63	0.1772	139	0.1477	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.63-46.15	0.2237	150	0.1864	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.39148127705	-2.57989724339	-2.32012719647	2.85332201507	1.59108291269	1.85215964019	-0.175888602456	-0.310680405975	-0.317054879397	0.136945311531	0.108295261266	-0.0895351702684	0.257365807227	0.32632973283	0.0613464197489	0.198847324924	0.0442048030733	-0.00605482953292	0.223377776478	0.0141810806441	0.260674029142	94.3791562321	180.044834276	281.987859503
2	1.43643992909	0.457719220298	-0.354496306472	1.9921581137	-0.0915349287308	1.97823787563	0.069674747113	0.0145759341738	0.031272523106	-0.0183850553127	-0.0345955481406	0.0540932553403	-0.117192043196	-0.0531796861349	-0.0368095608291	0.122576087805	0.00899362184815	0.0184375657317	0.157889812816	0.00120898134925	0.147381552373	81.2148935857	196.797885955	279.115068678
3	5.99949151243	-2.33659936368	-2.47243369081	3.7827100458	1.79242434443	1.99590144755	0.257162533826	-0.137440011751	0.310068321584	-0.405271404635	-0.020975773534	-0.772632082493	-0.197066114201	0.336719383603	-0.211493271097	0.285938107108	0.0247310132169	0.0672041416022	0.220237003172	0.0120718517035	0.378732843323	97.7847161091	180.076081711	275.898951641
4	1.31216941974	1.24576573262	0.451643872146	2.70907452524	0.172269615275	4.03667313977	-0.378705055726	-0.0974499603791	0.0570294907375	0.0204883403168	-0.0209348624151	-0.628598914297	-0.479985812814	0.57551965835	0.274838610901	0.273156099511	-0.0951718267555	-0.0321289947363	0.293357904321	0.0721766544112	0.27764739542	79.0507644294	189.392812959	325.138213558
5	0.800935715117	-0.0292424540409	-0.0602266817463	2.29156755191	-0.251114512205	1.6696990847	-0.0272221019082	0.0143131778379	-0.0229597133001	0.0177457250672	0.0259092376013	0.0891548264691	0.049400750477	-0.0621735913576	-0.000232671055212	0.117369750873	-0.00174644085697	0.00119605320776	0.121715736698	-0.000496150347143	0.120938951664	60.5582009513	195.04251805	305.268368778
6	2.48401874021	0.131562989102	1.07561551883	3.02474765772	-0.478364114636	1.76713650017	-0.456937458774	0.361963695017	0.188109883944	-0.418410581148	0.205439035154	-0.896839450852	-0.792196098086	0.820816917582	0.132136346794	0.449643733384	-0.223821313766	0.0433668322196	0.408350202247	0.0360535724356	0.385097508724	79.170630808	189.884676663	317.451617202

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 54 )	A	A	11 - 54	1 - 44
2	2	chain 'A' and (resid 55 through 180 )	A	A	55 - 180	45 - 170
3	3	chain 'A' and (resid 181 through 263 )	A	A	181 - 263	171 - 248
4	4	chain 'B' and (resid 14 through 39 )	B	B	14 - 39	1 - 26
5	5	chain 'B' and (resid 40 through 180 )	B	B	40 - 180	27 - 167
6	6	chain 'B' and (resid 181 through 263 )	B	B	181 - 263	168 - 241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)