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- PDB-7ou3: Crystal structure of Tga-AGOG, an 8-oxoguanine DNA glycosylase fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ou3 | ||||||
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Title | Crystal structure of Tga-AGOG, an 8-oxoguanine DNA glycosylase from Thermococcus gammatolerans | ||||||
![]() | N-glycosylase/DNA lyase | ||||||
![]() | HYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / archaea / Thermococcus gammatolerans | ||||||
Function / homology | ![]() oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coste, F. / Confalonieri, F. / Castaing, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing. Authors: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 254.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 170.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 445.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7olbC ![]() 7oliC ![]() 7oueC ![]() 7oy7C ![]() 7p0wC ![]() 7p8lC ![]() 7p9zC ![]() 1xqoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 31021.797 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3 / Gene: TGAM_1653 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: C5A7E3, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 / Details: Hepes, NaCl, PEG 1500, glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.49→69.94 Å / Num. obs: 88713 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 19.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.49→1.52 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4393 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1xqo Resolution: 1.49→46.15 Å / SU ML: 0.136 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.4723 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.49→46.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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