PDB-7ou1: Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ou1

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV (monoclinic form MP2)

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / amidohydrolase / Rhizobium etli

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Imiolczyk, B. / Loch, J.I. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site.
著者: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2021年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Derived calculations / カテゴリ: atom_type / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ou1.cif.gz	498.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ou1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ou1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ou1_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ou1_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7ou1_validation.xml.gz	61.5 KB	表示
CIF形式データ	7ou1_validation.cif.gz	93.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7os3SC 7os5C 7os6C 7oz6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7os6-2 1ek6-d 1nah-1 1lrk-1 4gj5-d 1kvu-1 1n8s-d 1a9z-1 7ou1-2 1i3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/VQQIHQ / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/VQQIHQ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: L-asparaginase

BBB: L-asparaginase

CCC: L-asparaginase

DDD: L-asparaginase

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: L-asparaginase

BBB: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: L-asparaginase

DDD: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.923, 91.308, 114.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.111, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 352 / Label seq-ID: 9 - 358

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	1	1	BBB	B
3	2	2	AAA	A
4	2	2	CCC	C
5	3	3	AAA	A
6	3	3	DDD	D
7	4	4	BBB	B
8	4	4	CCC	C
9	5	5	BBB	B
10	5	5	DDD	D
11	6	6	CCC	C
12	6	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 39570.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase 由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌) 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / プラスミド: pET-151D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: Q2K0Z2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG8000, 20% PEG400, 5 mM Mg(CH3COO)2, 6 mM 3.0 mM sucrose monolaureate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→45.65 Å / Num. obs: 189888 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 21.54 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 30255 / CC_1/2: 0.795 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OS3

7os3

解像度: 1.65→45.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 5.22 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	1000	0.527 %
R_work	0.1898	188888	-
all	0.19	-	-
obs	-	189888	99.048 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.931 Å²	-0 Å²	0.344 Å²
2-	-	-0.671 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10372	0	8	1403	11783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	10744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	10161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.597	14557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.579	23390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.404	5	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.435	20.163	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.289	15	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.74	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	12587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	9465
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.079	1.29	5689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.068	1.289	5687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.697	1.928	7133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.687	1.928	7133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.702	1.462	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.702	1.462	5056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.636	2.124	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.636	2.125	7406
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.596	16.687	12547
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.545	16.33	12409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	11236
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.074	0.05	11217
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.058	0.05	11305
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.077	0.05	11323
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.082	0.05	11230
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.079	0.05	11309

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07696	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07696	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07361	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07361	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05758	0.05008
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05758	0.05008
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0769	0.05008
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0769	0.05008
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0819	0.05008
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0819	0.05008
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07944	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07944	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.646-1.689	0.298	71	0.306	13489	0.306	14147	0.705	0.698	95.8507	0.278
1.689-1.735	0.283	72	0.284	13656	0.284	13744	0.738	0.757	99.8836	0.253
1.735-1.786	0.288	70	0.26	13267	0.26	13349	0.813	0.82	99.9101	0.226
1.786-1.84	0.21	69	0.238	12935	0.238	13019	0.892	0.868	99.8848	0.202
1.84-1.901	0.261	66	0.226	12546	0.226	12654	0.882	0.882	99.6681	0.191
1.901-1.967	0.239	64	0.213	12042	0.213	12161	0.905	0.901	99.5477	0.181
1.967-2.041	0.212	62	0.199	11626	0.199	11743	0.937	0.924	99.5316	0.169
2.041-2.125	0.242	59	0.189	11234	0.19	11348	0.914	0.938	99.5153	0.163
2.125-2.219	0.209	57	0.182	10752	0.182	10883	0.929	0.945	99.32	0.156
2.219-2.327	0.209	54	0.173	10246	0.173	10370	0.929	0.949	99.325	0.149
2.327-2.452	0.179	52	0.168	9777	0.168	9906	0.955	0.952	99.2227	0.146
2.452-2.601	0.205	49	0.16	9295	0.16	9415	0.941	0.958	99.2459	0.139
2.601-2.78	0.212	46	0.159	8694	0.16	8797	0.95	0.959	99.3521	0.141
2.78-3.001	0.214	43	0.17	8095	0.17	8213	0.94	0.954	99.0868	0.155
3.001-3.286	0.195	39	0.178	7426	0.178	7538	0.954	0.951	99.0316	0.168
3.286-3.672	0.231	36	0.177	6727	0.177	6866	0.935	0.952	98.4999	0.176
3.672-4.235	0.22	31	0.165	5899	0.165	6054	0.921	0.951	97.9518	0.169
4.235-5.176	0.161	27	0.164	5008	0.164	5166	0.957	0.97	97.4642	0.17
5.176-7.274	0.169	21	0.182	3949	0.182	4018	0.961	0.958	98.8054	0.183
7.274-45.654	0.44	12	0.173	2226	0.174	2313	0.688	0.951	96.7575	0.188

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1242	0.1105	-0.0511	0.1795	-0.0587	0.1605	-0.0059	-0.0004	0.0317	0.0025	-0.0153	0.0243	0.026	-0.0211	0.0212	0.0063	-0.0043	0.0079	0.0192	-0.0115	0.0461	-36.4753	35.3605	5.2784
2	0.0961	0.0971	0	0.2162	0.0391	0.0376	0.0022	-0.0139	-0.0173	-0.0058	-0.0128	-0.0178	-0.0121	0.0033	0.0106	0.0115	-0.0039	0.0116	0.0146	0.0064	0.048	-3.2017	53.1679	5.3241
3	0.0944	-0.1454	0.0116	0.2396	-0.0487	0.1203	0.0064	0.0085	-0.0125	-0.0081	-0.0193	0.0131	-0.0052	-0.0071	0.0129	0.007	0.005	0.0087	0.0167	-0.0029	0.048	-4.0744	55.3438	51.3419
4	0.1251	-0.0827	-0.1483	0.2505	0.1224	0.1905	-0.0136	-0.041	0.0142	-0.0192	0.011	0.0004	0.0197	0.0617	0.0026	0.0104	0.0183	0.0043	0.0421	0.0091	0.0378	29.6152	38.5353	51.4278

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 352
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	353
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	354 - 506
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	3 - 352
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	353
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BbB	354 - 533
7	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	3 - 352
8	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CaC	353
9	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CbC	354 - 538
10	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	3 - 352
11	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DaD	353
12	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DbD	354 - 516

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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