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- PDB-7otj: Crystal structure of Pif1 helicase from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7otj
タイトルCrystal structure of Pif1 helicase from Candida albicans
要素
  • ATP-dependent DNA helicase PIF1
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / Helicase Pif1
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase inhibitor activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / DNA duplex unwinding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / replication fork / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA replication ...telomerase inhibitor activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial genome maintenance / DNA duplex unwinding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / replication fork / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA replication / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / mitochondrion / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / PHOSPHATE ION / DNA / ATP-dependent DNA helicase PIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Rety, S. / Xi, X.G.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural study of the function of Candida Albicans Pif1.
著者: Lu, K.Y. / Xin, B.G. / Zhang, T. / Liu, N.N. / Li, D. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
B: ATP-dependent DNA helicase PIF1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,33525
ポリマ－120,3604
非ポリマー1,97521
水2,108117
1
A: ATP-dependent DNA helicase PIF1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,38816
ポリマ－60,1802
非ポリマー1,20814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent DNA helicase PIF1
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9479
ポリマ－60,1802
非ポリマー7677
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.973, 79.960, 94.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.279, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase PIF1 / DNA repair and recombination helicase PIF1


分子量: 58399.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q59RQ0, DNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Candida albicans (酵母)

-
非ポリマー , 6種, 138分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl 0.1M pH 7.5 PEG 4K 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.575→82.51 Å / Num. obs: 40378 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 52.75 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.575→2.62 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2065 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.278 / Rrim(I) all: 0.527 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSbuilt on 20170615データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O6B

5o6b


解像度: 2.58→82.51 Å / SU ML: 0.3619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 27.892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 2072 5.14 %
Rwork0.2063 38243 -
obs0.2081 40315 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→82.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6919 210 101 117 7347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00377346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71049971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04551144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.94922773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.640.35981170.27882598X-RAY DIFFRACTION99.41
2.64-2.70.33921430.2682608X-RAY DIFFRACTION99.14
2.7-2.770.31251450.25272605X-RAY DIFFRACTION98.99
2.77-2.860.28751360.23812641X-RAY DIFFRACTION99.46
2.86-2.950.29241460.23472607X-RAY DIFFRACTION99.46
2.95-3.050.27971410.24772607X-RAY DIFFRACTION99.78
3.05-3.180.31511500.25572594X-RAY DIFFRACTION99.6
3.18-3.320.28951420.23882622X-RAY DIFFRACTION99.5
3.32-3.490.27951040.22872188X-RAY DIFFRACTION82.15
3.5-3.710.28341180.22592277X-RAY DIFFRACTION86.52
3.71-40.23421360.20892355X-RAY DIFFRACTION88.87
4-4.40.19921490.16892598X-RAY DIFFRACTION99.21
4.4-5.040.19231400.15482627X-RAY DIFFRACTION98.68
5.04-6.350.21561600.19542636X-RAY DIFFRACTION99.15
6.35-82.50.19971450.18682680X-RAY DIFFRACTION97.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10654015340.485661317109-0.8641636725150.752180580445-0.4508445265923.71323563623-0.07396501644190.0529551827534-0.04314466489310.0626802215141-0.0291318664968-0.0389732925564-0.1182516169590.0965240771331-1.866538868E-50.47533301182-0.0422192793982-0.005387092978330.368006976547-0.01151446086370.49506979936913.75901377149.0419566564373.8298049679
21.813501000390.1473218026490.1954147900451.28877285711-0.2974163312921.18906637711-0.016638776753-0.248113712334-0.952478507506-0.05941147812020.0684704346079-0.07357560154630.3090865022970.183751935374-4.77165161875E-50.712834935011-0.0179826430886-0.07099872159940.6954352060830.1636926496780.9275212951136.79466271440.21473478984987.6100070316
33.503143951720.931001558218-0.6349318457131.18652675689-0.3979286857621.44010805793-0.00168308184496-0.181348406145-0.2925695372820.11802814831-0.152052039414-0.00215075237994-0.2066120167560.06720444010413.86970174133E-50.611352651338-0.05671860795160.003216590380570.397150404886-0.005234588691740.46446426216817.89795521179.2440060513185.4570175811
42.00768961120.41794927243-0.1818452810212.43857924913-0.5778824694513.988298934670.1294007923580.2710211665250.0524264017493-0.169331368084-0.166694909072-0.144304803707-0.146348947910.309813313343-7.88114220457E-50.4619806035140.0167001829722-0.0006348613596880.4715236127060.05967287453250.48962860142945.834705802944.975553021646.9592878743
52.68178971125-0.887933183722-0.01815097838741.47556314417-0.5475094621531.664646641110.155297583368-0.00940158220130.1128611382590.0392899891103-0.226442371141-0.280627227824-0.1319185160850.39323092041-0.007223278033460.545891483056-0.125993073727-0.04026946142090.6115853426270.05898714332480.50903802156349.550120454234.888724552870.5992572932
61.65111649428-0.5804444012760.1395554419052.8101166702-0.888578636912.580225528840.1381202798840.0801392141265-0.0461670405612-0.184963973104-0.166386536924-0.338160859178-0.05447430027140.455755849068-0.01332633691380.427740107063-0.0866988843394-0.02294336143130.542895150632-0.00216646601670.4914769363550.529928062334.378564548963.9347928156
70.4457289098220.1469407447060.1223954556360.543826050928-0.3979408540460.4076713932460.478250345702-0.432981103620.6652439019510.558400042254-0.164160618849-0.721041265013-0.527008949670.248563288128-0.0002817119970820.748087250687-0.181177882394-0.02909572982410.596573003914-0.03623887302120.58121501552323.974336535617.251081709182.2396078995
80.3659819489370.05893863345150.04090967014420.437102677768-0.3144952193230.2422397910160.589901374223-0.5274542994860.4723845316490.0178519166044-0.0594775187475-0.730540382417-0.6862372596070.89335022218-0.0008675816521820.597847462057-0.166127540423-0.05303826645250.9513963402760.02940186006620.65707497294656.818661127144.691092772963.3087143635
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 366 through 618 )AA366 - 6181 - 242
22chain 'A' and (resid 619 through 780 )AA619 - 780243 - 340
33chain 'A' and (resid 781 through 878 )AA781 - 878341 - 438
44chain 'B' and (resid 366 through 560 )BE366 - 5601 - 182
55chain 'B' and (resid 561 through 674 )BE561 - 674183 - 296
66chain 'B' and (resid 675 through 881 )BE675 - 881297 - 436
77chain 'C' and (resid 1 through 6 )CI1 - 6
88chain 'D' and (resid 1 through 6 )DJ1 - 6

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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