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万見
- PDB-7ote: Src Kinase Domain in complex with ponatinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ote
タイトルSrc Kinase Domain in complex with ponatinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードONCOPROTEIN (がん遺伝子) / ATP Inhibitor / Kinase (キナーゼ) / ligand binding (リガンド) / Cell signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / primary ovarian follicle growth / regulation of caveolin-mediated endocytosis / positive regulation of ovarian follicle development / cellular response to prolactin / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of male germ cell proliferation / dendritic filopodium / regulation of cell projection assembly ...regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / primary ovarian follicle growth / regulation of caveolin-mediated endocytosis / positive regulation of ovarian follicle development / cellular response to prolactin / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of male germ cell proliferation / dendritic filopodium / regulation of cell projection assembly / regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of dephosphorylation / response to mineralocorticoid / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / ERBB2 signaling pathway / regulation of epithelial cell migration / entry of bacterium into host cell / positive regulation of protein transport / Regulation of gap junction activity / regulation of vascular permeability / BMP receptor binding / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of integrin activation / Activated NTRK2 signals through FYN / negative regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of protein processing / skeletal muscle cell proliferation / negative regulation of telomerase activity / intestinal epithelial cell development / Netrin mediated repulsion signals / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / CD28 co-stimulation / positive regulation of glucose metabolic process / transcytosis / Activated NTRK3 signals through PI3K / connexin binding / cellular response to fluid shear stress / response to acidic pH / focal adhesion assembly / signal complex assembly / podosome / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of Ras protein signal transduction / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of bone resorption / positive regulation of podosome assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / DCC mediated attractive signaling / adherens junction organization / EPH-Ephrin signaling / myoblast proliferation / Ephrin signaling / osteoclast development / negative regulation of mitochondrial depolarization / 歯の発生 / cellular response to peptide hormone stimulus / Signal regulatory protein family interactions / cellular response to fatty acid / MET activates PTK2 signaling / regulation of early endosome to late endosome transport / oogenesis / Regulation of KIT signaling / postsynaptic specialization, intracellular component / Signaling by ALK / Receptor Mediated Mitophagy / GP1b-IX-V activation signalling / CTLA4 inhibitory signaling / phospholipase activator activity / leukocyte migration / interleukin-6-mediated signaling pathway / DNA biosynthetic process / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / EPHA-mediated growth cone collapse / negative regulation of hippo signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of Notch signaling pathway / Signaling by EGFR / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / stress fiber assembly / positive regulation of smooth muscle cell migration / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Recycling pathway of L1 / regulation of heart rate by cardiac conduction / dendritic growth cone / progesterone receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / uterus development / phospholipase binding / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / 長期増強 / RHOU GTPase cycle / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of anoikis / RET signaling / FCGR activation
類似検索 - 分子機能
SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン ...SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LI / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Soriano-Maldonado, P. / Cuesta-Hernandez, H.N. / Plaza-Menacho, I.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-86710-R スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC-2016-1938 スペイン
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: An allosteric switch between the activation loop and a c-terminal palindromic phospho-motif controls c-Src function.
著者: Cuesta-Hernandez, H.N. / Contreras, J. / Soriano-Maldonado, P. / Sanchez-Wandelmer, J. / Yeung, W. / Martin-Hurtado, A. / Munoz, I.G. / Kannan, N. / Llimargas, M. / Munoz, J. / Plaza-Menacho, I.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Src Kinase Domain in complex with ponatinib
著者: Soriano-Maldonado, p. / Cuesta-Hernandez, H.N. / Plaza-Menacho, I.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,27915
ポリマ－67,1712
非ポリマー2,10813
水1,47782
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6097
ポリマ－33,5851
非ポリマー1,0236
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6718
ポリマ－33,5851
非ポリマー1,0857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.153, 124.631, 63.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 33585.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6xH corresponds to the purification tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRC, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12931, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0LI / 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide / Ponatinib / ポナチニブ / ポナチニブ


分子量: 532.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: Thin needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris 20 mM pH 8, 150 mM Sodium chloride, 1 mM DTT, 2-propanol and PEG 4.000
PH範囲: 7-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.615
11-h,-k,l20.385
反射解像度: 2.49→63.59 Å / Num. obs: 21420 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.924 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.49→8.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.041 / Num. unique obs: 20255

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EL8

3el8


解像度: 2.49→63.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 7.079 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 1164 5.4 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
obs0.1793 20255 93.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.62 Å2 / Biso mean: 43.689 Å2 / Biso min: 16.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.52 Å20 Å21.34 Å2
2--48.63 Å20 Å2
3----34.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→63.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4160 0 146 82 4388
Biso mean--47.14 36.09 -
残基数----518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7572.0075961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03639492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1435514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.77323.814194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59315744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6481530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02896
LS精密化 シェル解像度: 2.494→2.559 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 79 -
Rwork0.232 1378 -
all-1457 -
obs--86.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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