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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ot9 | ||||||
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タイトル | Structure of the AI-2 exporter family protein YdiK from E. coli | ||||||
要素 | AI-2E member YdiK | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / cryo-EM / membrane protein / autoinducer-2 exporter / quorum sensing / pentamer / protein oligomerization / AI-2E / transporter | ||||||
機能・相同性 | Transmembrane protein TqsA-like / AI-2E family transporter / plasma membrane / Putative transport protein YdiK 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Khera, R. / Xie, H. / Michel, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of pentameric autoinducer-2 exporter from Escherichia coli reveal its transport mechanism. 著者: Radhika Khera / Ahmad R Mehdipour / Jani R Bolla / Joerg Kahnt / Sonja Welsch / Ulrich Ermler / Cornelia Muenke / Carol V Robinson / Gerhard Hummer / Hao Xie / Hartmut Michel / 要旨: Bacteria utilize small extracellular molecules to communicate in order to collectively coordinate their behaviors in response to the population density. Autoinducer-2 (AI-2), a universal molecule for ...Bacteria utilize small extracellular molecules to communicate in order to collectively coordinate their behaviors in response to the population density. Autoinducer-2 (AI-2), a universal molecule for both intra- and inter-species communication, is involved in the regulation of biofilm formation, virulence, motility, chemotaxis, and antibiotic resistance. While many studies have been devoted to understanding the biosynthesis and sensing of AI-2, very little information is available on its export. The protein TqsA from Escherichia coli, which belongs to the AI-2 exporter superfamily, has been shown to export AI-2. Here, we report the cryogenic electron microscopic structures of two AI-2 exporters (TqsA and YdiK) from E. coli at 3.35 Å and 2.80 Å resolutions, respectively. Our structures suggest that the AI-2 exporter exists as a homo-pentameric complex. In silico molecular docking and native mass spectrometry experiments were employed to demonstrate the interaction between AI-2 and TqsA, and the results highlight the functional importance of two helical hairpins in substrate binding. We propose that each monomer works as an independent functional unit utilizing an elevator-type transport mechanism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ot9.cif.gz | 196.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ot9.ent.gz | 154.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ot9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ot9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ot9_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ot9_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ot9_validation.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ot9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7ot9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13057MC 7nb6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39865.891 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFS7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric YdiK / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.199 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBADC3 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris (pH 7.5), 150 mM NaCl and 0.006% GDN |
試料 | 濃度: 3.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Its a membrane protein and for purification, glyco-diosgenin was used. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot time 4 s, blot force +20 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7378 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1222739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 619311 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |