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万見
- PDB-7ot1: Human Prolyl-tRNA Synthetase in Complex with L-proline and Compound 3c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ot1
タイトルHuman Prolyl-tRNA Synthetase in Complex with L-proline and Compound 3c
要素Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / beta barrel / tRNA synthetase / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation ...regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA aminoacylation for protein translation / GAIT complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cellular response to type II interferon / RNA stem-loop binding / cellular response to insulin stimulus / GTPase binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / WHEP-TRS domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / WHEP-TRS domain signature. ...Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / WHEP-TRS domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1AI / PROLINE / STRONTIUM ION / Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Pang, L. / Zitko, J. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G077814N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0A4616N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)1S53516N ベルギー
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Towards Novel 3-Aminopyrazinamide-Based Prolyl-tRNA Synthetase Inhibitors: In Silico Modelling, Thermal Shift Assay and Structural Studies.
著者: Pang, L. / Weeks, S.D. / Juhas, M. / Strelkov, S.V. / Zitko, J. / Van Aerschot, A.
履歴
登録2021年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
B: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,75414
ポリマ－116,1752
非ポリマー1,58012
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area37340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.273, 88.968, 84.749
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase / Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl- ...Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl-prolyl-tRNA synthetase


分子量: 58087.375 Da / 分子数: 2 / 断片: Prolyl-tRNA synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPRS1, EPRS, GLNS, PARS, QARS, QPRS, PIG32 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS
参照: UniProt: P07814, glutamate-tRNA ligase, proline-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1AI / ~{N}-[(2-methylphenyl)methyl]-3-[(2-methylphenyl)methylamino]pyrazine-2-carboxamide


分子量: 346.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: The purified protein at 30 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 2.5 mM 2-mercaptoethanol was incubated with 10 mM L-proline, 2 mM compound and 12% (v/v) DMSO on ice for 1 hr. Crystals were ...詳細: The purified protein at 30 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 2.5 mM 2-mercaptoethanol was incubated with 10 mM L-proline, 2 mM compound and 12% (v/v) DMSO on ice for 1 hr. Crystals were grown in a Terasaki Microbatch plate by mixing 1 uL the pre-mix with 1 uL of reservoir solution containing 0.25-0.4 M SrCl2, 15-20% (v/v) PEG3350 and 100 mM HEPES pH 7.5. The drops were covered with paraffin oil. Crystals were flash frozen in liquid nitrogen directly from the plate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→65.89 Å / Num. obs: 26108 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 95934 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.71-2.863.90.7771499138650.7070.4470.8992.399.5
8.57-65.893.50.04530248690.9960.0270.05218.198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VAD

5vad


解像度: 2.71→65.89 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 1230 4.71 %
Rwork0.2136 24857 -
obs0.2169 26087 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.89 Å2 / Biso mean: 52.1807 Å2 / Biso min: 15.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→65.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7486 0 76 70 7632
Biso mean--54.5 41.5 -
残基数----966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.71-2.820.35271470.27892790293799
2.82-2.950.33951520.26622757290999
2.95-3.10.32481200.24682775289599
3.1-3.30.30461190.23892736285596
3.3-3.550.32061560.21882630278694
3.55-3.910.29181360.19962656279294
3.91-4.480.25841090.179628402949100
4.48-5.640.22281620.17992793295599
5.64-65.890.28061290.22682880300999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3791-1.7627-4.90016.05952.72898.42950.01190.22260.65110.10510.0522-0.4699-0.84940.271-0.0280.2702-0.0609-0.08410.22140.02270.358119.055238.764737.1154
22.75990.8073-0.26171.0636-0.51292.1436-0.07750.3826-0.1771-0.19120.34530.41180.047-0.2328-0.22310.1790.00860.00990.2533-0.03030.35281.981728.013216.6333
33.19671.4331.7732.58930.6462.4607-0.0455-0.20920.35680.0151-0.1920.2544-0.1507-0.25820.18570.16140.03370.12350.3173-0.03950.16894.246634.660125.1203
44.80541.07374.34170.96961.96725.427-0.0343-0.00190.10280.1492-0.0320.23360.0937-0.13720.10230.18480.00450.06090.31830.05330.3409-7.502828.989528.3305
54.519-3.06311.88213.6649-1.79481.5978-0.0784-0.3853-0.11180.03740.0088-0.0996-0.021-0.05530.06590.27440.01950.03030.3153-0.06670.310815.832723.865149.8972
65.6529-0.5017-1.08043.9936-0.33464.56740.001-0.54541.0769-0.32140.12821.0135-0.42160.1486-0.16310.31840.0420.00940.469-0.09390.7582-13.216445.514539.0862
71.76290.59780.40572.03560.1971.42310.05130.2866-0.0527-0.30330.1354-0.2660.02640.2005-0.10480.20050.00860.10250.355-0.0130.390113.761520.02019.8911
81.16840.1574-0.41562.26970.19471.7081-0.11980.10780.2045-0.04740.0463-0.0061-0.01980.06170.08980.1799-0.01150.06040.33470.02940.318321.98630.144215.4929
94.24640.91940.65223.74741.17052.4171-0.14520.4616-0.8851-0.02480.546-0.3738-0.37840.1482-0.35870.22270.08790.06490.4824-0.14630.563729.828214.30029.1801
102.12541.20090.91621.65141.57251.42230.3813-0.1468-0.47430.426-0.3831-0.04130.4772-0.2691-0.01490.4371-0.0909-0.02540.34860.02670.48428.26123.520415.0773
114.8691.9233-1.48780.8828-0.55231.77320.06610.7245-0.6338-0.3152-0.144-0.27830.22690.22950.10660.53670.1730.0950.6037-0.09980.651731.4338.9839-4.7881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1016 through 1050 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1051 through 1151 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1152 through 1178 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1179 through 1287 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1288 through 1450 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1451 through 1512 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1015 through 1100 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1101 through 1178 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1179 through 1245 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1246 through 1399 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1400 through 1512 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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