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- PDB-7oso: The crystal structure of Erwinia tasmaniensis levansucrase in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oso
タイトルThe crystal structure of Erwinia tasmaniensis levansucrase in complex with (S)-1,2,4-butanentriol
要素Levansucrase (Beta-D-fructofuranosyl transferase)
キーワードTRANSFERASE / fructosyltransferase / levan / FOS / transfructosylation / fructo-oligosaccharides / oligofructans
機能・相同性levansucrase / levansucrase activity / Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / carbohydrate utilization / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / metal ion binding / (2~{S})-butane-1,2,4-triol / levansucrase
機能・相同性情報
生物種Erwinia tasmaniensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Polsinelli, I. / Salomone-Stagni, M. / Benini, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Erwinia tasmaniensis levansucrase shows enantiomer selection for (S)-1,2,4-butanetriol.
著者: Polsinelli, I. / Salomone-Stagni, M. / Benini, S.
#1: ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: The Structure of Sucrose-Soaked Levansucrase Crystals from Erwinia tasmaniensis reveals a Binding Pocket for Levanbiose.
著者: Polsinelli, I. / Caliandro, R. / Demitri, N. / Benini, S.
#2: ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2019
タイトル: Comparison of the Levansucrase from the epiphyte Erwinia tasmaniensis vs its homologue from the phytopathogen Erwinia amylovora.
著者: Polsinelli, I. / Caliandro, R. / Salomone-Stagni, M. / Demitri, N. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Benini, S.
履歴
登録2021年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Levansucrase (Beta-D-fructofuranosyl transferase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4425
ポリマ－46,1391
非ポリマー3024
水9,314517
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, same as all levansucrases known to date
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.713, 127.713, 61.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Levansucrase (Beta-D-fructofuranosyl transferase)


分子量: 46139.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia tasmaniensis (strain DSM 17950 / CIP 109463 / Et1/99) (バクテリア)
株: DSM 17950 / CIP 109463 / Et1/99 / 遺伝子: lsc, ETA_34670
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B2VCC3, levansucrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-0V1 / (2~{S})-butane-1,2,4-triol / (S)-1,2,4-butanentriol / (S)-1,2,4-ブタントリオ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3000 15%, 1,2,4-Butanetriol (CAS 3068-00-6) 20%, NDSB 256 1%, 2.5 mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 2.5 mM Cobalt(II) chloride hexahydrate, 2.5 mM Nickel(II) chloride hexahydrate, 2. ...詳細: PEG 3000 15%, 1,2,4-Butanetriol (CAS 3068-00-6) 20%, NDSB 256 1%, 2.5 mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 2.5 mM Cobalt(II) chloride hexahydrate, 2.5 mM Nickel(II) chloride hexahydrate, 2.5 mM Zinc acetate dihydrate)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.19 Å / Num. obs: 189742 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 20.95 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.25
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 30398 / CC1/2: 0.686

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D47

4d47


解像度: 1.4→45.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 2.117 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0474 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1638 4939 5 %RANDOM
Rwork0.1326 ---
obs0.1342 94247 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.49 Å2 / Biso mean: 24.355 Å2 / Biso min: 15.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å2-0 Å2
2---0.34 Å2-0 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3206 0 10 517 3733
Biso mean--25.86 41.83 -
残基数----412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.6494613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4251.5776885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3465429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.10522.588170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.62115501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0621517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8136334
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 335 -
Rwork0.332 6754 -
obs--97.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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