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- PDB-7osn: IRED361 from Micromonospora sp. in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7osn
タイトルIRED361 from Micromonospora sp. in complex with NADP+
要素6-phosphogluconate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / amine / NADP / imine
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 6-phosphogluconate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora sp. Rc5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Gilio, A.K. / Harawa, V. / Turner, N. / Grogan, G.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of Stereoenriched Piperidines via Chemo-Enzymatic Dearomatization of Activated Pyridines.
著者: Harawa, V. / Thorpe, T.W. / Marshall, J.R. / Sangster, J.J. / Gilio, A.K. / Pirvu, L. / Heath, R.S. / Angelastro, A. / Finnigan, J.D. / Charnock, S.J. / Nafie, J.W. / Grogan, G. / Whitehead, R.C. / Turner, N.J.
履歴
登録2021年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,84912
ポリマ－189,3886
非ポリマー4,4606
水2,954164
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6164
ポリマ－63,1292
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
2
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6164
ポリマ－63,1292
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11670 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
3
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6164
ポリマ－63,1292
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10660 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area20890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.000, 142.000, 266.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
6-phosphogluconate dehydrogenase


分子量: 31564.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora sp. Rc5 (バクテリア)
遺伝子: BSA16_00815 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S8Y2S4
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % PEG 3350 w/v, 0.1 M MgCl2 and 2 mM NADP+

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50.28 Å / Num. obs: 63163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.61 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4397 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.26 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OCM

5ocm


解像度: 2.55→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 --
Rwork0.26 --
obs-63163 100 %
原子変位パラメータBiso max: 168.7 Å2 / Biso min: 12.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12511 0 288 170 12969
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.61 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.26 -
Rwork0.307 -
obs-4397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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