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- PDB-7osm: Intermediate translocation complex of 80 S.cerevisiae ribosome wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7osm
タイトルIntermediate translocation complex of 80 S.cerevisiae ribosome with eEF2 and ligands
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 23
  • (60S ribosomal protein ...) x 27
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • BJ4_G0001880.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0003770.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0005750.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0008010.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0008090.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0008850.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0020000.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0020710.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0022010.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0025510.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0026100.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0027750.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0032190.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0033900.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0044250.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0045400.mRNA.1.CDS.1
  • Elongation factor 2
  • FMET tRNA
  • HLJ1_G0030400.mRNA.1.CDS.1
  • HN1_G0013350.mRNA.1.CDS.1
  • MRNA
  • PHE tRNA
  • Ribosomal protein L37
  • Rps5p
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • eL41
  • eS28
キーワードRIBOSOME / translocation / eEF2 / tRNA / mRNA / eukaryotic ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal subunit / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...ribosomal subunit / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation elongation factor activity / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
60S acidic ribosomal protein P0 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily ...60S acidic ribosomal protein P0 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / EF-G domain III/V-like / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / Small ribosomal subunit protein eS1 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / Small ribosomal subunit protein eS1 / RPS22A isoform 1 / 60S acidic ribosomal protein P0 / RPS31 isoform 1 / 40S ribosomal protein S26 / RPL38 isoform 1 / RPL10 isoform 1 / RPS29A isoform 1 / RPS20 isoform 1 / RPS2 isoform 1 / 60S ribosomal protein L29 / RPL24A isoform 1 / 40S ribosomal protein S25 / RPL5 isoform 1 / 40S ribosomal protein S8 / RPL12A isoform 1 / RPL4A isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL3 / RPS15 isoform 1 / RPS28A isoform 1 / RPL11A isoform 1 / Elongation factor 2 / 60S ribosomal protein L2-B / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L31-A / 40S ribosomal protein S11-B / EM14S01-3B_G0023620.mRNA.1.CDS.1 / 60S ribosomal protein L25 / BJ4_G0018510.mRNA.1.CDS.1 / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L23-B / 60S ribosomal protein L16-A / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L34-A / : / 40S ribosomal protein S10-A / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S0 / : / 60S ribosomal protein L22-A / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L18-B / 40S ribosomal protein S14-A / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L13 / 40S ribosomal protein S18-B / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S23 / 60S ribosomal protein L42-B / 60S ribosomal protein L17-A / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L37 / EM14S01-3B_G0023350.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0022060.mRNA.1.CDS.1 / 60S ribosomal protein L6 / 40S ribosomal protein S19-A / EM14S01-3B_G0017920.mRNA.1.CDS.1 / 60S ribosomal protein L7-A / 60S ribosomal protein L20 / Ubiquitin / EM14S01-3B_G0041280.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0013350.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0018500.mRNA.1.CDS.1 / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Djumagulov, M. / Jenner, L. / Rozov, A. / Demeshkina, N. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Accuracy mechanism of eukaryotic ribosome translocation.
著者: Djumagulov, M. / Demeshkina, N. / Jenner, L. / Rozov, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Adams, P.D.
履歴
登録2021年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
25S: 25S rRNA
AB: 5S rRNA
58S: 5.8S rRNA
uL10: 60S acidic ribosomal protein P0
uL2: 60S ribosomal protein L2-B
uL3: 60S ribosomal protein L3
uL4: BJ4_G0008850.mRNA.1.CDS.1
uL18: 60S ribosomal protein L5
eL6: 60S ribosomal protein L6
uL30: 60S ribosomal protein L7-A
eL8: 60S ribosomal protein L8-A
uL6: 60S ribosomal protein L9-A
uL16: 60S ribosomal protein L10
uL5: BJ4_G0027750.mRNA.1.CDS.1
eL13: 60S ribosomal protein L13
eL14: 60S ribosomal protein L14-A
eL15: 60S ribosomal protein L15-A
uL13: 60S ribosomal protein L16-A
uL22: BJ4_G0005750.mRNA.1.CDS.1
eL18: BJ4_G0033900.mRNA.1.CDS.1
eL19: 60S ribosomal protein L19-A
eL20: 60S ribosomal protein L20
eL21: BJ4_G0003770.mRNA.1.CDS.1
eL22: 60S ribosomal protein L22-A
uL14: 60S ribosomal protein L23-B
eL24: 60S ribosomal protein L24-A
uL23: 60S ribosomal protein L25
uL24: 60S ribosomal protein L26-A
eL27: 60S ribosomal protein L27
uL15: 60S ribosomal protein L28
eL29: 60S ribosomal protein L29
eL30: BJ4_G0020000.mRNA.1.CDS.1
eL31: BJ4_G0008090.mRNA.1.CDS.1
eL32: HN1_G0013350.mRNA.1.CDS.1
eL33: BJ4_G0025510.mRNA.1.CDS.1
eL34: 60S ribosomal protein L34-A
uL29: BJ4_G0044250.mRNA.1.CDS.1
eL36: 60S ribosomal protein L36-A
eL37: Ribosomal protein L37
eL38: BJ4_G0032190.mRNA.1.CDS.1
eL39: 60S ribosomal protein L39
eL40: Ubiquitin
eL41: eL41
eL42: BJ4_G0001880.mRNA.1.CDS.1
eL43: 60S ribosomal protein L43-A
18S: 18S rRNA
uS2: 40S ribosomal protein S0
eS1: 40S ribosomal protein S1
uS5: 40S ribosomal protein S2
uS3: BJ4_G0045400.mRNA.1.CDS.1
eS4: 40S ribosomal protein S4
uS7: Rps5p
eS6: 40S ribosomal protein S6
eS7: 40S ribosomal protein S7
eS8: 40S ribosomal protein S8
uS4: BJ4_G0026100.mRNA.1.CDS.1
eS10: 40S ribosomal protein S10-A
uS17: 40S ribosomal protein S11-B
uS15: 40S ribosomal protein S13
uS11: 40S ribosomal protein S14-A
uS19: 40S ribosomal protein S15
uS9: BJ4_G0008010.mRNA.1.CDS.1
eS17: BJ4_G0020710.mRNA.1.CDS.1
uS13: 40S ribosomal protein S18-B
eS19: 40S ribosomal protein S19-A
uS10: 40S ribosomal protein S20
eS21: 40S ribosomal protein S21
uS8: 40S ribosomal protein S22-A
uS12: 40S ribosomal protein S23
eS24: 40S ribosomal protein S24
eS25: 40S ribosomal protein S25
eS26: 40S ribosomal protein S26
eS27: 40S ribosomal protein S27-A
eS28: eS28
uS14: HLJ1_G0030400.mRNA.1.CDS.1
eS30: 40S ribosomal protein S30
RACK: BJ4_G0022010.mRNA.1.CDS.1
eS31: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
eEF2: Elongation factor 2
ASIT: PHE tRNA
PSIT: FMET tRNA
mRNA: MRNA
uL11: 60S ribosomal protein L12-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,300,085591
ポリマ－3,286,91083
非ポリマー13,175508
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)233.490, 299.850, 513.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 25SAB58S18SASITPSITmRNA

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1097492.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1331532632
#46: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 579126.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701
#80: RNA鎖 PHE tRNA


分子量: 24726.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#81: RNA鎖 FMET tRNA


分子量: 24801.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#82: RNA鎖 MRNA


分子量: 2511.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
タンパク質 , 25種, 25分子 uL10uL4uL5uL22eL18eL21eL30eL31eL32eL33uL29eL37eL38eL40eL42uS3uS7uS4uS9eS17eS28uS14RACKeS31eEF2

#4: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PT43
#7: タンパク質 BJ4_G0008850.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0046040.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0043150.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0008630.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0046040.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0043150.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0008630.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043850.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0043660.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0043210.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0043730.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0045660.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0043700.mRNA.1.CDS.1


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3W0
#14: タンパク質 BJ4_G0027750.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0056660.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0020140.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0025100.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0056660.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0020140.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0025100.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0056670.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0025110.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0020160.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0020670.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0022650.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0020830.mRNA.1.CDS.1


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7I9
#19: タンパク質 BJ4_G0005750.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0031710.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0003030.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0003100.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0031710.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0003030.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0003100.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0031620.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0003070.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0003160.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0003110.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0005910.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0003310.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BCL1
#20: タンパク質 BJ4_G0033900.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0048190.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025830.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036520.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_ ...BJ4_G0048190.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025830.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036520.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0025960.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0009590.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031330.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0011980.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0009820.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036540.mRNA.1.CDS.1


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1A7F6
#23: タンパク質 BJ4_G0003770.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0018510.mRNA.1.CDS.1


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YTI6
#32: タンパク質 BJ4_G0020000.mRNA.1.CDS.1


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZM08
#33: タンパク質 BJ4_G0008090.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0045320.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042370.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0007930.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0045320.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042370.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0007930.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043110.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0042950.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0042500.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0043010.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0044940.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0042960.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YFR2
#34: タンパク質 HN1_G0013350.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9CD28
#35: タンパク質 BJ4_G0025510.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0054440.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0017920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0022850.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0054440.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0017920.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0022850.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0054430.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0022890.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0017940.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0018420.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0020460.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0018560.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1C3H0
#37: タンパク質 BJ4_G0044250.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0041280.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0041880.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0041430.mRNA.1.CDS.1 / ...EM14S01-3B_G0041280.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0041880.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0041430.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0043840.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0041890.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9BRN0
#39: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BIE7
#40: タンパク質 BJ4_G0032190.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0038170.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0039190.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0029860.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0038170.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0039190.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0029860.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0038220.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0029640.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0039350.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0029560.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0041730.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0029760.mRNA.1.CDS.1


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUL8
#42: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8S9K0
#44: タンパク質 BJ4_G0001880.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0013440.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0010810.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0056520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0010910. ...BJ4_G0013440.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0010810.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0056520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0010910.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0056250.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0010600.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0010840.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0001900.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0011070.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1B5X0
#50: タンパク質 BJ4_G0045400.mRNA.1.CDS.1


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZVK6
#52: タンパク質 Rps5p


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A1L4AA68
#56: タンパク質 BJ4_G0026100.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0018500.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023450.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0023480.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_ ...EM14S01-3B_G0018500.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023450.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0023480.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0018540.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0021040.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0019160.mRNA.1.CDS.1


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A7I9GPQ3
#62: タンパク質 BJ4_G0008010.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0045230.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0007850.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0045230.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0042280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0007850.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0042070.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043020.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0023670.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0024190.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0026180.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0042870.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YQ58
#63: タンパク質 BJ4_G0020710.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040570.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0022060.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018110.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0040570.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0022060.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018110.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0040530.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0018060.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0022100.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0022620.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0024670.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0022810.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BLL7
#74: タンパク質 eS28


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q700
#75: タンパク質 HLJ1_G0030400.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0038740.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0030180.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0039900.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...HLJ1_G0038740.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0030180.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0039900.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0030120.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0042270.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0030330.mRNA.1.CDS.1


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PV92
#77: タンパク質 BJ4_G0022010.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0041890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0023350.mRNA.1.CDS.1 / Guanine nucleotide-binding protein ...BJ4_G0041890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0023350.mRNA.1.CDS.1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / HLJ1_G0019440.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0019400.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0023400.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0023940.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0025910.mRNA.1.CDS.1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BKH8
#78: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PU37
#79: タンパク質 Elongation factor 2


分子量: 93549.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q7K2

+
60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 uL2uL3uL18eL6uL30eL8uL6uL16eL13eL14eL15uL13eL19eL20eL22uL14eL24uL23uL24eL27uL15eL29eL34eL36eL39eL43uL11

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L2-B / BJ4_G0017640.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0052790.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0056090.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_ ...BJ4_G0017640.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0052790.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0056090.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0049790.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0053940.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0053700.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0053260.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0053690.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0055700.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Y8L2
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / BJ4_G0035580.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0049970.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0027500.mRNA.1.CDS.1 / HN1_ ...BJ4_G0035580.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0049970.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0027500.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0038260.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0027670.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0030010.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0038280.mRNA.1.CDS.1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q627
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / BJ4_G0025610.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0054540.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0022950.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0018660.mRNA.1.CDS.1


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0W8
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BLT3
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8RJA7
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / BJ4_G0029950.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0035810.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0037000.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0029950.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0035810.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0037000.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0027670.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0035970.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0027430.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0037140.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0027370.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0039550.mRNA.1.CDS.1


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUZ5
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AF71
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / BJ4_G0026140.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0055070.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0052010.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0026140.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0055070.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0052010.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0052810.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0052690.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0052670.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0054680.mRNA.1.CDS.1


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZD57
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6V8RR03
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / BJ4_G0029820.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0035690.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0036880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0029820.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0035690.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0036880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0027540.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0035840.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0027300.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0037020.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0027240.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0027440.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZZW6
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L23-B / BJ4_G0015890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0012990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0001130.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0015890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0012990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0001130.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0013350.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0013410.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0012990.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0001980.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0001980.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0013520.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Z7E4
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / BJ4_G0019990.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040660.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0032620.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0019990.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040660.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0032620.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0019730.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0033130.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032980.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0038260.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0033090.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PY83
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / BJ4_G0033830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036700.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0048120.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036450. ...BJ4_G0033830.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036700.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0048120.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036450.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031260.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036470.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YSM0
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZQQ7
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / BJ4_G0019380.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040060.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0031990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0019380.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040060.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0031990.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0019110.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032520.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032350.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0032170.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0037610.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0034590.mRNA.1.CDS.1


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZDK5
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWR1
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / BJ4_G0003940.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0015190.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0001280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0003940.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0015190.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0001280.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0001330.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0014970.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0001300.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0001340.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0004140.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0001350.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZFW3
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1ASX0
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L12-B / BJ4_G0002860.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0014050.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0000190.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0002860.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0014050.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0000190.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0000220.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0013810.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0000200.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0000240.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0003040.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0000220.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q275

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 eL41

#43: タンパク質・ペプチド eL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 uS2eS1uS5eS4eS6eS7eS8eS10uS17uS15uS11uS19uS13eS19uS10eS21uS8uS12eS24eS25eS26eS27eS30

#47: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZRP4
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PRY4
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / BJ4_G0039880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018940.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032340.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032170. ...BJ4_G0039880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018940.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0032340.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0032170.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0037420.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0032300.mRNA.1.CDS.1


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWF7
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Z3Q0
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AMY1
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1ACT7
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1H1
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / BJ4_G0052110.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0029550.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0040520.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0052110.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0029550.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0040520.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0052080.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0040350.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0029740.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0035120.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0032110.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0040350.mRNA.1.CDS.1


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZM59
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S11-B / BJ4_G0008990.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0017130.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0043020.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0008990.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0017130.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0043020.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0008760.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0014680.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043980.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0014240.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0014590.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0014780.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YMX6
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / BJ4_G0046510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0009120.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0044330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0044100. ...BJ4_G0046510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0009120.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0044330.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0044100.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0044200.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0044190.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YFM5
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / BJ4_G0005840.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0054020.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0050970.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0005840.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0054020.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0050970.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0051820.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0051650.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0051180.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0051630.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0053620.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0051740.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AAG7
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / BJ4_G0034640.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0026550.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0037510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0034640.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0026550.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0037510.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0048960.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0037290.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0026690.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0032080.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0029070.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0037310.mRNA.1.CDS.1


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q6F2
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S18-B / BJ4_G0020690.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040550.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0047090.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0020690.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0040550.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0047090.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0012740.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0047970.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0047210.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0047790.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0049690.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0022790.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AIT6
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / BJ4_G0033890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025820.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036760.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0033890.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0025820.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0036760.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0048180.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0036510.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0025950.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0031320.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0028360.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0036530.mRNA.1.CDS.1


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BWT3
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / BJ4_G0000330.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0023380.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0053970.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0000330.mRNA.1.CDS.1 / BJ4_G0023380.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0053970.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023150.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0054920.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0054660.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0054700.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0054930.mRNA.1.CDS.1


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PVE9
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BDN3
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / BJ4_G0008720.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0005800.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006100.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0008720.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0005800.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0006100.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0028000.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0006170.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0005950.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0006150.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_4_G0008600.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0006330.mRNA.1.CDS.1


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PSE9
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / BJ4_G0028020.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0020410.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0021090.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_ ...BJ4_G0028020.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0020410.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0021090.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0025380.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0034480.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0025390.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0034320.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16_1_G0034150.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0039600.mRNA.1.CDS.1


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1B1T2
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1AUB6
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PZ18
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUG0
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1A1E1

-
非ポリマー , 3種, 508分子

#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, KSCN, Tris-HAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→149.93 Å / Num. obs: 712272 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 172 % / Biso Wilson estimate: 105.49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 58317 / CC1/2: 0.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc4_4035精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V88

4v88


解像度: 3→149.93 Å / SU ML: 0.8588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.5857
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2845 1999 0.28 %
Rwork0.2277 710273 -
obs0.2278 712272 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 120.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→149.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数92595 113932 539 0 207066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055221713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0268325381
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.050340778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007621512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0928100031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.47891400.405650216X-RAY DIFFRACTION99.76
3.07-3.160.43231420.3950448X-RAY DIFFRACTION99.95
3.16-3.250.38981430.363750444X-RAY DIFFRACTION99.99
3.25-3.360.4111420.334150415X-RAY DIFFRACTION99.99
3.36-3.480.32641420.300950510X-RAY DIFFRACTION99.99
3.48-3.620.31461420.27550564X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.780.32371430.251250563X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.980.32391420.227650561X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.230.24981430.207950720X-RAY DIFFRACTION100
4.23-4.550.28111420.201950694X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.010.27211430.199650799X-RAY DIFFRACTION100
5.01-5.740.26751440.200950992X-RAY DIFFRACTION100
5.74-7.230.27531440.222751193X-RAY DIFFRACTION100
7.23-149.930.24041470.195352154X-RAY DIFFRACTION99.84

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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