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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7osm | ||||||
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タイトル | Intermediate translocation complex of 80 S.cerevisiae ribosome with eEF2 and ligands | ||||||
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![]() | RIBOSOME / translocation / eEF2 / tRNA / mRNA / eukaryotic ribosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal subunit / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...ribosomal subunit / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein-RNA complex assembly / translation elongation factor activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Djumagulov, M. / Jenner, L. / Rozov, A. / Demeshkina, N. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Accuracy mechanism of eukaryotic ribosome translocation. 著者: Djumagulov, M. / Demeshkina, N. / Jenner, L. / Rozov, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G. #1: ![]() 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 5.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 7種, 7分子 25SAB58S18SASITPSITmRNA
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097492.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: RNA鎖 | 分子量: 579126.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#80: RNA鎖 | 分子量: 24726.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#81: RNA鎖 | 分子量: 24801.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#82: RNA鎖 | 分子量: 2511.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
+タンパク質 , 25種, 25分子 uL10uL4uL5uL22eL18eL21eL30eL31eL32eL33uL29eL37eL38eL40eL42uS3uS7uS4uS9eS17eS28uS14RACKeS31eEF2
+60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 uL2uL3uL18eL6uL30eL8uL6uL16eL13eL14eL15uL13eL19eL20eL22uL14eL24uL23uL24eL27uL15eL29eL34eL36eL39eL43uL11
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 eL41
#43: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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+40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 uS2eS1uS5eS4eS6eS7eS8eS10uS17uS15uS11uS19uS13eS19uS10eS21uS8uS12eS24eS25eS26eS27eS30
-非ポリマー , 3種, 508分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
#84: 化合物 | ChemComp-MG / #85: 化合物 | ChemComp-ZN / #86: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, KSCN, Tris-HAc |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→149.93 Å / Num. obs: 712272 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 172 % / Biso Wilson estimate: 105.49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.35 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.314 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / Num. unique obs: 58317 / CC1/2: 0.14 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4V88 解像度: 3→149.93 Å / SU ML: 0.8588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.5857 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 120.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→149.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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