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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7osc | ||||||
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タイトル | Solution structure of antimicrobial peptide cathelicidin-1 PcDode from sperm whale Physeter catodon | ||||||
要素 | cathelicidin-1-like | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / CATHELICIDIN | ||||||
機能・相同性 | Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / defense response / extracellular region / cathelicidin-1-like 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Mironov, P.A. / Myshkin, M.Y. / Shenkarev, Z.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021 タイトル: Dodecapeptide Cathelicidins of Cetartiodactyla: Structure, Mechanism of Antimicrobial Action, and Synergistic Interaction With Other Cathelicidins 著者: Bolosov, I.A. / Panteleev, P.V. / Sychev, S.V. / Sukhanov, S.V. / Mironov, P.A. / Myshkin, M.Y. / Shenkarev, Z.O. / Ovchinnikova, T.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7osc.cif.gz | 160.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7osc.ent.gz | 136.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7osc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7osc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7osc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7acbC 7aceC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2787.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter macrocephalus (マッコウクジラ) 遺伝子: LOC102973809 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Y9FJE4 |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.6 mM PCdode, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O / Label: natural abundance / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.01 mM / Label: condition_1 / pH: 4.4 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |