PDB-7os5: Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7os5

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV (orthorhombic form OP)

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / amidohydrolase / Rhizobium etli

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.293 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site.
著者: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2021年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Derived calculations / カテゴリ: atom_type / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7os5.cif.gz	288.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7os5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7os5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7os3SC 7os6C 7ou1C 7oz6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7oz6-d 5tmk-d 7os3-d 1bil-d 4gjc-d 3nnf-1 6ii2-3 5sxn-d 3es8-3 6qh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/MUKYJI / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/MUKYJI

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: L-asparaginase

BBB: L-asparaginase

ヘテロ分子

80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.231, 91.142, 106.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 4 - 351 / Label seq-ID: 10 - 357

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 39570.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase 由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌) 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / プラスミド: pET151D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K0Z2

#1: タンパク質

L-asparaginase

分子量: 39570.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase
由来: (組換発現)

Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / プラスミド: pET151D-TOPO / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K0Z2

-
非ポリマー , 5種, 643分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4, 0.01% (w/v) heptane-1,2,3-triol, 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→69.11 Å / Num. obs: 131038 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.77 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.29→1.4 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 2.008 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 6526 / CC_1/2: 0.4 / R_pim(I) all: 0.639 / R_rim(I) all: 2.113 / % possible all: 64.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OS3

7os3

解像度: 1.293→69.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.326 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1943	1000	0.771 %	RANDOM
R_work	0.1547	128695	-	-
all	0.155	-	-	-
obs	-	129695	68.626 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.012 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.293→69.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5303	0	61	628	5992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.617	7514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.554	1.581	11990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.237	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.227	20.246	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.404	15	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.097	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.129	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.822	1.148	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.814	1.147	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.325	1.731	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.324	1.731	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.26	1.549	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.16	1.533	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.869	2.189	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.748	2.161	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.522	15.966	6288
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.345	15.668	6228
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.399	3	10746
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.081	0.05	11159

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08124	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08124	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.293-1.326	0.311	8	0.258	1285	0.258	13820	0.825	0.911	9.356	0.224
1.326-1.363	0.293	9	0.253	1758	0.253	13495	0.882	0.897	13.0937	0.249
1.363-1.402	0.234	20	0.253	3229	0.253	13146	0.859	0.872	24.7147	0.246
1.402-1.445	0.301	40	0.232	4803	0.232	12806	0.804	0.863	37.8182	0.225
1.445-1.493	0.262	46	0.229	6179	0.229	12333	0.839	0.86	50.4743	0.22
1.493-1.545	0.307	48	0.232	7472	0.232	11994	0.848	0.857	62.698	0.211
1.545-1.603	0.269	63	0.204	8096	0.204	11618	0.871	0.89	70.2272	0.18
1.603-1.669	0.221	86	0.184	8920	0.185	11133	0.9	0.916	80.8946	0.156
1.669-1.743	0.21	69	0.177	9709	0.177	10706	0.897	0.925	91.332	0.14
1.743-1.828	0.247	81	0.175	10124	0.176	10238	0.917	0.926	99.6777	0.131
1.828-1.927	0.203	83	0.145	9662	0.146	9745	0.932	0.944	100	0.119
1.927-2.044	0.19	61	0.125	9172	0.125	9234	0.961	0.959	99.9892	0.11
2.044-2.185	0.157	71	0.119	8652	0.119	8726	0.967	0.966	99.9656	0.111
2.185-2.359	0.156	61	0.116	8058	0.116	8132	0.962	0.971	99.8401	0.111
2.359-2.584	0.21	65	0.119	7428	0.12	7496	0.957	0.972	99.96	0.118
2.584-2.889	0.152	42	0.137	6739	0.137	6783	0.964	0.964	99.9705	0.141
2.889-3.335	0.159	46	0.149	5991	0.149	6050	0.966	0.962	99.7851	0.161
3.335-4.082	0.188	48	0.141	5087	0.142	5137	0.964	0.974	99.9611	0.158
4.082-5.762	0.193	33	0.147	4003	0.148	4042	0.968	0.974	99.8516	0.177
5.762-69.113	0.135	20	0.203	2328	0.202	2355	0.985	0.957	99.7028	0.239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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