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- PDB-7or1: Cryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7or1
タイトルCryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with the antagonist 3-60, conformation 1
要素Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to food / temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transport ...cellular response to food / temperature-gated cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / thermoception / TRP channels / response to pain / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transport / sensory perception of pain / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / cellular response to hydrogen peroxide / intracellular calcium ion homeostasis / channel activity / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0IG / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Grieben, M. / Pike, A.C.W. / Saward, B.G. / Wang, D. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreira, T. / Chalk, R. / MacLean, E.M. / Marsden, B.D. / Burgess-Brown, N.A. ...Grieben, M. / Pike, A.C.W. / Saward, B.G. / Wang, D. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Moreira, T. / Chalk, R. / MacLean, E.M. / Marsden, B.D. / Burgess-Brown, N.A. / Bountra, C. / Schofield, C.J. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
European Commission115766 英国
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Cryo-EM structure of the human TRPA1 ion channel in complex with the antagonist 3-60
著者: Grieben, M. / Saward, B.G. / Pike, A.C.W. / Schofield, C.J. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
B: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
C: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
D: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,31933
ポリマ－513,8214
非ポリマー13,49829
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSGLUA1 - 596
d_12ens_1CS1CS1A1
d_13ens_1IHPIHPA
d_14ens_1PC1PC1A
d_15ens_1PC1PC1A
d_16ens_1CACAA
d_17ens_1NAGNAGA
d_18ens_1NAGNAGA
d_19ens_1NAGNAGA
d_21ens_1LYSGLUB1 - 596
d_22ens_1CS1CS1B1
d_23ens_1IHPIHPB
d_24ens_1PC1PC1B
d_25ens_1PC1PC1B
d_26ens_1CACAB
d_27ens_1NAGNAGB
d_28ens_1NAGNAGB
d_29ens_1NAGNAGB
d_31ens_1LYSGLUC1 - 596
d_32ens_1CS1CS1C1
d_33ens_1IHPIHPC
d_34ens_1PC1PC1C
d_35ens_1PC1PC1C
d_36ens_1CACAC
d_37ens_1NAGNAGC
d_38ens_1NAGNAGC
d_39ens_1NAGNAGC
d_41ens_1LYSGLUD1 - 596
d_42ens_1CS1CS1D1
d_43ens_1IHPIHPD
d_44ens_1PC1PC1D
d_45ens_1PC1PC1D
d_46ens_1CACAD
d_47ens_1NAGNAGD
d_48ens_1NAGNAGD
d_49ens_1NAGNAGD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.00540010790894, 0.999983341331, 0.00203860146879), (-0.99998529821, -0.00540109933469, 0.000481134682618), (0.000492137356591, -0.0020359733185, 0.999997806304)0.447541865625, 301.513700881, 0.437422818324
2given(-0.999995431212, -0.00229542122124, -0.0019668746637), (0.00229304751777, -0.999996641031, 0.00120824661918), (-0.00196964149196, 0.00120373096189, 0.999997335769)301.635018713, 300.222704681, 0.136263123055
3given(0.00565982105031, -0.999982801975, 0.00153693833075), (0.999983259592, 0.0056616591089, 0.00119421639391), (-0.00120289747664, 0.00153015355069, 0.999998105832)299.781252496, -1.11762833758, -0.0804972979273

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 / Ankyrin-like with transmembrane domains protein 1 / Transformation-sensitive protein p120 / Wasabi receptor


分子量: 128455.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPA1, ANKTM1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75762

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 73分子

#3: 化合物
ChemComp-0IG / ~{N}-[4-[4-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]phenyl]-1,3-thiazol-2-yl]-2-[1,3-dimethyl-2,6-bis(oxidanylidene)purin-7-yl]ethanamide


分子量: 438.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16N9O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172016 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 92.73 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007320236
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.575527412
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04343164
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00453420
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.24127620
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709213030947
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712394281674
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706221819218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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