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- PDB-7oqx: Crystal structure of a psychrophilic CCA-adding enzyme in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oqx
タイトルCrystal structure of a psychrophilic CCA-adding enzyme in complex with CMPcPP
要素CCA-adding enzyme
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA maturation / tRNA nucleotidyltransferase / psychrophilic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA 3'-terminal CCA addition / nucleotidyltransferase activity / tRNA binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
CCA-adding enzyme, C-terminal / tRNA nucleotidyltransferase domain 2 putative / : / tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase, RNA and SrmB- binding domain / Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TM / ACETATE ION / PHOSPHATE ION / CCA-adding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Planococcus halocryophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rollet, K. / de Wijn, R. / Bluhm, A. / Hennig, O. / Betat, H. / Moerl, M. / Lorber, B. / Sauter, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-LABX-0036_NETRNA フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: CCA-addition in the cold: Structural characterization of the psychrophilic CCA-adding enzyme from the permafrost bacterium Planococcus halocryophilus .
著者: de Wijn, R. / Rollet, K. / Ernst, F.G.M. / Wellner, K. / Betat, H. / Morl, M. / Sauter, C.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCA-adding enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,79314
ポリマ－48,4981
非ポリマー1,29513
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.800, 69.800, 290.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CCA-adding enzyme


分子量: 48498.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planococcus halocryophilus (バクテリア)
遺伝子: BBI08_05760 / プラスミド: pET-30b(+) / 詳細 (発現宿主): pET-30bEk/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C7DQ98

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非ポリマー , 5種, 112分子

#2: 化合物 ChemComp-2TM / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine / CMPcPP / 5′-シチジルオキシホスホニルメチルホスホニルオキシホスホン酸


分子量: 481.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O13P3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein solution at 4.5 mg/mL in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2; reservoir solution: 100 mM Sodium acetate; pH 4.5 1 M di-Ammonium hydrogen phosphate remarks : soaking 30 ...詳細: protein solution at 4.5 mg/mL in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2; reservoir solution: 100 mM Sodium acetate; pH 4.5 1 M di-Ammonium hydrogen phosphate remarks : soaking 30 seconds in a drop with 10 mM CMPcPP and reservoir solution + 20% glycerol
PH範囲: 4.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 37711 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 50.85 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/av σ(I): 16.84 / Net I/σ(I): 16.84
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 27.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 5903 / CC1/2: 0.786 / Rrim(I) all: 1.616 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDS20200417データ削減
XSCALE20200417データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QXN

6qxn


解像度: 2.2→46.74 Å / SU ML: 0.2954 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6168
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 1886 5 %
Rwork0.2055 35825 -
obs0.2073 37711 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 81 99 3185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93034271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.97971180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.30131410.25962672X-RAY DIFFRACTION99.36
2.26-2.330.34411420.23942694X-RAY DIFFRACTION99.61
2.33-2.40.28921410.23232690X-RAY DIFFRACTION99.75
2.4-2.490.28891420.24112693X-RAY DIFFRACTION99.79
2.49-2.590.28231430.24482715X-RAY DIFFRACTION99.9
2.59-2.70.33741430.27652714X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-2.850.29241420.25462708X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-3.020.28581450.26052756X-RAY DIFFRACTION99.97
3.03-3.260.30341450.26542739X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.590.27951450.21662769X-RAY DIFFRACTION99.97
3.59-4.10.20511490.1712822X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.170.18541480.1472818X-RAY DIFFRACTION100
5.17-46.740.19521600.18853035X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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