PDB-7oqd: A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oqd

タイトル

A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-glycans and intestinal colonization by a symbiotic human gut bacterium (BT1636-S1_20)

要素

Arylsulfatase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate sulfatase / mucin / microbiome / bacteroides

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sofia de Jesus Vaz Luis, A. / Basle, A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A single sulfatase is required to access colonic mucin by a gut bacterium.
著者: Luis, A.S. / Jin, C. / Pereira, G.V. / Glowacki, R.W.P. / Gugel, S.R. / Singh, S. / Byrne, D.P. / Pudlo, N.A. / London, J.A. / Basle, A. / Reihill, M. / Oscarson, S. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. ...

履歴

登録	2021年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_database_proc
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oqd.cif.gz	120.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oqd.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oqd_validation.pdf.gz	777.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oqd_full_validation.pdf.gz	780.7 KB	表示
XML形式データ	7oqd_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	7oqd_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7allC 7an1SC 7anaC 7anbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bb5-1 7an1-d 2bb5-2 2v3n-d 1va6-1 5o5k-1 3dsj-2 3qpk-2 5o5k-3 2bb6-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Arylsulfatase

ヘテロ分子

58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.175, 79.196, 91.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Arylsulfatase

分子量: 58029.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_1636
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A789

#2: 糖

ChemComp-SGA / 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / O3-SULFONYLGALACTOSE / 3-O-sulfo-beta-D-galactose / 3-O-sulfo-D-galactose / 3-O-sulfo-galactose / 3-O-スルホ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40 % MPD, 0.1 M sodium cacodylate with a protein concentration of 20 mg/ml and the ligand concentration (3S-LewisA) of 20 mM.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→18.523 Å / Num. obs: 24826 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2444 / CC_1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
SAINT		データ削減
SAINT		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AN1

7an1

解像度: 2.3→18.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 10.917 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2884	1269	5.121 %
R_work	0.2381	23511	-
all	0.241	-	-
obs	-	24780	98.588 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.056 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.206 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3869	0	17	179	4065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.654	5423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.176	1.583	8380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.352	5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.649	23.226	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.436	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.25	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4578
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	3077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.25	1.978	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.245	1.976	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.043	2.961	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.044	2.962	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.172	2.057	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.172	2.058	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.904	3.032	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.904	3.032	3006
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.101	36.435	16613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.068	36.446	16545

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.379	103	0.272	1714	X-RAY DIFFRACTION	99.945
2.36-2.424	0.315	96	0.266	1693	X-RAY DIFFRACTION	99.9441
2.424-2.495	0.295	80	0.263	1650	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
2.495-2.571	0.322	97	0.252	1589	X-RAY DIFFRACTION	99.9407
2.571-2.656	0.279	66	0.235	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.656-2.749	0.302	69	0.257	1541	X-RAY DIFFRACTION	99.8759
2.749-2.852	0.317	89	0.244	1421	X-RAY DIFFRACTION	99.9338
2.852-2.969	0.279	73	0.227	1416	X-RAY DIFFRACTION	99.7989
2.969-3.101	0.277	68	0.227	1325	X-RAY DIFFRACTION	99.8566
3.101-3.252	0.292	83	0.247	1289	X-RAY DIFFRACTION	99.6369
3.252-3.427	0.309	76	0.261	1205	X-RAY DIFFRACTION	99.5338
3.427-3.635	0.26	66	0.256	1150	X-RAY DIFFRACTION	98.8618
3.635-3.886	0.237	53	0.232	1086	X-RAY DIFFRACTION	98.7858
3.886-4.196	0.223	53	0.205	1004	X-RAY DIFFRACTION	96.9725
4.196-4.596	0.232	47	0.187	914	X-RAY DIFFRACTION	95.8126
4.596-5.137	0.23	33	0.203	834	X-RAY DIFFRACTION	95.2747
5.137-5.928	0.423	42	0.233	752	X-RAY DIFFRACTION	96.1259
5.928-7.253	0.377	35	0.268	634	X-RAY DIFFRACTION	97.0972
7.253-10.225	0.347	30	0.22	499	X-RAY DIFFRACTION	93.6283
10.225-18.52	0.173	10	0.264	229	X-RAY DIFFRACTION	70.9199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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