PDB-7oq2: NaK S-DI mutant soaked in Na+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oq2

タイトル

NaK S-DI mutant soaked in Na+

要素

Potassium channel protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / PROKARYOTE / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / potassium channel activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding / : / Potassium channel protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Minniberger, S. / Plested, A.J.R.

資金援助

European Union,

ドイツ, 4件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	647895	European Union
German Research Foundation (DFG)	fg-2518 291198853	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	323514590	ドイツ
German Research Foundation (DFG)	446182550	ドイツ

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Asymmetry and Ion Selectivity Properties of Bacterial Channel NaK Mutants Derived from Ionotropic Glutamate Receptors.
著者: Minniberger, S. / Abdolvand, S. / Braunbeck, S. / Sun, H. / Plested, A.J.R.

履歴

登録	2021年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oq2.cif.gz	163.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oq2.ent.gz	110.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7oq2_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oq2_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7oq2_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	7oq2_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/7oq2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7oorC 7oouC 7ophC 7oq1C 7pa0C 8a35C 8a7xC 3e86S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (3) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel protein

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

23.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Potassium channel protein

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

A: Potassium channel protein

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.204, 88.173, 49.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-215- NA
2	1	A-216- NA
3	1	A-217- NA
4	1	A-218- K
5	1	A-219- K
6	1	B-205- NA
7	1	B-343- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Potassium channel protein 分子量: 10719.641 Da / 分子数: 2 / 変異: D66S G67- N68D F69I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_0669 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEBExpress Iq / 参照: UniProt: Q81HW2

#1: タンパク質

Potassium channel protein

分子量: 10719.641 Da / 分子数: 2 / 変異: D66S G67- N68D F69I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_0669 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEBExpress Iq / 参照: UniProt: Q81HW2

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: thin plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM KCl, 100 mM HEPES (KOH) pH 7.5, 62% MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol racemate) - soaked in 100 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 50% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→59.73 Å / Num. obs: 19895 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 21.96 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06674 / R_pim(I) all: 0.06674 / R_rim(I) all: 0.09439 / Net I/σ(I): 4.46
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.9783 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1966 / CC_1/2: 0.596 / CC star: 0.864 / R_pim(I) all: 0.9783 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 3.0E+86 / 解像度: 1.7→59.73 Å / SU ML: 0.2224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6999
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1969	9.91 %
R_work	0.1858	17893	-
obs	0.1904	19862	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→59.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1452	0	152	95	1699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	1629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7083	2232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0504	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0903	537

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.3494	126	0.3234	1244	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.74-1.79	0.3068	140	0.3038	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.79-1.84	0.3385	145	0.2892	1255	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.84-1.9	0.3392	136	0.2617	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-1.97	0.2811	141	0.2392	1246	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.97-2.05	0.2576	132	0.2165	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.05-2.14	0.24	147	0.1934	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.14-2.25	0.2319	144	0.1791	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.25-2.4	0.2264	145	0.1754	1275	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.4-2.58	0.2282	143	0.1651	1272	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.58-2.84	0.212	139	0.151	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.84-3.25	0.1766	140	0.158	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-4.1	0.1835	139	0.15	1321	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.1-59.73	0.2463	152	0.1854	1370	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.39205122475	0.38136533524	-1.56477935522	2.39851804005	1.71171002852	2.70703102686	0.126245850847	0.981476415165	0.577129666336	-0.223071155692	0.137024604177	-0.75937920644	-0.969620247765	0.385802184465	-0.328795974702	0.333164287495	-0.00902772559046	0.00991200545467	0.290753750791	0.0140561075086	0.390370216669	19.6164411805	35.8412571415	-9.23574700677
2	7.97443317019	5.13737211017	-3.12673240145	3.86373067583	-3.34304525337	5.30358195424	-0.187604297173	0.197861416076	-0.128464386799	0.299272840934	-0.0492843432862	-0.165077645751	-0.0454274119863	-0.101331513731	0.197006301812	0.192208226206	-0.00391363407527	-0.0546338889883	0.200096399403	0.0373261304283	0.160644033021	18.2842911603	26.6810374851	-4.4034429186
3	2.7763715926	0.42842635389	-2.4956716124	9.5622209122	-5.67675717946	5.18002966491	0.181619074755	-0.124386602443	-0.210236389142	0.214215316436	-0.102618065315	0.283253901899	-0.187467084044	0.180623433838	0.0155125408187	0.17538484722	-0.00982740422433	-0.0239914003408	0.300951015871	-0.0334292422527	0.141443514912	17.9680746967	17.9091156086	-2.33537029321
4	8.95412720231	-0.497509444082	-3.74242366726	5.39139912741	3.29905032707	6.53332394178	-0.32640756832	-0.868896884483	-0.568093804216	0.223004908271	0.256684609504	0.172623306381	0.53904480189	0.470877695477	0.0596170532658	0.207939865199	0.0323085613762	-0.016355395353	0.21930002614	0.0491867565572	0.284302161107	14.1536135109	10.2459111927	0.918724546582
5	6.3130126133	1.77517186321	-0.786322398446	3.98166792958	-5.88113796803	9.27624494638	0.087828758359	0.133152114197	0.422166473623	-0.512496116296	0.0327955476527	0.124591086138	0.727508907785	-0.433106317427	-0.12393997504	0.210668128918	-0.000717851005718	-0.0389573221509	0.176188534031	0.00143534075701	0.229252978927	17.2030936159	8.48706623134	-7.95807599271
6	5.89548253661	-1.92708479963	1.67071908959	3.92350380694	-0.939378950287	4.71836460701	0.0265267122623	0.160126851674	-0.372865955002	-0.0392552999171	-0.0897113980013	0.244023712092	0.255019118463	0.106849357362	0.0771544184207	0.153766522252	0.0144551893385	0.00713612709897	0.141443231431	-0.010150429923	0.166774545572	8.17712807315	15.3567465323	-8.91566392729
7	4.57279214679	3.14233711376	2.30427943689	4.01023748375	-0.577783549292	3.68549851136	0.175549174759	-0.285340058904	-0.687502619657	0.424107415594	-0.0205237615946	-0.281169830859	0.411298545014	-0.444161074783	-0.21723173768	0.239287102252	-0.040253634179	-0.00355060448085	0.267239385003	0.0899255628835	0.293436923732	6.84295717715	8.88212661401	4.27742361972
8	9.9346396259	2.567271519	-1.21139679877	5.72645398443	-1.86406038364	7.59323591619	-0.0861366854827	0.0500123917386	-0.303292072784	0.272470543481	0.0486600382506	0.358053703506	-0.139531847647	-0.26879321088	-0.00212780713664	0.163534685162	0.0182706600496	-0.0201817055428	0.172384347823	0.00302547730276	0.155994040553	6.50315009083	17.4247741241	2.67851565302
9	6.7716202207	2.29605206427	-2.69132454114	5.34521887139	-4.03883328486	3.27814210481	-0.0447333188656	-0.0882952629791	-0.16463119038	-0.0380025375952	0.150587456276	0.0338234202023	-0.408047460467	0.468239670575	-0.0822087921783	0.236758543476	0.00633594493228	0.0036877015216	0.184274820846	-0.0302724980644	0.203188134722	7.07821144727	26.7500553147	-4.15412732378
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23	2.14582997356	-0.332986722447	1.4233988087	1.78205000827	-2.34072545675	4.27736200146	-0.218903590124	0.311095052588	0.099394893456	-0.3603629533	-0.105468771659	-0.0985700689411	0.430503571106	-0.0798944395506	0.0566512980485	1.67966439066	0.328563329946	-0.0416911453069	0.574254549958	0.236275973366	0.544065665603	14.1026774419	42.9253653187	-32.9255776146

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain A and resid 21:28)	A	A	21 - 28	1 - 8
2	2	(chain A and resid 29:34)	A	A	29 - 34	9 - 14
3	3	(chain A and resid 35:40)	A	A	35 - 40	15 - 20
4	4	(chain A and resid 41:47)	A	A	41 - 47	21 - 27
5	5	(chain A and resid 48:52)	A	A	48 - 52	28 - 32
6	6	(chain A and resid 53:69)	A	A	53 - 69	33 - 49
7	7	(chain A and resid 70:75)	A	A	70 - 75	50 - 55
8	8	(chain A and resid 76:82)	A	A	76 - 82	56 - 62
9	9	(chain A and resid 83:91)	A	A	83 - 91	63 - 71
10	10	(chain A and resid 92:96)	A	A	92 - 96	72 - 76
11	11	(chain A and resid 97:103)	A	A	97 - 103	77 - 83
12	12	(chain A and resid 104:108)	A	A	104 - 108	84 - 88
13	13	(chain B and resid 19:24)	B	B	19 - 24	1 - 6
14	14	(chain B and resid 25:29)	B	B	25 - 29	7 - 11
15	15	(chain B and resid 30:38)	B	B	30 - 38	12 - 20
16	16	(chain B and resid 39:59)	B	B	39 - 59	21 - 41
17	17	(chain B and resid 60:65)	B	B	60 - 65	42 - 47
18	18	(chain B and resid 66:71)	B	B	66 - 71	48 - 53
19	19	(chain B and resid 72:83)	B	B	72 - 83	54 - 65
20	20	(chain B and resid 84:96)	B	B	84 - 96	66 - 78
21	21	(chain B and resid 97:106)	B	B	97 - 106	79 - 88
22	22	(chain B and resid 107:113)	B	B	107 - 113	89 - 95
23	23	(chain A and resid 109:111)	A	A	109 - 111	89 - 91

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)