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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oph | |||||||||||||||
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タイトル | NaK S-DI mutant with Na+ and K+ | |||||||||||||||
![]() | Potassium channel protein | |||||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / PROKARYOTE / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Minniberger, S. / Plested, A.J.R. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Asymmetry and Ion Selectivity Properties of Bacterial Channel NaK Mutants Derived from Ionotropic Glutamate Receptors. 著者: Minniberger, S. / Abdolvand, S. / Braunbeck, S. / Sun, H. / Plested, A.J.R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7oorC ![]() 7oouC ![]() 7oq1C ![]() 7oq2C ![]() 7pa0C ![]() 8a35C ![]() 8a7xC ![]() 3e86S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 10719.641 Da / 分子数: 2 / 変異: D66S G67- N68D F69I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_0669 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 106分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % / 解説: thin plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM KCl, 100 mM HEPES (KOH) pH 7.5, 62% MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol racemate) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→38.01 Å / Num. obs: 33665 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 21.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08316 / Rpim(I) all: 0.03565 / Rrim(I) all: 0.09065 / Net I/σ(I): 12.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 3308 / CC1/2: 0.403 / CC star: 0.758 / % possible all: 99.61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→38.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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