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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7op9 | ||||||||||||
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タイトル | Purine nucleoside phosphorylase(DeoD-type) from H. pylori with 2,6-dichloropurine | ||||||||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / inhibitor / complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Narczyk, M. / Stefanic, Z. | ||||||||||||
資金援助 | ポーランド, クロアチア, 3件
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引用 | ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2022 タイトル: Interactions of 2,6-substituted purines with purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori in solution and in the crystal, and the effects of these compounds on cell cultures of this bacterium. 著者: Narczyk, M. / Wojtys, M.I. / Lescic Asler, I. / Zinic, B. / Luic, M. / Jagusztyn-Krynicka, E.K. / Stefanic, Z. / Bzowska, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7op9.cif.gz | 595.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7op9.ent.gz | 486.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7op9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7op9_validation.pdf.gz | 4.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7op9_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7op9_validation.xml.gz | 129.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7op9_validation.cif.gz | 183 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/7op9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/7op9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25866.104 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: deoD, HP_1178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56463, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-06K / #3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化 | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M imidazole pH 7,0, PPG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→46.831 Å / Num. obs: 773378 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 13.36 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6F4X 解像度: 1.5→42.59 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.72 Å2 / Biso mean: 19.0956 Å2 / Biso min: 4.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→42.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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