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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oot | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding domain bound to an interferon-stimulated response element | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / INTERFERON REGULATORY FACTORS / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-DNA INTERACTION / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer ...T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / Interferon gamma signaling / nucleosome / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agnarelli, A. / El Omari, K. / Alt, A.O. / Mancini, E.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding domain bound to interferon-stimulated response element 著者: Agnarelli, A. / El Omari, K. / Alt, A.O. / Mancini, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ogsC ![]() 7o56S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.991518549871, -0.0979031747484, 0.0854747543818), (-0.127240676114, -0.865214756999, 0.484987870583), (0.0264721665974, -0.491750335684, -0.870333747335)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.991518549871, -0.0979031747484, 0.0854747543818), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16306.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 6145.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 6121.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9688 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→44.3 Å / Num. obs: 23181 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 45.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 1.136 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1086 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7O56 解像度: 2.25→44.27 Å / SU ML: 0.3297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.039 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.27 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.549032188968 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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