PDB-7ooi: Anti-EphA1 JD1 VH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ooi

タイトル

Anti-EphA1 JD1 VH domain

要素

JD1 VH domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / VH domain / EphA1

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Ereno-Orbea, J. / Nilvebrant, J. / Sidhu, S. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Systematic Engineering of Optimized Autonomous Heavy-Chain Variable Domains.
著者: Nilvebrant, J. / Ereno-Orbea, J. / Gorelik, M. / Julian, M.C. / Tessier, P.M. / Julien, J.P. / Sidhu, S.S.

履歴

登録	2021年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ooi.cif.gz	64.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ooi.ent.gz	46.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ooi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ooi_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ooi_full_validation.pdf.gz	461 KB	表示
XML形式データ	7ooi_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	7ooi_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/7ooi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/7ooi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omnC 3b9vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ooi-2 5z41-d 6d48-4 3qzm-1 2qe3-d 2fne-3 5n8t-d 5h1d-d 3rdu-d 7cpz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: JD1 VH domain

B: JD1 VH domain

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: JD1 VH domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: JD1 VH domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.210, 60.210, 168.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- HOH
2	1	A-345- HOH

#1: 抗体	JD1 VH domain 分子量: 13811.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 10% glycerol, 0.1 M phosphate citrate (pH 4.2) and 20% (w/v) polyethyleneglycol (PEG) 300

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→42.58 Å / Num. obs: 17674 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.552 % / B_iso Wilson estimate: 41.641 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.26 / R_rim(I) all: 0.27 / Χ²: 0.791 / Net I/σ(I): 10.62

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.28	12.716	2.284	2.01	2751	0.724	2.377	99.7
2.28-2.43	13.366	1.691	2.93	2629	0.824	1.756	100
2.43-2.63	13.989	1.197	4.27	2468	0.901	1.242	100
2.63-2.88	14.219	0.713	7.03	2268	0.964	0.74	100
2.88-3.22	14.239	0.38	11.14	2057	0.985	0.394	100
3.22-3.71	13.906	0.186	17.75	1854	0.995	0.193	99.9
3.71-4.54	13.49	0.109	24.08	1592	0.997	0.113	99.9
4.54-6.38	13.113	0.091	25.6	1270	0.998	0.095	100
6.38-6.38	12.005	0.068	27.09	785	0.999	0.071	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	v1.14	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B9V

3b9v

解像度: 2.28→42.58 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	-	-
R_work	0.269	-	-
obs	-	14893	99.85 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.03 Å² / B_iso mean: 36.4973 Å² / B_iso min: 10.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→42.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1942	0	10	117	2069

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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