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- PDB-7onv: Carbonic anhydrase II mutant (I91C) dually binding an IrCp* compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7onv
タイトルCarbonic anhydrase II mutant (I91C) dually binding an IrCp* complex to generate an artificial transfer hydrogenase (ATHase)
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / artificial metalloenzyme / artificial transfer hydrogenase / metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VKZ / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Stein, A. / Dongping, C. / Cotelle, Y. / Rebelein, J.G. / Ward, T.R.
資金援助 スイス, European Union, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation200020_182046 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 194-2017European Union
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: A Dual Anchoring Strategy for the Directed Evolution of Improved Artificial Transfer Hydrogenases Based on Carbonic Anhydrase.
著者: Stein, A. / Chen, D. / Igareta, N.V. / Cotelle, Y. / Rebelein, J.G. / Ward, T.R.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年3月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 3.02023年5月24日Group: Derived calculations / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 4.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 4.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,72912
ポリマ－29,4231
非ポリマー1,30611
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.278, 71.807, 73.694
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2


分子量: 29423.221 Da / 分子数: 1 / 変異: I91C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-VKZ / 4-[2-(4-azanyl-9-chloranyl-2',3',4',5',6'-pentamethyl-7-oxidanylidene-spiro[1$l^{4},8-diaza-9$l^{8}-iridabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-triene-9,1'-1$l^{8}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexane]-8-yl)ethyl]benzenesulfonamide


分子量: 682.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30ClIrN4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 0.2 M MgCl2, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0007 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→36.874 Å / Num. obs: 105855 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.04→1.06 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8961 / CC1/2: 0.807

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QFU

6qfu


解像度: 1.04→36.874 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.19 / WRfactor Rwork: 0.169 / SU B: 0.602 / SU ML: 0.029 / Average fsc free: 0.8928 / Average fsc work: 0.897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 5294 5.001 %
Rwork0.1831 100561 -
all0.184 --
obs-105855 97.88 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å2-0 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---0.349 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→36.874 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 82 253 2362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0132313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0931.7913172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5111.5914950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2045286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12723.393112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65115382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg47.027151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.556159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.22026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0890.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0480.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2120.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2180.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.1811096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0631.1791095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5391.7781392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5391.7791393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2361.4261217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2351.4281218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4232.0331758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4222.0351759
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.62515.3752690
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.3814.8152633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.04-1.0670.3013470.3156596X-RAY DIFFRACTION88.0644
1.067-1.0970.323600.2886832X-RAY DIFFRACTION93.439
1.097-1.1280.2683620.2686880X-RAY DIFFRACTION96.4957
1.128-1.1630.2663570.2556786X-RAY DIFFRACTION97.9567
1.163-1.2010.2443490.2356625X-RAY DIFFRACTION98.5307
1.201-1.2430.2183410.2256467X-RAY DIFFRACTION98.9247
1.243-1.290.2273280.2146229X-RAY DIFFRACTION99.1832
1.29-1.3430.2193150.2016000X-RAY DIFFRACTION99.3862
1.343-1.4030.2293060.1975796X-RAY DIFFRACTION99.6245
1.403-1.4710.22910.195548X-RAY DIFFRACTION99.6927
1.471-1.5510.212780.1825285X-RAY DIFFRACTION99.8743
1.551-1.6450.1932640.1775019X-RAY DIFFRACTION99.8299
1.645-1.7580.1962500.1824747X-RAY DIFFRACTION99.9
1.758-1.8990.1922330.1694410X-RAY DIFFRACTION99.7422
1.899-2.080.1952130.1614045X-RAY DIFFRACTION99.6723
2.08-2.3250.1831950.1553706X-RAY DIFFRACTION99.5661
2.325-2.6850.1881730.1653283X-RAY DIFFRACTION99.7403
2.685-3.2870.1811470.1592798X-RAY DIFFRACTION99.6616
3.287-4.6440.1721170.1532218X-RAY DIFFRACTION99.7437
4.644-36.8740.169680.1761291X-RAY DIFFRACTION99.7797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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