PDB-7onm: Carbonic anhydrase II mutant (N67G-E69R-I91C) dually binding an I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7onm

タイトル

Carbonic anhydrase II mutant (N67G-E69R-I91C) dually binding an IrCp* complex to generate an artificial transfer hydrogenase (ATHase)

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / artificial metalloenzyme / artificial transfer hydrogenase / metal binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.769 Å

データ登録者

Stein, A. / Dongping, C. / Cotelle, Y. / Rebelein, J.G. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, European Union, 2件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: A Dual Anchoring Strategy for the Directed Evolution of Improved Artificial Transfer Hydrogenases Based on Carbonic Anhydrase.
著者: Stein, A. / Chen, D. / Igareta, N.V. / Cotelle, Y. / Rebelein, J.G. / Ward, T.R.

履歴

登録	2021年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2023年3月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
改定 3.0	2023年5月24日	Group: Derived calculations / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / struct_conn Item: _chem_comp.formula / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 4.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 4.1	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7onm.cif.gz	77.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7onm.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7onm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7onm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7onm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7onpC 7onqC 7onvC 6qfuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ieo-d 4ruy-d 6bcc-d 6xvh-d 4q87-d 6r6f-d 4ywp-d 4pxx-d 6e91-d 6ypw-d 4m2w-d 1i90-d 6t4p-d 5ti0-d 4jss-d 3t85-d 5u0d-d 6rvl-d 7aes-d 3dcc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.172, 73.959, 74.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 29265.066 Da / 分子数: 1 / 変異: N67G, E69R, I91C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-VKZ / 4-[2-(4-azanyl-9-chloranyl-2',3',4',5',6'-pentamethyl-7-oxidanylidene-spiro[1$l^{4},8-diaza-9$l^{8}-iridabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-triene-9,1'-1$l^{8}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexane]-8-yl)ethyl]benzenesulfonamide 分子量: 682.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀ClIrN₄O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 20% w/v polyethylene glycol 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.769→42.17 Å / Num. obs: 23598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.411 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.769→1.8 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 2.206 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1304 / CC_1/2: 0.48 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QFU

6qfu

解像度: 1.769→37.508 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.15 / SU B: 3.515 / SU ML: 0.105 / Average fsc free: 0.8978 / Average fsc work: 0.9172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	1158	4.918 %
R_work	0.1781	22386	-
all	0.18	-	-
obs	-	23544	99.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.732 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.383 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.244 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.769→37.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2035	0	57	216	2308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.989	1.795	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.308	1.588	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.693	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.139	23.333	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.88	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	40.754	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.184	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.1	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.024	1.368	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.023	1.368	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.642	2.048	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.641	2.048	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.787	1.595	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.786	1.596	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.896	2.291	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.895	2.292	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.156	16.48	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.059	16.182	2421

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.769-1.815	0.313	90	0.265	1612	X-RAY DIFFRACTION	99.5322
1.815-1.865	0.31	76	0.248	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.919	0.34	80	0.278	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.919-1.978	0.231	77	0.231	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
1.978-2.043	0.213	82	0.196	1453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.043-2.114	0.198	57	0.181	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.114-2.194	0.259	78	0.185	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.284	0.339	89	0.228	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.284-2.385	0.242	59	0.171	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.501	0.207	53	0.175	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.501-2.637	0.242	71	0.154	1155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.637-2.796	0.257	48	0.159	1095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.796-2.989	0.196	47	0.16	1038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.989-3.228	0.207	38	0.159	978	X-RAY DIFFRACTION	99.9017
3.228-3.536	0.159	62	0.144	883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.536-3.952	0.172	41	0.138	812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.561	0.162	30	0.13	734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.561-5.581	0.18	32	0.151	625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.581-7.871	0.238	28	0.17	498	X-RAY DIFFRACTION	100
7.871-37.508	0.134	20	0.16	301	X-RAY DIFFRACTION	99.6894

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関連情報:EMDBヘッダ

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