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- PDB-7on9: Crystal structure of para-hydroxybenzoate-3-hydroxylase PraI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7on9
タイトルCrystal structure of para-hydroxybenzoate-3-hydroxylase PraI
要素4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
キーワードOXIDOREDUCTASE / P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase [NAD(P)H] / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase [NAD(P)H] activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADH) activity / benzoate catabolic process / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus sp. JJ-1b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Zahn, M. / McGeehan, J.E.
引用ジャーナル: Metab Eng / 年: 2022
タイトル: Debottlenecking 4-hydroxybenzoate hydroxylation in Pseudomonas putida KT2440 improves muconate productivity from p-coumarate.
著者: Kuatsjah, E. / Johnson, C.W. / Salvachua, D. / Werner, A.Z. / Zahn, M. / Szostkiewicz, C.J. / Singer, C.A. / Dominick, G. / Okekeogbu, I. / Haugen, S.J. / Woodworth, S.P. / Ramirez, K.J. / ...著者: Kuatsjah, E. / Johnson, C.W. / Salvachua, D. / Werner, A.Z. / Zahn, M. / Szostkiewicz, C.J. / Singer, C.A. / Dominick, G. / Okekeogbu, I. / Haugen, S.J. / Woodworth, S.P. / Ramirez, K.J. / Giannone, R.J. / Hettich, R.L. / McGeehan, J.E. / Beckham, G.T.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
B: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
C: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
D: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,27312
ポリマ－181,5794
非ポリマー3,6958
水21,1501174
1
A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
D: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6376
ポリマ－90,7892
非ポリマー1,8474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
C: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6376
ポリマ－90,7892
非ポリマー1,8474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.11, 101.508, 106.849
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H) / 4-hydroxybenzoate 3-hydroxylase / 4HB 3-hydroxylase


分子量: 45394.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. JJ-1b (バクテリア)
遺伝子: praI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C4TP09, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase [NAD(P)H]
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 0.2 M ammonium citrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.628→106.849 Å / Num. obs: 166829 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.628→1.731 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.853 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8343 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 0.525 / % possible all: 62.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PBE

1pbe


解像度: 1.63→106.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU R Cruickshank DPI: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.114 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 8351 -RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2044 166771 80.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1101 Å20 Å20 Å2
2--0.0589 Å20 Å2
3----0.169 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→106.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12370 0 252 1174 13796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00812962HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.917565HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4580SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2267HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12962HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1618SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12360SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.8
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 157 -
Rwork0.2275 --
obs0.2286 3336 15.74 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6933-0.104-0.1060.2250.03990.6335-0.0113-0.0280.0504-0.0280.0090.02980.05040.02980.0023-0.0505-0.0118-0.0013-0.07990.0253-0.048-19.14529.2102-49.3093
20.5547-0.04740.22950.55750.04790.8438-0.01410.0093-0.00980.0093-0.0241-0.0626-0.0098-0.06260.0382-0.088-0.01520.0072-0.0737-0.0218-0.0452-55.369619.7079-46.285
30.6189-0.0878-0.21520.2737-0.01841.3785-0.04830.07050.08930.07050.0202-0.09770.0893-0.09770.0281-0.06660.01160.011-0.0709-0.0328-0.061-53.322232.2266-5.0052
41.03450.02970.17460.3191-0.02961.27480.00910.0623-0.07740.06230.0026-0.0639-0.0774-0.0639-0.0117-0.11230.0136-0.0076-0.03880.0566-0.1275-17.580121.3674-6.3004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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