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- PDB-7omr: Crystal structure of coelenteramide-bound Renilla reniformis luci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omr
タイトルCrystal structure of coelenteramide-bound Renilla reniformis luciferase RLuc8-D162A variant
要素Coelenterazine h 2-monooxygenase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminscence / coelenteramide-bound enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CEI / Coelenterazine h 2-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Renilla reniformis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schenkmayerova, A. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
European CommissionMSCA-IF-2017 792772 チェコ
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases
著者: Schenkmayerova, A. / Toul, M. / Pluskal, D. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Pinto, G.P. / Santana, V.T. / Stuchla, M. / Neugebauer, P. / Chaiyen, P. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Janin, Y.L. ...著者: Schenkmayerova, A. / Toul, M. / Pluskal, D. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Pinto, G.P. / Santana, V.T. / Stuchla, M. / Neugebauer, P. / Chaiyen, P. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Janin, Y.L. / Prokop, Z. / Marek, M.
履歴
登録2021年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coelenterazine h 2-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6836
ポリマ－36,9031
非ポリマー7805
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.445, 74.166, 80.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Coelenterazine h 2-monooxygenase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase / Renilla-type luciferase


分子量: 36903.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase
#2: 化合物 ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE / セレンテラミド


分子量: 411.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG8000, potassium phosphate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.19 Å / Num. obs: 54685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 717310
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5311.92.1413121426260.5610.642.2371.397.6
8.22-46.19110.024444240210.0080.02580.299.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PSJ

2psj


解像度: 1.5→46.187 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1861 2763 5.06 %
Rwork0.1705 51863 -
obs0.1714 54626 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.44 Å2 / Biso mean: 23.9933 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→46.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 55 345 2929
Biso mean--36.47 33.48 -
残基数----309
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5004-1.52630.33541350.3045252598
1.5263-1.5540.27251340.26172539100
1.554-1.58390.25071120.2422577100
1.5839-1.61630.26151520.23272566100
1.6163-1.65140.28151330.21982560100
1.6514-1.68980.23661270.20462583100
1.6898-1.73210.2311360.18962550100
1.7321-1.77890.19941320.19152579100
1.7789-1.83130.22731360.18842574100
1.8313-1.89040.22611370.18442574100
1.8904-1.95790.21711580.17722569100
1.9579-2.03630.22751550.17552543100
2.0363-2.1290.20341350.16872592100
2.129-2.24130.2071300.16642609100
2.2413-2.38170.16411560.16062583100
2.3817-2.56550.18581320.15792613100
2.5655-2.82370.16241220.15822644100
2.8237-3.23220.19471360.15592640100
3.2322-4.07180.12971450.14232658100
4.0718-46.1870.16951600.17012785100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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