ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XDS | | データ削減 | | Aimless | 0.7.3データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | PHENIX | 1.14_3260精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PSJ 解像度: 1.501→39.441 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1902 | 2130 | 4.82 % |
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Rwork | 0.1682 | 42068 | - |
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obs | 0.1693 | 44198 | 99.34 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 77.4 Å2 / Biso mean: 18.6716 Å2 / Biso min: 5.62 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.501→39.441 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2396 | 0 | 32 | 211 | 2639 |
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Biso mean | - | - | 20.67 | 28.53 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 295 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | % reflection obs (%) |
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1.501-1.5359 | 0.2829 | 140 | 0.2709 | 2581 | 92 | 1.5359-1.5743 | 0.2589 | 122 | 0.2323 | 2716 | 98 | 1.5743-1.6169 | 0.2031 | 135 | 0.2001 | 2790 | 100 | 1.6169-1.6645 | 0.2203 | 118 | 0.184 | 2806 | 100 | 1.6645-1.7182 | 0.1871 | 137 | 0.1768 | 2800 | 100 | 1.7182-1.7796 | 0.1976 | 150 | 0.1703 | 2783 | 100 | 1.7796-1.8509 | 0.1959 | 137 | 0.1722 | 2789 | 100 | 1.8509-1.9351 | 0.1792 | 150 | 0.1632 | 2782 | 100 | 1.9351-2.0371 | 0.1688 | 151 | 0.1608 | 2808 | 100 | 2.0371-2.1647 | 0.1771 | 141 | 0.1569 | 2812 | 100 | 2.1647-2.3319 | 0.1992 | 142 | 0.1469 | 2821 | 100 | 2.3319-2.5665 | 0.1785 | 150 | 0.1646 | 2835 | 100 | 2.5665-2.9378 | 0.202 | 137 | 0.1751 | 2850 | 100 | 2.9378-3.7008 | 0.1828 | 151 | 0.1581 | 2887 | 100 | 3.7008-39.441 | 0.1796 | 169 | 0.1582 | 3008 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -10.121 Å / Origin y: 1.04 Å / Origin z: -13.35 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0642 Å2 | 0 Å2 | -0.0004 Å2 | - | 0.0665 Å2 | 0.0003 Å2 | - | - | 0.0743 Å2 |
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L | 0.9514 °2 | 0.1559 °2 | -0.1787 °2 | - | 1.0875 °2 | -0.4426 °2 | - | - | 0.8281 °2 |
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S | -0.0051 Å ° | -0.0541 Å ° | 0.0091 Å ° | -0.0408 Å ° | -0.0168 Å ° | -0.0111 Å ° | 0.0647 Å ° | 0.0128 Å ° | 0.0059 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID 12:306 OR RESID 401:401 OR RESID 501:711 ) )A12 - 306 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID 12:306 OR RESID 401:401 OR RESID 501:711 ) )A401 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID 12:306 OR RESID 401:401 OR RESID 501:711 ) )A501 - 711 | | | | | | |
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