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- PDB-7omd: Crystal structure of azacoelenterazine-bound Renilla reniformis l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7omd
タイトルCrystal structure of azacoelenterazine-bound Renilla reniformis luciferase variant RLuc8-D162A
要素Coelenterazine h 2-monooxygenase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminscence
機能・相同性
機能・相同性情報


Renilla-type luciferase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase activity / carboxy-lyase activity / bioluminescence / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-VK8 / Coelenterazine h 2-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Renilla reniformis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Schenkmayerova, A. / Janin, Y.L. / Marek, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
European CommissionMSCA-IF-2017 792772 チェコ
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases
著者: Schenkmayerova, A. / Toul, M. / Pluskal, D. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Pinto, G.P. / Santana, V.T. / Stuchla, M. / Neugebauer, P. / Chaiyen, P. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Janin, Y.L. ...著者: Schenkmayerova, A. / Toul, M. / Pluskal, D. / Baatallah, R. / Gagnot, G. / Pinto, G.P. / Santana, V.T. / Stuchla, M. / Neugebauer, P. / Chaiyen, P. / Damborsky, J. / Bednar, D. / Janin, Y.L. / Prokop, Z. / Marek, M.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coelenterazine h 2-monooxygenase
B: Coelenterazine h 2-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7249
ポリマ－73,8062
非ポリマー1,9187
水12,430690
1
A: Coelenterazine h 2-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5124
ポリマ－36,9031
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Coelenterazine h 2-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2125
ポリマ－36,9031
非ポリマー1,3094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.569, 84.057, 77.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coelenterazine h 2-monooxygenase / Renilla-luciferin 2-monooxygenase / Renilla-type luciferase


分子量: 36903.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Renilla reniformis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27652, Renilla-type luciferase

-
非ポリマー , 5種, 697分子

#2: 化合物
ChemComp-VK8 / 6-(4-hydroxyphenyl)-2-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-8-(phenylmethyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrazin-3-one


分子量: 424.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, Bis-tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.95 Å / Num. obs: 86744 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 585268 / Scaling rejects: 36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.631.05741700.6740.4461.15197.3
8.77-43.950.025530.9880.0110.02298.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14-3260-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PSJ

2psj


解像度: 1.601→38.401 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 4464 5.15 %
Rwork0.1761 82230 -
obs0.1778 86694 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.61 Å2 / Biso mean: 28.8524 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.601→38.401 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5067 0 140 692 5899
Biso mean--29.93 38.25 -
残基数----619
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.601-1.61920.34761420.309265296
1.6192-1.63820.36191370.27492721100
1.6382-1.65820.28351640.26072731100
1.6582-1.67920.27631470.24252769100
1.6792-1.70130.28771470.22382695100
1.7013-1.72460.22121310.21872786100
1.7246-1.74930.21141560.21012677100
1.7493-1.77540.25121630.21232734100
1.7754-1.80310.28931500.21362722100
1.8031-1.83270.24051620.20412753100
1.8327-1.86430.27161490.20852720100
1.8643-1.89820.24921730.23222732100
1.8982-1.93470.27121590.23862740100
1.9347-1.97420.2341530.19762711100
1.9742-2.01710.23091500.19522721100
2.0171-2.0640.2381780.18862741100
2.064-2.11560.24831370.18342748100
2.1156-2.17280.2361510.18032720100
2.1728-2.23680.2271490.19162768100
2.2368-2.30890.22921330.19312720100
2.3089-2.39150.2171400.17162757100
2.3915-2.48720.1981130.17362786100
2.4872-2.60040.21961410.17462780100
2.6004-2.73740.23341730.172714100
2.7374-2.90890.21031810.17182720100
2.9089-3.13340.18851630.16772722100
3.1334-3.44850.18821400.15952788100
3.4485-3.94710.16261200.15682783100
3.9471-4.97120.16821170.1356279199
4.9712-38.4010.17391450.15872828100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.925 Å / Origin y: -5.64 Å / Origin z: 18.453 Å
111213212223313233
T0.0886 Å2-0.0438 Å2-0.0253 Å2-0.1681 Å2-0.0097 Å2--0.1201 Å2
L0.4112 °2-0.5161 °2-0.0302 °2-2.0175 °2-0.246 °2--0.608 °2
S0.0156 Å °-0.0253 Å °-0.0637 Å °0.0226 Å °0.0478 Å °0.1368 Å °0.0321 Å °0.009 Å °-0.047 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )A2 - 310
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )A401 - 403
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )A501 - 854
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )B404
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )B2 - 311
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )B401 - 403
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 2:310 OR RESID 401:403 OR RESID 501:854 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 404:404 OR RESID 2:311 OR RESID 401:403 OR RESID 501:836 ) )B501 - 836

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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