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- PDB-7olc: Thermophilic eukaryotic 80S ribosome at idle POST state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7olc
タイトルThermophilic eukaryotic 80S ribosome at idle POST state
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 29
  • (60S ribosomal protein ...) x 32
  • (Putative 60S ribosomal ...) x 2
  • (Putative ribosomal ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 6
  • 18S rRNA
  • 26S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
  • HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein
  • Putative guanine nucleotide-binding protein
  • Ribosome-associated molecular chaperone SSB1
  • Ubiquitin
  • eL39
  • uS14
キーワードRIBOSOME / thermophilic eukaryotic ribosome / 80S / rRNA modifications / nascent chain
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I core factor complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / protein glycosylation / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA ...RNA polymerase I core factor complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / protein glycosylation / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA / methyltransferase activity / small-subunit processome / protein kinase C binding / ATP-dependent protein folding chaperone / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / methylation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Hyaluronan / mRNA binding family / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain ...Gcn1, N-terminal / Generalcontrol nonderepressible 1 (Gcn1) N-terminal / Transcription initiation factor Rrn7, Zinc-finger / RNA polymerase I transcription initiation factor TAF1B/Rrn7 / : / : / Hyaluronan / mRNA binding family / Zinc-finger of RNA-polymerase I-specific TFIIB, Rrn7 / Rrn7/TAF1B, N-terminal cyclin domain / Rrn7/TAF1B, C-terminal cyclin domain / Centromere-binding protein ParB, C-terminal / Centromere-binding protein ParB C-terminal / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / Centrosomal protein CEP104-like, TOG domain / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / : / STT3/PglB/AglB core domain / Parkin co-regulated protein / Parkin co-regulated protein / Stm1-like, N-terminal / Stm1 / TOG domain / TOG / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / HEAT-like repeat / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / : / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L3-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L26-like protein ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L3-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L26-like protein / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein s10-like protein / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S13-like protein / 40S ribosomal protein s15-like protein / 60S ribosomal protein L6 / dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase / 60S ribosomal protein l9-like protein / 60S ribosomal protein l21-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L24-like protein / Putative plasmid related protein / Ribosomal protein s27-like protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S27a-like protein / 40S ribosomal protein S20-like protein / Hyaluronan/mRNA-binding protein domain-containing protein / 60S ribosomal protein L2-like protein / 60S ribosomal protein L25-like protein / 60S ribosomal protein L43-like protein / 40S ribosomal protein S3 / Putative ribosomal protein / 60S ribosomal protein L32-like protein / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S17-like protein / 40S ribosomal protein S7 / Putative ribosomal protein / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L18-like protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Ribosomal protein L19 / Putative guanine nucleotide-binding protein / 60S ribosomal protein L8 / 40S ribosomal protein S2-like protein / 60S ribosomal protein L36 / 40S ribosomal protein S16-like protein / 60S ribosomal protein L44-like protein / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein l33-like protein / Ribosome-associated molecular chaperone SSB1 / Putative 60S ribosomal protein / 60S ribosomal protein L22-like protein / 60S ribosomal protein l5-like protein / 60S ribosomal protein l30-like protein / 60S ribosomal protein L10-like protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / 60S ribosomal protein L4-like protein / 40S ribosomal protein S19-like protein / 60S ribosomal protein l7-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Ribosomal protein l34-like protein / 60S ribosomal protein L38-like protein / 60S ribosomal protein L12-like protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 60S ribosomal protein L28-like protein / 60S ribosomal protein l17-like protein / 60S ribosomal protein L16-like protein / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S22-like protein / Large ribosomal subunit protein eL28 / Putative ribosomal protein / 40S ribosomal protein S21-like protein / 60S ribosomal protein l23-like protein / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS32A / 40S ribosomal protein S30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S29
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kisonaite, M. / Wild, K. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: High-resolution structures of a thermophilic eukaryotic 80S ribosome reveal atomistic details of translocation.
著者: Miglė Kišonaitė / Klemens Wild / Karine Lapouge / Thomas Ruppert / Irmgard Sinning /
要旨: Ribosomes are complex and highly conserved ribonucleoprotein assemblies catalyzing protein biosynthesis in every organism. Here we present high-resolution cryo-EM structures of the 80S ribosome from ...Ribosomes are complex and highly conserved ribonucleoprotein assemblies catalyzing protein biosynthesis in every organism. Here we present high-resolution cryo-EM structures of the 80S ribosome from a thermophilic fungus in two rotational states, which due to increased 80S stability provide a number of mechanistic details of eukaryotic translation. We identify a universally conserved 'nested base-triple knot' in the 26S rRNA at the polypeptide tunnel exit with a bulged-out nucleotide that likely serves as an adaptable element for nascent chain containment and handover. We visualize the structure and dynamics of the ribosome protective factor Stm1 upon ribosomal 40S head swiveling. We describe the structural impact of a unique and essential macp Ψ 18S rRNA hyper-modification embracing the anticodon wobble-position for eukaryotic tRNA and mRNA translocation. We complete the eEF2-GTPase switch cycle describing the GDP-bound post-hydrolysis state. Taken together, our data and their integration into the structural landscape of 80S ribosomes furthers our understanding of protein biogenesis.
履歴
登録2021年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年4月6日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12976
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 26S rRNA
2: 18S rRNA
3: 5S rRNA
4: 5.8S rRNA
A: Putative guanine nucleotide-binding protein
B: HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein
C: Ribosome-associated molecular chaperone SSB1
LA: 60S ribosomal protein L2-like protein
LB: 60S ribosomal protein L3-like protein
LC: 60S ribosomal protein L4-like protein
LD: 60S ribosomal protein l5-like protein
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein l7-like protein
LG: 60S ribosomal protein L8
LH: 60S ribosomal protein l9-like protein
LI: 60S ribosomal protein L10-like protein
LJ: Putative ribosomal protein
LK: 60S ribosomal protein L12-like protein
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14-like protein
LN: Ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L16-like protein
LP: 60S ribosomal protein l17-like protein
LQ: Ribosomal protein L18-like protein
LR: Ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L20
LT: 60S ribosomal protein l21-like protein
LU: 60S ribosomal protein L22-like protein
LV: 60S ribosomal protein l23-like protein
LW: 60S ribosomal protein L24-like protein
LX: 60S ribosomal protein L25-like protein
LY: 60S ribosomal protein L26-like protein
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L28-like protein
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein l30-like protein
Ld: Putative 60S ribosomal protein
Le: 60S ribosomal protein L32-like protein
Lf: 60S ribosomal protein l33-like protein
Lg: Ribosomal protein l34-like protein
Lh: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: Ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38-like protein
Ll: eL39
Lm: Ubiquitin
Ln: 60S ribosomal protein L41-A
Lo: 60S ribosomal protein L44-like protein
Lp: 60S ribosomal protein L43-like protein
Lq: Putative 60S ribosomal protein
Lr: 60S ribosomal protein L41-A
Ls: 60S acidic ribosomal protein P0
SA: 40S ribosomal protein S0
SB: 40S ribosomal protein S1
SC: 40S ribosomal protein S2-like protein
SD: 40S ribosomal protein S3-like protein
SE: 40S ribosomal protein S4
SF: 40S ribosomal protein s5-like protein
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SJ: 40S ribosomal protein s9-like protein
SK: 40S ribosomal protein s10-like protein
SL: 40S ribosomal protein S11-like protein
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13-like protein
SO: 40S ribosomal protein S14-like protein
SP: 40S ribosomal protein s15-like protein
SQ: 40S ribosomal protein S16-like protein
SR: 40S ribosomal protein S17-like protein
SS: Putative ribosomal protein
ST: 40S ribosomal protein S19-like protein
SU: 40S ribosomal protein S20-like protein
SV: 40S ribosomal protein S21-like protein
SW: 40S ribosomal protein S22-like protein
SX: 40S ribosomal protein s23-like protein
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sb: Ribosomal protein s27-like protein
Sc: 40S ribosomal protein S28-like protein
Sd: uS14
Se: 40S ribosomal protein S30
Sf: 40S ribosomal protein S27a-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,315,118663
ポリマ－3,300,71684
非ポリマー14,401579
水17,024945
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 1234

#1: RNA鎖 26S rRNA


分子量: 1078730.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 578887.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38596.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
#4: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50147.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

-
タンパク質 , 8種, 8分子 ABCLhLlLmLsSd

#5: タンパク質 Putative guanine nucleotide-binding protein


分子量: 35149.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9U0
#6: タンパク質 HABP4_PAI-RBP1 domain-containing protein


分子量: 32667.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S428
#7: タンパク質 Ribosome-associated molecular chaperone SSB1 / Heat shock protein SSB1 / Hsp70 chaperone Ssb


分子量: 67110.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCU5, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#41: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase


分子量: 14643.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0D7, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#45: タンパク質 eL39


分子量: 6297.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2H9R2
#46: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 14609.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S8G4
#51: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 33853.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGP3
#81: タンパク質 uS14


分子量: 6504.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2HB68

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 33分子 LALBLCLDLELFLGLHLILKLLLMLOLPLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLeLfLiLkLn...

#8: タンパク質 60S ribosomal protein L2-like protein


分子量: 27598.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S4P8
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L3-like protein


分子量: 44456.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RXW1
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L4-like protein


分子量: 39439.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFC3
#11: タンパク質 60S ribosomal protein l5-like protein


分子量: 35034.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEG2
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 22132.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0D6
#13: タンパク質 60S ribosomal protein l7-like protein


分子量: 28821.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFL0
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 29744.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SAJ9
#15: タンパク質 60S ribosomal protein l9-like protein


分子量: 21582.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0E5
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like protein


分子量: 25255.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEI1
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L12-like protein


分子量: 17802.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGH8
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24191.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S992
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L14-like protein


分子量: 16111.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1R0
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L16-like protein


分子量: 23035.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SH61
#23: タンパク質 60S ribosomal protein l17-like protein


分子量: 21072.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGY1
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20341.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCE2
#27: タンパク質 60S ribosomal protein l21-like protein


分子量: 18159.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0Z3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L22-like protein


分子量: 14302.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SDS8
#29: タンパク質 60S ribosomal protein l23-like protein


分子量: 14674.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SI44
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L24-like protein


分子量: 18081.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1P9
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L25-like protein


分子量: 17175.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S507
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L26-like protein


分子量: 15565.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RYN9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15803.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZE9
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L28-like protein


分子量: 16848.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SGT6
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7529.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2H9W4
#36: タンパク質 60S ribosomal protein l30-like protein


分子量: 11602.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SEI0
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L32-like protein


分子量: 15095.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6V4
#39: タンパク質 60S ribosomal protein l33-like protein


分子量: 12330.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SCL3
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12784.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBN1
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L38-like protein


分子量: 9537.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SG89
#47: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: P0CX86
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L44-like protein


分子量: 12045.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBZ6
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L43-like protein


分子量: 10158.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6B0

-
Putative ribosomal ... , 2種, 2分子 LJSS

#17: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHQ2
#70: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6J7

-
Ribosomal protein ... , 6種, 6分子 LNLQLRLgLjSb

#21: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24307.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZ88
#24: タンパク質 Ribosomal protein L18-like protein


分子量: 24195.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9B5
#25: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 22409.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9T3
#40: タンパク質 Ribosomal protein l34-like protein


分子量: 13492.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFN0
#43: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10660.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S101
#79: タンパク質 Ribosomal protein s27-like protein


分子量: 8923.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1S4

-
Putative 60S ribosomal ... , 2種, 2分子 LdLq

#37: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 13872.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SD68
#50: タンパク質 Putative 60S ribosomal protein


分子量: 15960.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHJ6

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSTSUSVSWSXSYSZSaScSeSf

#52: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 31158.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RYF9
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S7T8
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S2-like protein


分子量: 28556.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SAV4
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S3-like protein


分子量: 27893.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S6I7
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1A6
#57: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1Z0
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RY43
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S8C4
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RY45
#61: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S0Z4
#62: タンパク質 40S ribosomal protein s10-like protein


分子量: 18121.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZD8
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like protein


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SF00
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15961.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHH9
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RZM9
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFL1
#67: タンパク質 40S ribosomal protein s15-like protein


分子量: 17601.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S084
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SBR7
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S17-like protein


分子量: 16720.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S871
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S19-like protein


分子量: 17151.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SFK8
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S20-like protein


分子量: 13212.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S379
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S21-like protein


分子量: 10961.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SI21
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SHI0
#75: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0RY17
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: P0CU28
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 10932.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S1Y9
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13616.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S2X4
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S9M9
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6910.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: Q2H4C5
#83: タンパク質 40S ribosomal protein S27a-like protein


分子量: 17731.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S2X5

-
非ポリマー , 3種, 1524分子

#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#86: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chaetomium thermophilum 80S ribosome / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 32.51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2RELION3粒子像選択
8Cootモデルフィッティング
10RELION3CTF補正
11PHENIXモデル精密化
13RELION3初期オイラー角割当
15cisTEM最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 279818 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4V88

4v88

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 136.02 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003220717
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4405323303
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.031240284
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003621636
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.158876024

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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