[日本語] English
万見
- PDB-7ol1: The X-ray structure of L-threonine dehydrogenase from the common ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ol1
タイトルThe X-ray structure of L-threonine dehydrogenase from the common hospital pathogen Clostridium difficile.
要素L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / apoenzyme.
機能・相同性L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine 3-dehydrogenase activity / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / L-threonine 3-dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guo, J. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: The X-ray structure of L-threonine dehydrogenase from the common hospital pathogen Clostridium difficile.
著者: Adjogatse, E. / Bennett, J. / Guo, J. / Erskine, P.T. / Wood, S.P. / Wren, B.W. / Cooper, J.B.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase
B: L-threonine 3-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4172
ポリマ－76,4172
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Likely to be dimeric based on gel-filtration and crystallographic studies of related short-chain TDHs and PISA analysis of buried surface area and contacts (Krissinel, E. & Henrick, K. (2007). ...根拠: Likely to be dimeric based on gel-filtration and crystallographic studies of related short-chain TDHs and PISA analysis of buried surface area and contacts (Krissinel, E. & Henrick, K. (2007). J. Molec. Biol. 372, 774-797).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.870, 180.870, 88.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 L-threonine 3-dehydrogenase / L-threonine dehydrogenase / UDP-glucose 4-epimerase / Uncharacterized epimerase/dehydratase SAV0553


分子量: 38208.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal sequence MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRH originates from the expression tag.
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: cdgr_08060, NCTC13307_02322, SAMEA1402406_00083, SAMEA3375037_00176
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A346VYB9, L-threonine 3-dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.9 % / 解説: Multifaceted.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5 microlitres of enzyme at a concentration of 5 mg/ml and 5 microlitres of 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30 % v/v PEG 4000 (Molecular Dimensions Limited Structure Screen I, condition 35).
Temp details: Ambient temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→63.28 Å / Num. obs: 53475 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.118 / Net I/av σ(I): 4.2 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.56-2.78.31.7780.477580.5260.6461.8971.77899.4
2.7-2.8691.1680.773220.4071.2391.16899.6
2.86-3.069.40.7121.169090.2420.7530.71299.8
3.06-3.38.50.3342.364050.1210.3560.33499.2
3.3-3.6210.10.1784.259260.0580.1870.17899.6
3.62-4.0510.30.099753830.0320.1040.09999.6
4.05-4.679.70.0689.547710.0230.0720.06899.5
4.67-5.729.50.0618.840310.0210.0650.06199.2
5.72-8.110.20.0666.831710.0210.0690.06699.8
8.1-63.1979.50.0627.917990.0210.0650.06299.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lc1

5lc1


解像度: 2.6→63.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.429 / SU ML: 0.198 / SU R Cruickshank DPI: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 2500 5 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2024 47443 97.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 205.04 Å2 / Biso mean: 75.367 Å2 / Biso min: 27.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å2-1.47 Å2-0 Å2
2---2.95 Å20 Å2
3---9.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→63.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5030 0 0 112 5142
Biso mean---66.63 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.6436938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2971.58311296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6375636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91123.629248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.79715928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0261522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021107
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 156 -
Rwork0.367 2989 -
all-3145 -
obs--83.2 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る