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- PDB-7oku: X-ray structure of soluble EPCR in P3121 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oku
タイトルX-ray structure of soluble EPCR in P3121 space group
要素Endothelial protein C receptor
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / MHC class I-like / phospholipid / anticoagulant / endothelial cell membrane receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of coagulation / : / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / : ...negative regulation of coagulation / : / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelial protein C receptor / MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Endothelial protein C receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Erausquin, E. / Dichiara, M.G. / Lopez-Sagaseta, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-094894-B-I00 スペイン
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Identification of a broad lipid repertoire associated to the endothelial cell protein C receptor (EPCR).
著者: Erausquin, E. / Moran-Garrido, M. / Saiz, J. / Barbas, C. / Dichiara-Rodriguez, G. / Urdiciain, A. / Lopez-Sagaseta, J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A novel alpha / beta T-cell subpopulation defined by recognition of EPCR
著者: Erausquin, E. / Moran-Garrido, M. / Saiz, J. / Barbas, C. / Dichiara-Rodriguez, G. / Ramirez, N. / Lopez-Sagaseta, J.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial protein C receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1297
ポリマ－22,2011
非ポリマー1,9286
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.619, 70.619, 97.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endothelial protein C receptor / Activated protein C receptor / APC receptor / Endothelial cell protein C receptor


分子量: 22200.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROCR, EPCR / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UNN8

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 56分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.12 Å / Num. obs: 21046 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 52.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1463 / CC1/2: 0.516 / Χ2: 0.78 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSBUILT=20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LQV

1lqv


解像度: 1.95→38.09 Å / SU ML: 0.2984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0911
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 997 4.75 %RANDOM
Rwork0.1979 20012 --
obs0.1997 21009 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1350 0 123 53 1526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01441512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44432052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0142254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5779253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.050.30721460.28552792X-RAY DIFFRACTION99.97
2.05-2.180.31071560.25422817X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.350.28131340.21682824X-RAY DIFFRACTION99.86
2.35-2.590.21551200.23152841X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.960.29591600.26722852X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.730.20851450.21082872X-RAY DIFFRACTION100
3.73-38.090.22531360.16563014X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.8797007934 Å / Origin y: -19.3138883521 Å / Origin z: 3.43537806534 Å
111213212223313233
T0.533947372786 Å2-0.183632647073 Å20.037997803734 Å2-0.519714486339 Å20.0227279916674 Å2--0.354090930799 Å2
L3.60099940658 °22.53355197728 °2-0.619363983259 °2-5.14266725335 °2-0.811591363639 °2--1.9659025617 °2
S0.0137975095369 Å °-0.287669878451 Å °-0.120089745127 Å °-0.424039008143 Å °-0.12156368957 Å °-0.317899845184 Å °-0.00450185123637 Å °0.030806560082 Å °0.0693950746648 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 8:204)A8 - 204
2X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resseq 1:2)B1 - 2
3X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resseq 1:2)C1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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