+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oku | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of soluble EPCR in P3121 space group | ||||||
要素 | Endothelial protein C receptor血管内皮細胞プロテインC受容体 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / MHC class I-like (MHCクラスI分子) / phospholipid (リン脂質) / anticoagulant (抗凝固薬) / endothelial cell membrane receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / 凝固・線溶系 / signaling receptor activity / focal adhesion / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / extracellular space ...negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / 凝固・線溶系 / signaling receptor activity / focal adhesion / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Erausquin, E. / Dichiara, M.G. / Lopez-Sagaseta, J. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022 タイトル: Identification of a broad lipid repertoire associated to the endothelial cell protein C receptor (EPCR). 著者: Erausquin, E. / Moran-Garrido, M. / Saiz, J. / Barbas, C. / Dichiara-Rodriguez, G. / Urdiciain, A. / Lopez-Sagaseta, J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: A novel alpha / beta T-cell subpopulation defined by recognition of EPCR 著者: Erausquin, E. / Moran-Garrido, M. / Saiz, J. / Barbas, C. / Dichiara-Rodriguez, G. / Ramirez, N. / Lopez-Sagaseta, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oku.cif.gz | 110.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7oku.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oku.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7oku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/7oku | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22200.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROCR, EPCR / プラスミド: pAcGP67A 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UNN8 |
---|
-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / | |
---|
-非ポリマー , 3種, 56分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PTY / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M Sodium formate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→38.12 Å / Num. obs: 21046 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 52.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 9.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1463 / CC1/2: 0.516 / Χ2: 0.78 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LQV 解像度: 1.95→38.09 Å / SU ML: 0.2984 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0911 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.09 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.8797007934 Å / Origin y: -19.3138883521 Å / Origin z: 3.43537806534 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|