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- PDB-7oks: X-ray structure of soluble EPCR in P212121 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oks
タイトルX-ray structure of soluble EPCR in P212121 space group
要素Endothelial protein C receptor血管内皮細胞プロテインC受容体
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / MHC class I-like (MHCクラスI分子) / PHOSPHOLIPID (リン脂質) / ANTICOAGULANT (抗凝固薬) / ENDOTHELIAL CELL MEMBRANE RECEPTOR.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / 凝固・線溶系 / signaling receptor activity / focal adhesion / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / extracellular space ...negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / 凝固・線溶系 / signaling receptor activity / focal adhesion / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
血管内皮細胞プロテインC受容体 / MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ホスファチジルエタノールアミン / 血管内皮細胞プロテインC受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Erausquin, E. / Dichiara, M.G. / Lopez-Sagaseta, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-094894-B-I00 スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Identification of a broad lipid repertoire associated to the endothelial cell protein C receptor (EPCR).
著者: Erausquin, E. / Moran-Garrido, M. / Saiz, J. / Barbas, C. / Dichiara-Rodriguez, G. / Urdiciain, A. / Lopez-Sagaseta, J.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial protein C receptor
B: Endothelial protein C receptor
C: Endothelial protein C receptor
D: Endothelial protein C receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,74627
ポリマ－88,1864
非ポリマー8,56023
水4,161231
1
A: Endothelial protein C receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0596
ポリマ－22,0471
非ポリマー2,0125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endothelial protein C receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1217
ポリマ－22,0471
非ポリマー2,0746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endothelial protein C receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4457
ポリマ－22,0471
非ポリマー2,3996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endothelial protein C receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1217
ポリマ－22,0471
非ポリマー2,0746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.437, 94.019, 124.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 9 through 10 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 9 through 19 or (resid 20...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 9 through 10 and (name N...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 9 through 10 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNASNA2 - 40
d_12ens_1THRPROA42 - 97
d_13ens_1SERSERA99 - 112
d_14ens_1PHEGLUA114 - 120
d_15ens_1ALATHRA122 - 159
d_16ens_1VALILEA161 - 168
d_17ens_1NAGNAGB
d_18ens_1NAGNAGE
d_21ens_1GLNASNJ1 - 39
d_22ens_1THRPROJ41 - 96
d_23ens_1SERSERJ98 - 111
d_24ens_1PHEGLUJ113 - 119
d_25ens_1ALATHRJ121 - 158
d_26ens_1VALILEJ160 - 167
d_27ens_1NAGNAGK
d_28ens_1NAGNAGN
d_31ens_1GLNASNT1 - 39
d_32ens_1THRSERT41 - 110
d_33ens_1PHEGLUT112 - 118
d_34ens_1ALATHRT120 - 157
d_35ens_1VALILET159 - 166
d_36ens_1NAGNAGU
d_37ens_1NAGNAGX
d_41ens_1GLNASND2 - 40
d_42ens_1THRPROD42 - 97
d_43ens_1SERSERD101 - 114
d_44ens_1PHEGLUD116 - 122
d_45ens_1ALATHRD124 - 161
d_46ens_1VALILED163 - 170
d_47ens_1NAGNAGN
d_48ens_1NAGNAGP

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.98157086558, -0.178870815605, -0.0672596994422), (-0.181866324455, 0.982452591738, 0.0413708232513), (0.0586794331393, 0.0528406691101, -0.99687741865)39.0916686923, -0.279868852424, -64.446868065
2given(0.866204958737, -0.151136128513, 0.476284410954), (0.0558065242746, -0.91793887175, -0.392777111832), (0.496562786874, 0.366805259488, -0.786688820503)14.3774362346, 44.147878305, -64.3604087047
3given(-0.891641157795, -0.049650051219, -0.450012131104), (0.218446471959, -0.917794753525, -0.331562858731), (-0.396556660031, -0.393938653619, 0.829189455173)25.7221416147, 44.880496736, 5.27770655366

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Endothelial protein C receptor / 血管内皮細胞プロテインC受容体 / Activated protein C receptor / APC receptor / Endothelial cell protein C receptor


分子量: 22046.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Remaining N-terminal GP motif from 3C site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROCR, EPCR / プラスミド: pAcGP67A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UNN8

-
糖 , 4種, 12分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(5-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb5-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+2)][a-L-Sorp5N]{[(5+1)][<C1O1>]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 242分子

#6: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M sodium acetate pH 8.0, 0.1 M Tris pH 7.0 / PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.53 Å / Num. obs: 67837 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 36.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.081 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4494 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.447 / Χ2: 0.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSBUILT=20190315データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LQV

1lqv


解像度: 1.95→40.32 Å / SU ML: 0.2598 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1281
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 3289 4.87 %RANDOM
Rwork0.199 64310 --
obs0.201 67599 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5313 0 549 231 6093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00946036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07738181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.68491050
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.28233804157
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.66824818752
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.24801280178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.980.37331320.33732771X-RAY DIFFRACTION99.52
1.98-2.010.32751370.29992802X-RAY DIFFRACTION99.83
2.01-2.040.2911290.26342730X-RAY DIFFRACTION99.55
2.04-2.080.31391480.25362775X-RAY DIFFRACTION99.32
2.08-2.120.27031250.24732717X-RAY DIFFRACTION99.27
2.12-2.160.29181530.23352760X-RAY DIFFRACTION99.49
2.16-2.20.25881280.22342741X-RAY DIFFRACTION98.79
2.2-2.250.26281480.21282760X-RAY DIFFRACTION99.49
2.25-2.30.25321480.20752807X-RAY DIFFRACTION99.86
2.3-2.360.27571210.20532765X-RAY DIFFRACTION99.55
2.36-2.420.26931550.21292733X-RAY DIFFRACTION99.48
2.42-2.490.2621680.22492765X-RAY DIFFRACTION99.56
2.49-2.570.27871470.22022767X-RAY DIFFRACTION99.83
2.57-2.670.30661580.2162787X-RAY DIFFRACTION99.83
2.67-2.770.27491490.21412789X-RAY DIFFRACTION99.73
2.77-2.90.32971340.22632810X-RAY DIFFRACTION99.86
2.9-3.050.26651260.23722806X-RAY DIFFRACTION99.97
3.05-3.240.24891310.20712833X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.26061480.18812818X-RAY DIFFRACTION99.9
3.49-3.840.22151770.17372794X-RAY DIFFRACTION99.97
3.84-4.40.14341430.15542851X-RAY DIFFRACTION99.93
4.4-5.540.18061450.16462906X-RAY DIFFRACTION99.93
5.54-40.320.25391390.20373023X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07683157763-0.713837092788-0.6443409369382.25957856627-0.1023835461642.767930668980.07934294001530.07341947846780.176174950365-0.1883627713560.0398717806398-0.0405546030019-0.0547579269907-0.0322865098247-0.1190241510330.262031722922-0.006139687369930.0215582959320.204850321590.01107385731250.244673147408-0.17935227893416.7058450278-18.4486993093
22.331765740350.693487666067-0.6468048271082.779278702520.5068691153683.500385353440.0863467514732-0.1408745133660.03000811788110.215797474242-0.03806607658190.008500131216220.0127403765675-0.060990914989-0.04867185433320.279744180610.03372802482370.01080023586240.2442607603380.008565882830360.22869182044337.480516609215.0209534231-45.3358140457
32.087931100940.5151804710550.6532663110071.670772638830.02603625855223.09036439923-0.0225970474541-0.0118791093651-0.04064575585980.09054077793940.08600051645920.04086084167060.0803269322644-0.17162298591-0.06472287245050.292267442848-0.000691100101354-0.03391965888410.256514978220.009322213218620.2732550984752.9294107021436.1793267142-44.241249117
41.61394239077-0.224447938440.8087502295742.28113807052-0.2738631592974.09911852258-0.04250852676860.080816845367-0.0911207157743-0.03067512150550.1305723916960.02546919608230.266389346668-0.137019290775-0.08568904622720.303215622463-0.0437804133347-0.03397049501090.252080174896-0.01618511427260.24827304819233.16073844335.7351331261-16.2221207674
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 8:177)AA - F8 - 1771
22(chain B and resseq 9:177)BB - H9 - 1771
33(chain C and resseq 9:177)CC - AA9 - 1771
44(chain D and resseq 9:177)DD - P9 - 1772
51(chain E and resseq 201)E201
61(chain F and resseq 203)F203
71(chain F and resseq 206)F206
81(chain G and resseq 204)G204
92(chain H and resseq 201)H201
102(chain H and resseq 206)H206
112(chain I and resseq 202)I202
122(chain J and resseq 205)J205
133(chain K and resseq 201)K201
143(chain K and resseq 202)K202
153(chain L and resseq 203)L203
163(chain L and resseq 208)L208
173(chain M and resseq 204)M204
184(chain N and resseq 201)N201
194(chain N and resseq 207)N207
204(chain O and resseq 202)O202
214(chain O and resseq 206)O206
224(chain P and resseq 205)P205
234(chain P and resseq 208)P208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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