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万見
- PDB-7ok5: Crystal structure of mouse neurofascin 155 immunoglobulin domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ok5
タイトルCrystal structure of mouse neurofascin 155 immunoglobulin domains
要素Neurofascin 155
キーワードCELL ADHESION / Dimer Glycoprotein Immunoglobulin cell adhesion protein Neural cell adhesion protein Horseshoe
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Chataigner, L.M.P. / Janssen, B.J.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC) オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the contactin 1 - neurofascin 155 adhesion complex.
著者: Chataigner, L.M.P. / Gogou, C. / den Boer, M.A. / Frias, C.P. / Thies-Weesie, D.M.E. / Granneman, J.C.M. / Heck, A.J.R. / Meijer, D.H. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neurofascin 155
A: Neurofascin 155
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5648
ポリマ－139,2612
非ポリマー5,3036
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint104 kcal/mol
Surface area61310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.604, 96.273, 238.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neurofascin 155


分子量: 69630.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nfasc / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% (w/v) PEG 8000 and 100 mM HEPES/Sodium hydroxide pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→79.54 Å / Num. obs: 37686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 80.069 Å2 / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.97→3.02 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1838 / CC1/2: 0.399 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P3Y

3p3y


解像度: 2.97→74.92 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1879 5 %
Rwork0.2214 35695 -
obs0.2238 37574 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 284.6 Å2 / Biso mean: 113.2317 Å2 / Biso min: 54.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.97→74.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9191 0 355 0 9546
Biso mean--151.22 --
残基数----1161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.97-3.050.41951480.36862642279098
3.05-3.140.3631430.32482683282699
3.14-3.240.3581500.28292711286199
3.24-3.360.30041400.280727112851100
3.36-3.490.28971570.273126702827100
3.49-3.650.33111140.24527742888100
3.65-3.840.31821460.238727312877100
3.84-4.080.24821130.218127802893100
4.08-4.40.24941660.197527252891100
4.4-4.840.2381420.18332753289599
4.84-5.540.22431570.186127742931100
5.54-6.980.27741570.22628052962100
6.98-74.920.24131460.20082936308299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82440.935-1.30757.6887-2.27239.5861-0.0114-0.0373-0.1595-0.2178-0.0053-0.32480.16390.0603-0.0140.63250.04170.07040.68450.09150.7848-12.0645-50.043663.9012
21.42790.6948-0.63612.9848-1.26943.0532-0.0808-0.01080.32960.02010.20840.7414-0.2687-0.3109-0.21370.82390.103-0.00760.8464-0.00950.8833-19.3247-22.447155.7292
34.14762.0201-0.58733.888-0.10591.71590.7026-0.11570.04411.3088-0.6762-1.13470.23610.3288-0.00061.9956-0.13980.06531.12190.23491.1129-5.3441-34.2834100.1314
443.51111.92493.18921.27192.11930.01620.51-1.58420.35390.8239-1.71890.16561.0421-0.52311.34820.02330.18341.6686-0.49122.054424.7997-14.647488.9188
51.6966-0.1971-0.1844.98842.83769.0490.0151-0.0917-0.2089-0.1715-0.1370.15290.3527-0.29250.0931.054-0.15340.23270.7391-0.07850.8592-0.511-50.133117.2097
60.6837-0.5145-0.18411.77821.64643.59690.0613-0.13940.1679-0.23090.4267-0.82430.25910.4258-0.57290.8477-0.03450.21040.7559-0.09671.03422.0976-36.918630.5489
71.76980.1105-1.58826.10541.75344.6483-0.1337-0.11420.3353-0.314-0.1445-0.4421-0.08620.02750.2591.22130.0773-0.03730.8196-0.05060.736313.4111-34.6476-18.1368
80.92821.32850.63245.93543.07232.3553-0.199-0.13020.1345-0.8907-0.00650.2172-0.9212-0.3530.25321.59570.0850.10020.9177-0.0360.926713.79021.1453-6.1328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 24 through 132)B24 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 133 through 436) or (chain 'B' and (resid 622 through 628))B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 437 through 530 ) or (chain 'B' and (resid 629 through 631 ))B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 531 through 621 ) or (chain 'B' and (resid 632 through 635 ))B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 24 through 132 )A24 - 132
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 133 through 436 ) or (chain 'A' and (resid 624 through 630 ))A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 437 through 530 ) or (chain 'A' and (resid 631 through 633 ))A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 531 through 623) or (chain 'A' and (resid 634 through 638 ))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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