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- PDB-7oj1: Bacillus subtilis IMPDH in complex with Ap4A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oj1
タイトルBacillus subtilis IMPDH in complex with Ap4A
要素(Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / IMP Dehydrogenase / Delta CBS mutant
機能・相同性BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Giammarinaro, P.I. / Bange, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Diadenosine tetraphosphate regulates biosynthesis of GTP in Bacillus subtilis.
著者: Giammarinaro, P.I. / Young, M.K.M. / Steinchen, W. / Mais, C.N. / Hochberg, G. / Yang, J. / Stevenson, D.M. / Amador-Noguez, D. / Paulus, A. / Wang, J.D. / Bange, G.
履歴
登録2021年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2186
ポリマ－88,4972
非ポリマー1,7214
水63135
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,87224
ポリマ－353,9878
非ポリマー6,88616
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
crystal symmetry operation5_544x+1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_544-x+1/2,-y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_544-y+1/2,x-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_544y+1/2,-x-1/2,z-1/21
Buried area42390 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area137730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.750, 133.750, 149.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量: 42969.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: guaB, B4122_3662, B4417_3411, ETA10_00070, ETK61_00070, GII81_00070, SC09_Contig28orf00345
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: IMP dehydrogenase
#2: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量: 45527.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: guaB, B4122_3662, B4417_3411, ETA10_00070, ETK61_00070, GII81_00070, SC09_Contig28orf00345
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: IMP dehydrogenase
#3: 化合物 ChemComp-B4P / BIS(ADENOSINE)-5'-TETRAPHOSPHATE / ジアデノシン四りん酸


分子量: 836.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N10O19P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 40% v/v 1,2-Propanediol, 20% Glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978561 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978561 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→99.73 Å / Num. obs: 89450 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.523.90.4641753044740.6490.2640.5362.699.8
9.77-99.733.60.0728347830.9870.0420.08214.899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DQW

4dqw


解像度: 2.44→66.88 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2872 4664 5.21 %
Rwork0.2682 --
obs0.2692 89450 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→66.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6112 0 108 35 6255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0778475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8562321
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.470.40311800.38022823X-RAY DIFFRACTION94
2.47-2.50.39391530.36762813X-RAY DIFFRACTION94
2.5-2.530.39141310.362964X-RAY DIFFRACTION94
2.53-2.560.32541540.35442811X-RAY DIFFRACTION94
2.56-2.60.35841460.34372844X-RAY DIFFRACTION94
2.6-2.630.31161520.34212825X-RAY DIFFRACTION93
2.63-2.670.42741050.32992914X-RAY DIFFRACTION93
2.67-2.710.34931730.32212755X-RAY DIFFRACTION93
2.71-2.750.3091800.30832785X-RAY DIFFRACTION92
2.75-2.80.32881660.29192698X-RAY DIFFRACTION89
2.8-2.840.31741490.29442551X-RAY DIFFRACTION85
2.84-2.90.28181370.29492697X-RAY DIFFRACTION89
2.9-2.950.40281680.30482920X-RAY DIFFRACTION95
2.95-3.010.29751640.312906X-RAY DIFFRACTION95
3.01-3.080.33171670.28272839X-RAY DIFFRACTION95
3.08-3.150.28381850.27782882X-RAY DIFFRACTION95
3.15-3.230.30741420.27032856X-RAY DIFFRACTION94
3.23-3.310.28071310.27242858X-RAY DIFFRACTION93
3.31-3.410.32971610.25792763X-RAY DIFFRACTION90
3.41-3.520.31581620.26632656X-RAY DIFFRACTION87
3.52-3.650.29831580.25922854X-RAY DIFFRACTION94
3.65-3.790.28141310.25212920X-RAY DIFFRACTION96
3.79-3.970.29591500.24742878X-RAY DIFFRACTION96
3.97-4.180.24521720.23042901X-RAY DIFFRACTION95
4.18-4.440.26831610.23192829X-RAY DIFFRACTION93
4.44-4.780.2241220.24392745X-RAY DIFFRACTION89
4.78-5.260.27721640.24722914X-RAY DIFFRACTION96
5.26-6.020.27971760.29022904X-RAY DIFFRACTION96
6.02-7.580.30711590.27232778X-RAY DIFFRACTION92
7.59-66.880.2051650.22842903X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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