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- PDB-7oi1: Crystal structure of Synechocystis sp PCC6803 guanidinium hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oi1
タイトルCrystal structure of Synechocystis sp PCC6803 guanidinium hydrolase
要素Probable agmatinase 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ureohydrolase family protein / arginase/agmatinase family protein / Ni2+ enzyme / 2-metal ion cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用 / putrescine biosynthetic process from arginine, via agmatine / agmatinase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Agmatinase-related / Ureohydrolase domain / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Guanidine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fleming, J.R. / Mayans, O.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)681777 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Ni 2+ -dependent guanidine hydrolase in bacteria.
著者: Funck, D. / Sinn, M. / Fleming, J.R. / Stanoppi, M. / Dietrich, J. / Lopez-Igual, R. / Mayans, O. / Hartig, J.S.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable agmatinase 2
B: Probable agmatinase 2
C: Probable agmatinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,66420
ポリマ－129,4133
非ポリマー1,25017
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.360, 140.210, 86.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-401-

CL

21A-545-

HOH

31B-526-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 11 through 249 or resid 251...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 11 through 249 or resid 251...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 11 through 249 or resid 251...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROVALA1 - 239
d_12ens_1VALCYSA241 - 277
d_13ens_1TRPTHRA279 - 319
d_14ens_1VALASPA321 - 378
d_21ens_1PROVALB1 - 239
d_22ens_1VALCYSB241 - 277
d_23ens_1TRPTHRB279 - 319
d_24ens_1VALASPB321 - 378
d_31ens_1PROVALC1 - 239
d_32ens_1VALCYSC241 - 277
d_33ens_1TRPTHRC279 - 319
d_34ens_1VALASPC321 - 378

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0937256241662, 0.675355028544, -0.731512879446), (0.672938974051, -0.498520911279, -0.546470528227), (-0.733736086463, -0.543481817946, -0.407748536459)3.56486623161, 36.1526151252, 37.6773356465
2given(-0.0926565806031, -0.672931680637, -0.733878539859), (-0.67226129145, -0.501416675025, 0.544652250546), (-0.734492691651, 0.543823750127, -0.405926366118)4.60117611622, -33.9536878922, 36.8382076606

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Probable agmatinase 2 / Agmatine ureohydrolase 2 / AUH 2


分子量: 43137.805 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: speB2, sll1077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73270, agmatinase

-
非ポリマー , 6種, 415分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1mM sodium citrate pH 5.5, 40% [v/v] PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.15 Å / Num. obs: 82121 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Num. unique obs: 2561 / CC1/2: 0.548

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NIO

3nio


解像度: 1.9→29.15 Å / SU ML: 0.2751 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 2453 2.99 %
Rwork0.1728 79497 -
obs0.1739 81950 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8748 0 50 398 9196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00759009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.906412251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05661372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00911605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5473303
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.21296469663
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.219836565096
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.48951300.43924221X-RAY DIFFRACTION93.55
1.93-1.970.44991320.37174393X-RAY DIFFRACTION97.46
1.97-2.020.37351390.32344408X-RAY DIFFRACTION97.85
2.02-2.060.31361400.2844390X-RAY DIFFRACTION97.71
2.06-2.110.28821300.25054417X-RAY DIFFRACTION97.76
2.11-2.170.27151310.22724413X-RAY DIFFRACTION97.99
2.17-2.230.29981380.21944435X-RAY DIFFRACTION98.26
2.23-2.310.29321390.21554403X-RAY DIFFRACTION98.16
2.31-2.390.24481340.19074420X-RAY DIFFRACTION97.91
2.39-2.480.24921410.18634457X-RAY DIFFRACTION98.21
2.48-2.60.29831340.18694390X-RAY DIFFRACTION97.25
2.6-2.730.22111360.17554304X-RAY DIFFRACTION95.55
2.73-2.910.19481430.17494485X-RAY DIFFRACTION98.83
2.91-3.130.23191390.16484449X-RAY DIFFRACTION98.99
3.13-3.440.1851420.16164511X-RAY DIFFRACTION99.17
3.44-3.940.15831340.14574467X-RAY DIFFRACTION98.67
3.94-4.960.16561310.13454418X-RAY DIFFRACTION97.14
4.96-29.150.16731400.15344516X-RAY DIFFRACTION98.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7834406256340.01421653616120.06375074954680.822767696849-0.1579570249130.556491949527-0.0108400425420.02727242188610.0213038173410.01489977174050.00574427321489-0.212434402219-0.02921319985610.1903663496770.009611473711790.342034384065-0.01354828306680.002702940258340.449496148381-0.009233477980320.4535601780926.210485064273.0670116578836.9159685667
21.13515083833-0.0331619456977-0.1623410512710.5493886280610.148704916340.8482715234530.0005403064805990.2322728526350.193790816374-0.140658656813-0.006301075365840.0157720343787-0.215856283411-0.03324537165010.005740693372420.4200561357940.00249029286466-0.009384008447640.398883390950.0740044971890.37966398515-21.942232990818.605490384516.4397027508
30.9807796626450.204768532714-0.03012456904430.712437194467-0.2104457577540.820665350642-0.02381022682650.26165768812-0.255506713855-0.1447441640950.0460229738093-0.01352719615430.136699915138-0.00630429599902-0.01565955704840.405013383475-0.00678065591765-0.01768953520490.385372421127-0.0829145576820.41892727434-25.1171576351-19.53378450118.9958569188
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 11 - 388 / Label seq-ID: 1 - 378

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 11 through 388)AA
22(chain 'B' and resid 11 through 388)BB
33(chain 'C' and resid 11 through 388)CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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