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Yorodumi- PDB-7oi1: Crystal structure of Synechocystis sp PCC6803 guanidinium hydrolase -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oi1 | ||||||
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Title | Crystal structure of Synechocystis sp PCC6803 guanidinium hydrolase | ||||||
Components | Probable agmatinase 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / ureohydrolase family protein / arginase/agmatinase family protein / Ni2+ enzyme / 2-metal ion cluster | ||||||
Function / homology | Function and homology information agmatinase / putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Synechocystis sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Fleming, J.R. / Mayans, O.M. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2022 Title: Discovery of a Ni 2+ -dependent guanidine hydrolase in bacteria. Authors: Funck, D. / Sinn, M. / Fleming, J.R. / Stanoppi, M. / Dietrich, J. / Lopez-Igual, R. / Mayans, O. / Hartig, J.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7oi1.cif.gz | 467 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7oi1.ent.gz | 365 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7oi1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7oi1_validation.pdf.gz | 470.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7oi1_full_validation.pdf.gz | 474.7 KB | Display | |
Data in XML | 7oi1_validation.xml.gz | 42.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7oi1_validation.cif.gz | 61.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/7oi1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7esrC 3nioS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 43137.805 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (bacteria) Strain: PCC 6803 / Kazusa / Gene: speB2, sll1077 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P73270, agmatinase |
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-Non-polymers , 6 types, 415 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NI / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1mM sodium citrate pH 5.5, 40% [v/v] PEG 600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→29.15 Å / Num. obs: 82121 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.92 Å / Num. unique obs: 2561 / CC1/2: 0.548 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NIO Resolution: 1.9→29.15 Å / SU ML: 0.2751 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.7756 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→29.15 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 11 - 388 / Label seq-ID: 1 - 378
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