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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ohv | ||||||
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タイトル | Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL2 expression shut down, population C | ||||||
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![]() | RIBOSOME / ribosomal assembly state | ||||||
機能・相同性 | ![]() 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / snoRNA release from pre-rRNA / protein-RNA complex remodeling / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / PeBoW complex ...27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / snoRNA release from pre-rRNA / protein-RNA complex remodeling / nuclear division / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / PeBoW complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / chromosome organization / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear periphery / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / protein catabolic process / rRNA processing / nuclear envelope / ribosomal small subunit biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
![]() | Milkereit, P. / Poell, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Analysis of subunit folding contribution of three yeast large ribosomal subunit proteins required for stabilisation and processing of intermediate nuclear rRNA precursors. 著者: Gisela Pöll / Michael Pilsl / Joachim Griesenbeck / Herbert Tschochner / Philipp Milkereit / ![]() 要旨: In yeast and human cells many of the ribosomal proteins (r-proteins) are required for the stabilisation and productive processing of rRNA precursors. Functional coupling of r-protein assembly with ...In yeast and human cells many of the ribosomal proteins (r-proteins) are required for the stabilisation and productive processing of rRNA precursors. Functional coupling of r-protein assembly with the stabilisation and maturation of subunit precursors potentially promotes the production of ribosomes with defined composition. To further decipher mechanisms of such an intrinsic quality control pathway we analysed here the contribution of three yeast large ribosomal subunit r-proteins rpL2 (uL2), rpL25 (uL23) and rpL34 (eL34) for intermediate nuclear subunit folding steps. Structure models obtained from single particle cryo-electron microscopy analyses provided evidence for specific and hierarchic effects on the stable positioning and remodelling of large ribosomal subunit domains. Based on these structural and previous biochemical data we discuss possible mechanisms of r-protein dependent hierarchic domain arrangement and the resulting impact on the stability of misassembled subunits. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 12910MC ![]() 7of1C ![]() 7oh3C ![]() 7ohpC ![]() 7ohqC ![]() 7ohrC ![]() 7ohsC ![]() 7ohtC ![]() 7ohuC ![]() 7ohwC ![]() 7ohxC ![]() 7ohyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 4.9 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisisae depleted of rpL2 [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 126
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 834774822 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 940534893 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosome biogenesis protein ... , 7種, 7分子 Amoprtu
#4: タンパク質 | 分子量: 33585.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08235 |
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#37: タンパク質 | 分子量: 91830.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04660 |
#39: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53927 |
#40: タンパク質 | 分子量: 51426.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12024 |
#41: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40078 |
#42: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40693 |
#43: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07915 |
+60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 BCEFGHLMNOPQRSUVXYZadefhijk
-タンパク質 , 9種, 9分子 DJKWbnvwy
#7: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03532, RNA helicase |
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#12: タンパク質 | 分子量: 49842.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36049 |
#13: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38779 |
#24: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33201 |
#29: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02892 |
#38: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53261 |
#44: タンパク質 | 分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40007 |
#45: タンパク質 | 分子量: 96656.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P25582, 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase |
#46: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#47: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from cells depleted of rpL2. タイプ: RIBOSOME 詳細: Sample obtained from cellular extracts via affinity purification. Extracts were prepared from a rpL2 expression mutant strain. Entity ID: #1-#46 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 5.16 sec. / 電子線照射量: 86.45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19178 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6ELZ Accession code: 6ELZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |