PDB-7ohg: Structure of Thermus thermophilus Rel bound to the non-hydrolasab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ohg

タイトル

Structure of Thermus thermophilus Rel bound to the non-hydrolasable alarmone analogue

要素

Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

キーワード

TRANSFERASE / GTP / GDP pyrophospho-hydrolase / ppGpp / alarmones / Rel

機能・相同性

機能・相同性情報

Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.507 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Thermus thermophilus Rel bound to the non-hydrolasable alarmone analogue
著者: Garcia-Pino, A.

履歴

登録	2021年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ohg.cif.gz	158.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ohg.ent.gz	124.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ohg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/7ohg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/7ohg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s2vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.121, 88.121, 182.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Guanosine-3',5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase 分子量: 40750.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: TthHC11_17770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A510IKK7

-
非ポリマー , 7種, 112分子

#2: 化合物	ChemComp-VE8 / Non-hydrolasable alarmone analogue / ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl]-phosphonooxy-phosphonamidic acid 分子量: 682.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉N₆O₁₉P₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.05 % / 解説: long rods
結晶化	温度: 295.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8 % w/v PEG 20000; 0.05 M Tris 8.5; 1.2 M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.507→88.12 Å / Num. obs: 14157 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 23 % / B_iso Wilson estimate: 74.46 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.507→2.858 Å / R_merge(I) obs: 1.048 / Num. unique obs: 707 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.316

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3 (20-MAY-2020)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S2V

6s2v

解像度: 2.507→88.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU R Cruickshank DPI: 0.689 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.803 / SU R_free Blow DPI: 0.342 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.339

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2453	688	4.86 %	RANDOM
R_work	0.2068	-	-	-
obs	0.2086	14157	55.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1508 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1508 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3015 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.507→88.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2771	0	56	102	2929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	2875	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	3906	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1025	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		497	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2875	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.92
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		371	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2409	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.76 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3784	-	5.52 %
R_work	0.2668	394	-
obs	-	-	78.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 66.0072 Å / Origin y: 49.4455 Å / Origin z: 19.026 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1327 Å²	-0.039 Å²	0.0741 Å²	-	0.0996 Å²	-0.0439 Å²	-	-	-0.047 Å²
L	0.5 °²	-0.1882 °²	-1.0068 °²	-	0.573 °²	0.3125 °²	-	-	3.0223 °²
S	0.2574 Å °	0.0734 Å °	0.1837 Å °	0.0694 Å °	-0.004 Å °	0.0073 Å °	-0.1675 Å °	0.1436 Å °	-0.2534 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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