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万見
- PDB-7oh8: R17A mutant of Hfq protein from Neisseria meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oh8
タイトルR17A mutant of Hfq protein from Neisseria meningitidis
要素RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN / sRNA / mRNA / annealing
機能・相同性RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / LSM domain superfamily / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / RNA-binding protein Hfq
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Moche, M. / Karlsson, J. / Loh, E.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation2014.0177 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of wild type, Q9A and R17A single mutant Hfq structures from Neisseria meningitidis
著者: Karlsson, J. / Moche, M. / Loh, E.
履歴
登録2021年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7723
ポリマ－22,7723
非ポリマー00
水3,981221
1
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq

A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5456
ポリマ－45,5456
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.683, 106.252, 27.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-169-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA5 - 701 - 66
21VALVALBB5 - 701 - 66
12VALVALAA5 - 701 - 66
22VALVALCC5 - 701 - 66
13LEULEUBB5 - 721 - 68
23LEULEUCC5 - 721 - 68

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein Hfq


分子量: 7590.796 Da / 分子数: 3 / 変異: R17A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: hfq, COH33_00770, COH52_02035, COI31_11405, ERS514851_00105, JY21_08770
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9VV05
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 1500, SPG pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.25 Å / Num. obs: 21006 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 268092 / Scaling rejects: 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.7312.32.041324410770.5660.5962.1281.496.1
9-40.2510.10.04818861860.9990.0150.0513299.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS20210323データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PN0

4pn0


解像度: 1.7→30.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 4.215 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.1636 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2953 991 4.9 %RANDOM
Rwork0.2405 ---
obs0.2432 19372 96.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.38 Å2 / Biso mean: 19.47 Å2 / Biso min: 9.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→30.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1591 0 0 222 1813
Biso mean---31.47 -
残基数----203
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.6292228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3331.5653621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68724.15677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34715285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.333156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02303
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A19600.08
12B19600.08
21A19630.08
22C19630.08
31B20100.05
32C20100.05
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 72 -
Rwork0.291 1431 -
all-1503 -
obs--96.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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