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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ogv | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | A self-complementary DNA dodecamer duplex contaning 5-hydroxymethylcitosine | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / 5-hydroxymethylcitosine / Chemically modified DNA / DNA duplex / Epigenetics | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | データ登録者 | Battistini, F. / Dans, P.D. / Terrazas, M. / Castellazzi, C.L. / Portella, G. / Labrador, M. / Villegas, N. / Brun-Heath, I. / Gonzalez, C. / Orozco, M. | 資金援助 | スペイン, 2件 |
引用 | ジャーナル: Plos Comput.Biol. / 年: 2021 | タイトル: The Impact of the HydroxyMethylCytosine epigenetic signature on DNA structure and function. 著者: Battistini, F. / Dans, P.D. / Terrazas, M. / Castellazzi, C.L. / Portella, G. / Labrador, M. / Villegas, N. / Brun-Heath, I. / Gonzalez, C. / Orozco, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ogv.cif.gz | 172.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ogv.ent.gz | 128.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ogv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ogv_validation.pdf.gz | 403.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ogv_full_validation.pdf.gz | 794.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ogv_validation.xml.gz | 65 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ogv_validation.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7oheC 7ohjC 7ohmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3694.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1 mM DNA (5'-D(*(DC5)P*GP*CP*GP*TP*(DH)P*GP*AP*CP*GP*CP*(DG3))-3'), 90% H2O/10% D2O 詳細: buffer: 25 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl / Label: unlabelled / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM 構成要素: DNA (5'-D(*(DC5)P*GP*CP*GP*TP*(DH)P*GP*AP*CP*GP*CP*(DG3))-3') Isotopic labeling: none |
試料状態 | 詳細: 25 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl / イオン強度: 125 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: none | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |