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- PDB-7ogn: Crystal structure of T2R-TTL -mebendazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ogn
タイトルCrystal structure of T2R-TTL -mebendazole complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin-Tyrosine Ligase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / microtubules / tubulin / mebendazole
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. ...Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Chem-V95 / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oliva, M.A. / Bonato, F. / Diaz, J.F.
資金援助 スペイン, European Union, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-104545RB-I00/AEI/10.13039/501100011033 スペイン
Spanish National Research CouncilFondo de Investigaciones Sanitarias COV20/01007 スペイン
European Research Council (ERC)H2020-MSCA-ITN-2019 860070 TUBINTRAINEuropean Union
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Effect of Clinically Used Microtubule Targeting Drugs on Viral Infection and Transport Function.
著者: Oliva, M.A. / Tosat-Bitrian, C. / Barrado-Gil, L. / Bonato, F. / Galindo, I. / Garaigorta, U. / Alvarez-Bernad, B. / Paris-Ogayar, R. / Lucena-Agell, D. / Gimenez-Abian, J.F. / Garcia- ...著者: Oliva, M.A. / Tosat-Bitrian, C. / Barrado-Gil, L. / Bonato, F. / Galindo, I. / Garaigorta, U. / Alvarez-Bernad, B. / Paris-Ogayar, R. / Lucena-Agell, D. / Gimenez-Abian, J.F. / Garcia-Dorival, I. / Urquiza, J. / Gastaminza, P. / Diaz, J.F. / Palomo, V. / Alonso, C.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,89430
ポリマ－266,9126
非ポリマー3,98224
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24580 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area79060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)104.900, 158.010, 179.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin-Tyrosine Ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 251分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-V95 / methyl N-(6-benzoyl-1H-benzimidazol-2-yl)carbamate / Mebendazole / 4030 / メベンダゾ-ル


分子量: 295.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES, Imidazole, calcium chloride, magnesium chloride, L-Tyrosine, glycerol, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50.35 Å / Num. obs: 150908 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 48.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 1440160 / Scaling rejects: 38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.2-2.249.91.3547299473750.670.4461.4271.7
12.05-50.358.40.031878210460.9990.0110.03351.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.25 Å50.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4o2b

4o2b


解像度: 2.2→50.35 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 7565 5.02 %
Rwork0.2087 143239 -
obs0.21 150804 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 214.98 Å2 / Biso mean: 65.2179 Å2 / Biso min: 26.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17200 0 359 227 17786
Biso mean--54.97 46.3 -
残基数----2171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.230.31632690.30294708497799
2.23-2.250.32412630.2994664492799
2.25-2.280.33612670.28914707497498
2.28-2.310.3062270.279547224949100
2.31-2.340.30432440.28464709495399
2.34-2.370.29232680.281247154983100
2.37-2.40.31392260.29534694492099
2.4-2.440.33692430.29894741498499
2.44-2.480.30262440.278147284972100
2.48-2.520.30652600.27574703496399
2.52-2.560.30223060.26384698500499
2.56-2.610.28092250.245247835008100
2.61-2.660.27582450.24654699494499
2.66-2.710.29022130.24864791500499
2.71-2.770.27532590.25084731499099
2.77-2.840.26742430.25134769501299
2.84-2.910.29322380.266647905028100
2.91-2.990.29852270.276547674994100
2.99-3.070.33052600.257447595019100
3.07-3.170.27442460.243147945040100
3.17-3.290.24982760.238647575033100
3.29-3.420.26422520.22874746499899
3.42-3.570.24972840.224247885072100
3.57-3.760.23642620.203747855047100
3.76-40.19552690.173548115080100
4-4.310.17082270.158748705097100
4.31-4.740.15972480.138748735121100
4.74-5.420.1842620.151448765138100
5.42-6.830.19912360.190949455181100
6.83-50.350.20292760.181751165392100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5076-0.2266-0.32210.2764-0.09190.33280.05630.0475-0.0783-0.23030.1306-0.1234-0.4650.20110.05780.6382-0.08460.10240.4049-0.11830.392728.89597.33653.319
2-0.03-0.11190.14640.54830.80570.6461-0.04890.0171-0.061-0.18350.2424-0.1148-0.19770.19090.01990.4181-0.05850.06480.4588-0.160.460933.42280.68351.694
30.2121-0.2180.32560.26110.22320.61360.0530.1048-0.04830.09770.02820.0544-0.11310.123900.46130.00110.04240.4515-0.08950.515621.20384.57664.461
40.13150.10870.00410.18670.2110.15750.1812-0.0170.21430.1173-0.19790.15830.0178-0.1247-00.51190.00530.10280.427-0.12150.56159.20184.69471.421
50.15470.20120.14820.80510.09410.26940.0149-0.0053-0.02170.2659-0.01760.1970.03-0.006700.5620.02280.05630.3968-0.11810.4519.05183.56273.103
60.09760.3009-0.11990.39170.04640.4322-0.06390.1477-0.07270.38650.1848-0.07480.28290.25610.04080.45780.1338-0.04560.4078-0.16480.44631.17261.35262.367
70.4099-0.0901-0.53060.2384-0.00330.2736-0.0305-0.0147-0.007-0.09340.07180.0979-0.177-0.0533-00.43950.0436-0.01920.2982-0.05930.422115.38872.60521.901
8-0.0178-0.1435-0.20690.15130.46090.37020.12750.1089-0.0168-0.3418-0.0087-0.1064-0.14790.180300.3847-0.02890.03430.3744-0.07760.383424.58759.05713.097
90.23080.0426-0.08760.48520.89041.0044-0.0291-0.02450.0643-0.0096-0.06140.0254-0.0019-0.047-0.00050.2989-0.00040.00770.3976-0.09040.408217.41353.47526.396
10-0.04250.05020.01980.0409-0.06240.29080.09410.07990.12130.2244-0.14650.0779-0.18880.118900.43840.01720.0640.397-0.10920.518919.9564.35938.868
110.06180.03180.02950.28840.00920.1314-0.02370.16780.06020.1425-0.2343-0.16080.0491-0.326-0.01480.3793-0.01390.07860.5803-0.18460.46371.78656.30239.07
120.15720.05710.06070.05220.01570.07290.1034-0.07080.31440.0054-0.1991-0.09120.0189-0.421100.45130.08180.04520.6162-0.16240.52764.37764.80646.807
130.14590.0135-0.14090.30890.21120.13780.04620.12810.3118-0.0177-0.19670.09880.1806-0.103800.47460.05530.02280.5364-0.08860.47168.9462.48844.77
14-0.0934-0.29550.28750.00720.30330.07140.0338-0.12070.15770.13270.006-0.00670.2324-0.065400.4582-0.0050.06070.4006-0.07740.460614.8843.32734.166
150.08530.2553-0.20150.17170.06780.0730.0240.1004-0.03020.2784-0.0006-0.1280.1370.1374-00.39350.0404-0.04030.4015-0.05640.372325.86438.1630.836
160.0703-0.00430.09840.73240.00410.5415-0.04630.0833-0.0039-0.07460.0867-0.0038-0.06240.0999-00.2992-0.05380.01910.3677-0.02160.357120.38433.126-11.897
170.2652-0.29550.06640.67470.62840.5041-0.00750.0580.02370.0478-0.05960.040.0753-0.087900.301-0.0310.03550.3305-0.02790.3367.56426.2063.067
180.8059-0.0569-0.20880.6241-0.45460.2251-0.05310.44650.123-0.25480.1855-0.09380.08590.09150.31160.5799-0.0860.08530.7309-0.12190.427622.2946.648-44.079
190.46440.2602-0.49080.1097-0.05410.3474-0.12430.2264-0.0319-0.04410.1295-0.11020.1231-0.0364-0.00040.519-0.04780.04510.5453-0.16540.405320.371-3.513-32.114
200.4535-0.1936-0.1210.41-0.04890.6666-0.09650.1508-0.14630.03340.08730.02080.0909-0.164600.5255-0.03570.02850.4685-0.13920.46113.236-6.867-22.767
210.05070.09910.00220.0650.01790.0504-0.05570.34510.46770.05360.19830.0316-0.01430.2793-0.00060.6999-0.07040.05540.5143-0.17280.660324.86399.70981.62
220.276-0.172-0.0750.3168-0.07790.2080.0908-0.1453-0.47470.3930.46190.0083-0.20450.11950.11751.06730.0208-0.16450.762-0.20140.618532.07683.56181.108
230.249-0.2638-0.23890.03050.18950.3144-0.0202-0.03260.0014-0.010.0416-0.03840.02340.1170.01210.4358-0.00180.0490.6114-0.20320.57242.88528.9164.937
240.244-0.30820.20561.3963-0.82880.8387-0.85710.2293-0.3121-0.31730.0596-0.58711.1714-0.3958-0.44930.9648-0.21760.24650.4725-0.16520.53595.41851.84569.355
250.04950.243-0.1315-0.06930.0230.0821-0.18070.1018-0.0711-0.0790.0686-0.1161-0.01450.001900.5399-0.00880.06380.4805-0.02380.42511.4263.52680.67
260.11470.08380.14340.18310.16560.1282-0.1024-0.28280.15890.1944-0.225-0.2121-0.3040.6575-0.05450.4950.118-0.10161.01330.27760.474917.50159.789107.314
270.08110.04150.05920.0190.070.1737-0.3397-0.111-0.45080.2980.01320.04080.39910.23490.08450.94130.12550.16750.31480.18760.6084-0.30550.454103.069
280.1870.045-0.213-0.0631-0.0450.1134-0.38380.325-0.28720.1372-0.199-0.35560.0513-0.1216-0.26830.69770.01220.18990.30880.1090.6246-0.4652.18895.539
290.1861-0.00390.37380.0296-0.10640.951-0.31760.2054-0.038-0.1133-0.2669-0.02350.43640.83880.00111.49490.26170.47310.59880.19951.24544.13139.343101.44
30-0.17260.0922-0.13930.02530.08240.2993-0.23420.1816-0.0480.12180.3684-0.01330.2637-0.05810.00050.7435-0.00060.12640.41360.08830.5244-6.43357.38697.671
310.73840.0203-0.5032-0.0463-0.03170.3437-0.34920.1108-0.14960.02970.1895-0.14070.3049-0.2333-00.7074-0.07060.0710.44720.03150.5211-1.34458.37985.342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:72 )A1 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 73:199 )A73 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 200:273 )A200 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 274:311 )A274 - 311
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 312:401 )A312 - 401
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 402:450 )A402 - 450
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:64 )B1 - 64
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 65:127 )B65 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 128:238 )B128 - 238
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 239:268 )B239 - 268
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 269:311 )B269 - 311
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 312:338 )B312 - 338
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 339:372 )B339 - 372
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 373:401 )B373 - 401
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 402:438 )B402 - 438
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 1:199 )C1 - 199
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 200:440 )C200 - 440
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 1:128 )D1 - 128
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 129:268 )D129 - 268
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 269:441 )D269 - 441
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 6:20 )E6 - 20
22X-RAY DIFFRACTION2250:71 )E50 - 71
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 88:185 )E88 - 185
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN F AND RESID 1:48 )F1 - 48
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN F AND RESID 49:83 )F49 - 83
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN F AND RESID 84:184 )F84 - 184
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN F AND RESID 185:207 )F185 - 207
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN F AND RESID 208:235 )F208 - 235
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN F AND RESID 236:257 )F236 - 257
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN F AND RESID 258:302 )F258 - 302
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN F AND RESID 303:380 )F303 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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