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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7ogn | ||||||||||||
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| Title | Crystal structure of T2R-TTL -mebendazole complex | ||||||||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / microtubules / tubulin / mebendazole | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.2 Å | ||||||||||||
Authors | Oliva, M.A. / Bonato, F. / Diaz, J.F. | ||||||||||||
| Funding support | Spain, European Union, 3items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2022Title: Effect of Clinically Used Microtubule Targeting Drugs on Viral Infection and Transport Function. Authors: Oliva, M.A. / Tosat-Bitrian, C. / Barrado-Gil, L. / Bonato, F. / Galindo, I. / Garaigorta, U. / Alvarez-Bernad, B. / Paris-Ogayar, R. / Lucena-Agell, D. / Gimenez-Abian, J.F. / Garcia- ...Authors: Oliva, M.A. / Tosat-Bitrian, C. / Barrado-Gil, L. / Bonato, F. / Galindo, I. / Garaigorta, U. / Alvarez-Bernad, B. / Paris-Ogayar, R. / Lucena-Agell, D. / Gimenez-Abian, J.F. / Garcia-Dorival, I. / Urquiza, J. / Gastaminza, P. / Diaz, J.F. / Palomo, V. / Alonso, C. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7ogn.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7ogn.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7ogn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7ogn_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7ogn_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 7ogn_validation.xml.gz | 76.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7ogn_validation.cif.gz | 103.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/7ogn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7odnC ![]() 4o2bS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 22125.301 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() |
|---|
-Non-polymers , 11 types, 251 molecules 




















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-GOL / | #10: Chemical | #11: Chemical | #12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-IMD / | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.91 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: MES, Imidazole, calcium chloride, magnesium chloride, L-Tyrosine, glycerol, PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979257 Å | |||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979257 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.2→50.35 Å / Num. obs: 150908 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 48.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 1440160 / Scaling rejects: 38 | |||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.8
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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| Phasing MR |
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-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4o2b Resolution: 2.2→50.35 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.46 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 214.98 Å2 / Biso mean: 65.2179 Å2 / Biso min: 26.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→50.35 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
Spain, European Union, 3items
Citation

PDBj










