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- PDB-7ogg: Nse5/6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ogg
タイトルNse5/6 complex
要素
  • DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29
  • Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NSe5/6
機能・相同性
機能・相同性情報


Smc5-Smc6 complex / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome, telomeric region / DNA repair / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Nse5/Nse6 / DNA repair proteins Nse5 and Nse6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein KRE29 / Non-structural maintenance of chromosome element 5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae A364A (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Basquin, J. / Taschner, M. / Gruber, S.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030L_170242 スイス
European Research Council (ERC)Horizon 2020 ERC CoG 724482
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: Nse5/6 inhibits the Smc5/6 ATPase and modulates DNA substrate binding.
著者: Taschner, M. / Basquin, J. / Steigenberger, B. / Schafer, I.B. / Soh, Y.M. / Basquin, C. / Lorentzen, E. / Raschle, M. / Scheltema, R.A. / Gruber, S.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5
Q: DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1282
ポリマ－105,1282
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.116, 147.368, 74.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

#1: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5,Non-structural maintenance of chromosome element 5 / Non-SMC element 5


分子量: 68794.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae A364A (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NSE5, YML023C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03718
#2: タンパク質 DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29,DNA repair protein KRE29 / Killer toxin-resistance protein 29


分子量: 36332.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae A364A (パン酵母)
遺伝子: KRE29, YER038C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P40026
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% (w/v) PEG 3350, 8% (v/v) 0.3 M Sodium malonate pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→19.85 Å / Num. all: 91905 / Num. obs: 16988 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 110.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07468 / Net I/σ(I): 16.77
反射 シェル解像度: 3.293→3.41 Å / Num. measured obs: 7109 / Num. unique obs: 1639 / CC1/2: 0.858

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.29→19.85 Å / SU ML: 0.4714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.9938
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3167 3164 10.06 %
Rwork0.297 28293 -
obs0.2989 31457 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 133.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4555 0 325 0 4880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00344982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77146788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.5644696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.340.49091300.4091153X-RAY DIFFRACTION93.92
3.34-3.390.38511320.38481253X-RAY DIFFRACTION98.44
3.39-3.450.37031350.36061224X-RAY DIFFRACTION99.2
3.45-3.510.37321430.34441229X-RAY DIFFRACTION99.35
3.51-3.570.32181410.3421251X-RAY DIFFRACTION99.64
3.57-3.640.38871320.34651218X-RAY DIFFRACTION99.34
3.64-3.710.31921360.34691238X-RAY DIFFRACTION99.85
3.71-3.790.36211400.31241251X-RAY DIFFRACTION99.71
3.79-3.880.261400.31931221X-RAY DIFFRACTION99.56
3.88-3.980.36451350.3071232X-RAY DIFFRACTION99.42
3.98-4.080.371400.31281233X-RAY DIFFRACTION99.71
4.08-4.20.31241350.2881262X-RAY DIFFRACTION99.29
4.2-4.340.36361400.2661227X-RAY DIFFRACTION99.35
4.34-4.490.27551360.26181226X-RAY DIFFRACTION99.34
4.49-4.670.3121390.2651245X-RAY DIFFRACTION99.5
4.67-4.880.27481420.27031206X-RAY DIFFRACTION99.63
4.88-5.130.32361360.28481242X-RAY DIFFRACTION99.64
5.13-5.450.34891440.28681241X-RAY DIFFRACTION99.43
5.45-5.860.24781380.30381233X-RAY DIFFRACTION98.85
5.86-6.430.25571360.33971218X-RAY DIFFRACTION98.76
6.43-7.320.36541370.33711232X-RAY DIFFRACTION99.06
7.32-9.070.27061340.27211237X-RAY DIFFRACTION99.35
9.08-19.850.31411430.26421221X-RAY DIFFRACTION98.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.13074243123-1.85323863362-0.6930254051477.834175424821.257265520793.087706372740.1168001205260.407038723407-0.00738551766986-0.918187560087-0.1333000170960.296075146521-0.386566562946-0.1736465103630.02967292448390.8070349883410.097376993537-0.1355729161340.7122499927620.1298809095250.985536977612-165.638703392168.1137928653.68267438946
23.339234163681.50297257168-2.014929869062.885729410630.9412763885566.88310720727-0.0594368634910.9568020415253.13245530157-1.976078910690.0949349026151.21166233157-0.946015672779-0.641513693275-0.1916635518721.0613558761-0.155923313034-0.1745703113880.7743631456670.4302706303761.67973522796-161.173605248188.8536190125.79048479822
35.572057543-0.6776798986090.3357909042741.40152171563-2.938130252966.04124905202-0.22080244725-0.6687918523160.415859166692-0.2491344219650.4830916159350.73837770949-0.767922529801-0.911901908469-0.4687099975471.06643115930.29045657846-0.1743663681310.829771935607-0.1348409531481.51395347113-178.424436757177.34500864616.6788070631
43.56747502252-1.07984103380.04079569708730.5326104971260.9133100104913.86434927264-0.733368204316-0.05533205397451.70583313506-0.6185787615620.592543038984-0.506409966002-2.060428771911.16299523405-0.1797499144821.64015224317-0.1525471467090.1532346110170.334855528332-0.2098169056461.95091568688-160.642370666194.77374825319.5854913268
54.54175876533-6.26328368505-3.187720480868.581422306844.904726218599.07666075764-0.77924308023-1.42565753701-1.770827891380.4469459872920.9610762562253.328337250540.0845392931842-0.338614196595-0.05010790185670.9313114774520.3202601100470.1176968330060.9582314645120.06331585865171.49138378476-167.646900636185.26351856531.480131598
64.17318077726-1.05234187676-2.007712556191.97516599304-4.964038235275.097167408950.249412679798-0.9969066340910.4284757429361.269124449041.091736078261.69623459565-1.4842994405-1.125442569540.6999476754040.9068628393890.47785385019-0.2719170102040.862163216436-0.6841073126830.337991052458-166.329900024184.97846936439.6154991089
74.970955827361.224818679681.544326710026.272681769863.93333027516.47191996879-0.4483860239160.186279247328-1.03777465837-0.1562529182120.6406912942422.69777918727-0.08969192228080.149520983247-0.08212681119470.8624664708540.4949928739820.09844233157011.151125642590.1486740641.13510229544-180.429789253157.5446082426.0326974703
82.91672225998-4.149268236224.385265640227.34711599506-7.791185573498.445306719170.320369086878-0.6340365034861.584273955030.303568385144-2.23144485298-4.78201099520.843910657681.911353612371.80404893841.403796974460.346947966750.3880917789721.985282265630.4974377843832.72198540582-165.123664638152.47407455339.1239459355
95.08698606286-3.48095901573-2.198659096857.918918587184.742449804898.16055758117-0.678792193118-0.563764369769-1.148635194380.8160242753580.6359169679980.742254232480.5025737062680.2158352674280.03765674467190.6938834133990.03173060013450.2198697413131.048027294730.2176281002071.33335118973-167.186486198145.76547850321.4870716742
103.95680513795-2.20032324176-1.602996401775.43595682602-1.847026339592.561572094610.2034680327510.2441949119220.097303392434-1.413782823280.06838057398952.322213898910.585315189581-0.80477536237-0.2876047926791.09292989722-0.118586388751-0.3447899960941.040519048490.006832976742621.69666402667-167.793789571137.4597310431.27639872346
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'R' and (resid 2 through 261 )RA2 - 2611 - 230
22chain 'R' and (resid 262 through 308 )RA262 - 308231 - 268
33chain 'R' and (resid 309 through 362 )RA309 - 362269 - 322
44chain 'R' and (resid 363 through 390 )RA363 - 390323 - 347
55chain 'R' and (resid 391 through 491 )RA391 - 491348 - 380
66chain 'R' and (resid 492 through 518 )RA492 - 518381 - 407
77chain 'Q' and (resid 102 through 119 )QB102 - 1191 - 18
88chain 'Q' and (resid 120 through 131 )QB120 - 13119 - 30
99chain 'Q' and (resid 132 through 216 )QB132 - 21631 - 117
1010chain 'Q' and (resid 217 through 294 )QB217 - 294118 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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