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- PDB-7og6: Structure of Alternanthera Mosaic VLP by cryoEM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7og6
タイトルStructure of Alternanthera Mosaic VLP by cryoEM
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Potexvirus / VLP.
機能・相同性Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / helical viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Alternanthera mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Byrne, M.J. / Ranson, N.A. / Lomonossoff, G.P. / Thuenemann, E.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R00160X/1 英国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: A Replicating Viral Vector Greatly Enhances Accumulation of Helical Virus-Like Particles in Plants.
著者: Eva C Thuenemann / Matthew J Byrne / Hadrien Peyret / Keith Saunders / Roger Castells-Graells / Inmaculada Ferriol / Mattia Santoni / John F C Steele / Neil A Ranson / Linda Avesani / Juan ...著者: Eva C Thuenemann / Matthew J Byrne / Hadrien Peyret / Keith Saunders / Roger Castells-Graells / Inmaculada Ferriol / Mattia Santoni / John F C Steele / Neil A Ranson / Linda Avesani / Juan Jose Lopez-Moya / George P Lomonossoff /
要旨: The production of plant helical virus-like particles (VLPs) via plant-based expression has been problematic with previous studies suggesting that an RNA scaffold may be necessary for their efficient ...The production of plant helical virus-like particles (VLPs) via plant-based expression has been problematic with previous studies suggesting that an RNA scaffold may be necessary for their efficient production. To examine this, we compared the accumulation of VLPs from two potexviruses, papaya mosaic virus and alternanthera mosaic virus (AltMV), when the coat proteins were expressed from a replicating potato virus X- based vector (pEff) and a non-replicating vector (pEAQ-). Significantly greater quantities of VLPs could be purified when pEff was used. The pEff system was also very efficient at producing VLPs of helical viruses from different virus families. Examination of the RNA content of AltMV and tobacco mosaic virus VLPs produced from pEff revealed the presence of vector-derived RNA sequences, suggesting that the replicating RNA acts as a scaffold for VLP assembly. Cryo-EM analysis of the AltMV VLPs showed they had a structure very similar to that of authentic potexvirus particles. Thus, we conclude that vectors generating replicating forms of RNA, such as pEff, are very efficient for producing helical VLPs.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12879
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12879
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
R: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7302
ポリマ－23,7302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 22243.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alternanthera mosaic virus (ウイルス)
遺伝子: CP / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: Q52Z61
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alternanthera mosaic virus (ウイルス)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Alternanthera mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Alternanthera mosaic virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.11 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 41.11 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.959 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32018 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0071668
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6552302
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.533274
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044275
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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