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万見
- PDB-7og3: IRED-88 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7og3
タイトルIRED-88
要素NAD(P)-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Imine reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid catabolic process / NADP binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like beta-hydroxyacid dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces spectabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Faller, M. / Koch, E.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Machine-Directed Evolution of an Imine Reductase for Activity and Stereoselectivity
著者: Ma, E.J. / Siirola, E. / Moore, C. / Kummer, A. / Stoeckli, M. / Faller, M. / Bouquet, C. / Eggimann, F. / Ligibel, M. / Huynh, D. / Cutler, G. / Siegrist, L. / Lewis, R.A. / Acker, A.C. / ...著者: Ma, E.J. / Siirola, E. / Moore, C. / Kummer, A. / Stoeckli, M. / Faller, M. / Bouquet, C. / Eggimann, F. / Ligibel, M. / Huynh, D. / Cutler, G. / Siegrist, L. / Lewis, R.A. / Acker, A.C. / Freund, E. / Koch, E. / Vogel, M. / Schlingensiepen, H. / Oakeley, E.J. / Snajdrova, R.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)-dependent oxidoreductase
B: NAD(P)-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5806
ポリマ－68,0432
非ポリマー1,5374
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11920 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.856, 75.746, 97.081
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)-dependent oxidoreductase


分子量: 34021.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces spectabilis (バクテリア)
遺伝子: CP982_37880 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5P2XKZ4
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.1M HEPES, 1.39M Sodium citrate tribasic dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59.72 Å / Num. obs: 43308 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.44
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.286 / Num. unique obs: 4218 / CC1/2: 0.894

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZGY

3zgy


解像度: 1.904→59.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU R Cruickshank DPI: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.18 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 2225 -RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.2073 43308 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8856 Å20 Å20 Å2
2---2.2136 Å20 Å2
3---9.0992 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.904→59.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4247 0 98 339 4684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084457HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.886126HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1438SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes786HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4457HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion593SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4357SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.93
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3367 34 -
Rwork0.2645 --
obs--100 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06710.11420.20490.34010.2120.9222-0.0465-0.0683-0.0435-0.06830.07070.071-0.04350.071-0.02420.1017-0.00490.0139-0.0842-0.0063-0.04382.973313.1788-27.4952
20.27440.26550.42870.22990.33721.03480.08660.03720.13210.0372-0.0902-0.10570.1321-0.10570.00360.0917-0.00350.003-0.0906-0.0055-0.06183.587814.88543.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A12 - 301
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B12 - 301
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B501 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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