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- PDB-7ofw: Nontypeable Haemophillus influenzae SapA in complex with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ofw
タイトルNontypeable Haemophillus influenzae SapA in complex with heme
要素
  • ABC-type transport system, periplasmic component, involved in antimicrobial peptide resistance
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / NTHi / RNA binding / peptide binding / substrate binding protein / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / RNA / RNA (> 10) / ABC-type transport system, periplasmic component, involved in antimicrobial peptide resistance
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Lukacik, P. / Owen, C.D. / Nettleship, J.E. / Bird, L.E. / Owens, R.J. / Walsh, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M010937/1 英国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: The structure of nontypeable Haemophilus influenzae SapA in a closed conformation reveals a constricted ligand-binding cavity and a novel RNA binding motif.
著者: Lukacik, P. / Owen, C.D. / Harris, G. / Bolla, J.R. / Picaud, S. / Alibay, I. / Nettleship, J.E. / Bird, L.E. / Owens, R.J. / Biggin, P.C. / Filippakopoulos, P. / Robinson, C.V. / Walsh, M.A.
履歴
登録2021年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type transport system, periplasmic component, involved in antimicrobial peptide resistance
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5543
ポリマ－65,9382
非ポリマー6161
水362
1
A: ABC-type transport system, periplasmic component, involved in antimicrobial peptide resistance
C: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

C: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3634
ポリマ－71,7463
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.730, 142.730, 60.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HEM

21A-601-

HEM

31A-702-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ABC-type transport system, periplasmic component, involved in antimicrobial peptide resistance


分子量: 60129.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain 86-028NP) (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 遺伝子: sapA, NTHI1401 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QL73
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5808.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / Plasmid details: RNA copurified with the protein
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% (w/v) PEG 3350, 0.25 M NaBr, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→71.47 Å / Num. obs: 11352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.617 % / Biso Wilson estimate: 79.761 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 116432
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.15-3.235.5990.9792.3815650.7621.08299.9
3.23-3.325.4510.8353.0114820.8390.92599.9
3.32-3.425.7440.6424.1214440.8930.70799.7
3.42-3.525.6250.5165.0314170.9290.5799.7
3.52-3.645.4570.4127.0213470.9420.457100
3.64-3.775.7010.3528.6813330.9460.387100
3.77-3.915.9340.26710.5512600.9740.29399.8
3.91-4.075.8650.20712.4512620.9850.228100
4.07-4.255.5040.15414.3911420.9880.17100
4.25-4.455.8440.1231711440.9920.13699.9
4.45-4.75.7630.09519.6610780.9940.104100
4.7-4.985.3810.08919.99900.9950.09999.9
4.98-5.325.7970.08720.619650.9950.096100
5.32-5.755.6780.08820.128780.9950.097100
5.75-6.35.3780.079208150.9950.088100
6.3-7.045.5790.06523.467370.9960.072100
7.04-8.135.3280.05126.476560.9970.05799.4
8.13-9.965.4560.04131.175460.9980.045100
9.96-14.095.290.0432.494270.9980.044100
14.09-71.474.8920.04232.182410.9980.04799.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.15 Å71.36 Å
Translation3.15 Å71.36 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC7.04.09精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M8U

3m8u


解像度: 3.15→71.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.2699 / WRfactor Rwork: 0.23 / FOM work R set: 0.803 / SU B: 27.514 / SU ML: 0.451 / SU Rfree: 0.5762 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.576 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2816 553 4.9 %RANDOM
Rwork0.2422 ---
obs0.2441 10777 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 214.22 Å2 / Biso mean: 93.256 Å2 / Biso min: 39.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→71.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 387 43 2 4395
Biso mean--116.03 40.71 -
残基数----511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0144542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.6246270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7521.7078949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6675490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84823.209215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.10215683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7631519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02906
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 43 -
Rwork0.356 790 -
all-833 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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