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- PDB-7oex: Crystal structure of RBBP9 in complex with phenylalanine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oex
タイトルCrystal structure of RBBP9 in complex with phenylalanine
要素Serine hydrolase RBBP9
キーワードHYDROLASE / Retinoblastoma-binding protein 9
機能・相同性
機能・相同性情報


type II pneumocyte differentiation / response to nematode / 加水分解酵素 / hydrolase activity / positive regulation of gene expression / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative hydrolase RBBP9/YdeN / Serine hydrolase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Serine hydrolase RBBP9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Fiedler, M. / Tang, S. / Chin, J.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105181009 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A024_1008 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based traps enable protease and hydrolase substrate discovery.
著者: Tang, S. / Beattie, A.T. / Kafkova, L. / Petris, G. / Huguenin-Dezot, N. / Fiedler, M. / Freeman, M. / Chin, J.W.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydrolase RBBP9
B: Serine hydrolase RBBP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5244
ポリマ－44,1942
非ポリマー3302
水5,260292
1
A: Serine hydrolase RBBP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2622
ポリマ－22,0971
非ポリマー1651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine hydrolase RBBP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2622
ポリマ－22,0971
非ポリマー1651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.956, 130.127, 38.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine hydrolase RBBP9 / B5T-overexpressed gene protein / Protein BOG / Retinoblastoma-binding protein 10 / RBBP-10 / ...B5T-overexpressed gene protein / Protein BOG / Retinoblastoma-binding protein 10 / RBBP-10 / Retinoblastoma-binding protein 9 / RBBP-9


分子量: 22097.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP9, BOG, RBBP10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75884, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% w/v PEG 4K, 0.1 M MES sodium salt pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→29.75 Å / Num. obs: 49673 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.51-1.545.10.669939218410.8130.3120.7422.372
8.29-29.7370.03422323200.9990.0130.03642.296.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QS9

2qs9


解像度: 1.51→29.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.688 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0785 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1972 2383 4.8 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1627 47250 95.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.29 Å2 / Biso mean: 20.106 Å2 / Biso min: 7.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20.08 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→29.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3006 0 24 292 3322
Biso mean--21.77 29.06 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0183121
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0192852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.8424241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1632.7356605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9235374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25723.013156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.44215509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.513→1.552 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 154 -
Rwork0.317 2829 -
obs--78.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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