PDB-7oet: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,5-dimethyl-N-(2-(meth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oet

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,5-dimethyl-N-(2-(methylamino)-2-oxo-1-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)ethyl)-6-oxo-N-(2-phenyl-2-(pyridin-2-yl)ethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Highly Selective BET BD2 Inhibitor from a DNA-Encoded Library Technology Screening Hit.
著者: Rianjongdee, F. / Atkinson, S.J. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Kaushansky, L.J. / Medeiros, P. / Messenger, C. / Phillipou, A. / Preston, A. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Satz, ...

履歴

登録	2021年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oet.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oet.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oet_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oet_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7oet_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	7oet_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oeoC 7oepC 7oerC 7oesC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7npz-d 7nqi-d 5dw1-1 7nq2-d 7jx7-d 5uvy-d 4qev-d 7oes-d 6ddj-d 7nq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.620, 52.390, 31.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-80Z / 1,5-dimethyl-~{N}-[(1~{R})-2-(methylamino)-1-(oxan-4-yl)-2-oxidanylidene-ethyl]-6-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-2-phenyl-2-pyridin-2-yl-ethyl]pyridine-3-carboxamide 分子量: 502.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₄N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→42.29 Å / Num. obs: 23909 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1157 / CC_1/2: 0.718 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house structure

解像度: 1.41→15.696 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.217 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	1204	5.074 %
R_work	0.18	22527	-
all	0.181	-	-
obs	-	23731	99.226 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.824 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.177 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.647 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→15.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	921	0	73	83	1077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.128	1.644	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.637	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.625	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.036	22.182	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.743	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.238	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.137	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.578	3.487	453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.564	3.471	451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.579	7.807	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.577	7.824	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.305	4.029	573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.303	4.038	574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.807	8.68	805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.805	8.695	806
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.622	32.061	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.579	31.769	1143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.41-1.446	0.275	94	0.276	1616	0.276	1712	0.805	0.823	99.8832	0.261
1.446-1.486	0.311	89	0.248	1592	0.251	1683	0.843	0.836	99.8812	0.227
1.486-1.528	0.282	68	0.235	1583	0.237	1659	0.819	0.879	99.5178	0.201
1.528-1.575	0.252	81	0.218	1491	0.219	1581	0.865	0.889	99.4307	0.178
1.575-1.626	0.238	86	0.221	1444	0.222	1537	0.904	0.906	99.5446	0.173
1.626-1.682	0.219	83	0.209	1413	0.21	1506	0.886	0.916	99.336	0.158
1.682-1.745	0.223	71	0.203	1371	0.204	1452	0.921	0.927	99.3113	0.16
1.745-1.815	0.233	54	0.191	1326	0.193	1385	0.927	0.935	99.639	0.149
1.815-1.895	0.227	80	0.181	1263	0.184	1348	0.933	0.945	99.6291	0.151
1.895-1.986	0.16	65	0.17	1204	0.169	1276	0.959	0.958	99.4514	0.149
1.986-2.092	0.159	61	0.159	1156	0.159	1226	0.961	0.965	99.2659	0.148
2.092-2.216	0.183	60	0.15	1090	0.151	1166	0.961	0.968	98.6278	0.146
2.216-2.366	0.179	52	0.156	1046	0.157	1112	0.955	0.965	98.741	0.158
2.366-2.55	0.159	46	0.153	972	0.153	1031	0.968	0.97	98.7391	0.159
2.55-2.787	0.163	49	0.152	899	0.152	960	0.97	0.968	98.75	0.163
2.787-3.103	0.211	49	0.17	810	0.172	875	0.953	0.959	98.1714	0.19
3.103-3.56	0.188	39	0.168	742	0.169	788	0.963	0.964	99.1117	0.196
3.56-4.305	0.194	34	0.176	636	0.177	672	0.972	0.973	99.7024	0.204
4.305-5.872	0.184	24	0.191	524	0.19	550	0.968	0.968	99.6364	0.239
5.872-15.696	0.213	19	0.238	349	0.237	374	0.947	0.957	98.3957	0.269

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)