PDB-7oe5: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N5-hydroxycyclohexyl-N3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oe5

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH N5-hydroxycyclohexyl-N3-methyl-1-phenylethyl-1H-pyrazole-3,5-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Inhibitor / bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fragment-based Scaffold Hopping: Identification of Potent, Selective, and Highly Soluble Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Second Bromodomain (BD2) Inhibitors.
著者: Seal, J.T. / Atkinson, S.J. / Bamborough, P. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Foley, J. / Gordon, L. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Harrison, L.A. / Kruger, R.G. / Matteo, J.J. / McCabe, M.T. / ...

履歴

登録	2021年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oe5.cif.gz	43.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oe5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oe5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oe5_validation.pdf.gz	725.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oe5_full_validation.pdf.gz	725.7 KB	表示
XML形式データ	7oe5_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	7oe5_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oe5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/7oe5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oe4C 7oe6C 7ogyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zb1-d 5dw1-2 5dw1-3 7nq9-d 7oe6-d 6ko2-d 5hfr-3 5hfr-4 1e6i-d 6z8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.786, 52.335, 32.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-V9H / 3N-methyl-5N-(4-oxidanylcyclohexyl)-1-[(1S)-1-phenylethyl]pyrazole-3,5-dicarboxamide / N5-((1r,4S)-4-hydroxycyclohexyl)-N3-methyl-1-((S)-1-phenylethyl)-1H-pyrazole-3,5-dicarboxamide 分子量: 370.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→32.17 Å / Num. obs: 15655 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1866 / CC_1/2: 0.515 / % possible all: 79.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house

解像度: 1.602→27.409 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 1.575 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1879	780	5 %
R_work	0.1641	14821	-
all	0.165	-	-
obs	-	15601	94.146 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.987 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.595 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.321 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.915 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→27.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	910	0	35	121	1066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.64	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.633	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.869	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.592	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.568	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.821	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	476
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.199	2.215	450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.176	2.207	448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.029	4.96	564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.031	4.972	564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.871	2.65	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.869	2.651	540
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.148	5.723	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.145	5.726	769
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.044	21.339	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.88	20.745	1136

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.602-1.643	0.335	43	0.252	806	0.256	1191	0.776	0.85	71.2846	0.216
1.643-1.688	0.236	48	0.24	955	0.239	1183	0.895	0.876	84.7844	0.202
1.688-1.737	0.186	71	0.207	955	0.206	1114	0.937	0.922	92.1005	0.176
1.737-1.79	0.232	52	0.196	1017	0.197	1117	0.923	0.935	95.7028	0.155
1.79-1.848	0.236	43	0.187	994	0.189	1064	0.935	0.946	97.4624	0.152
1.848-1.913	0.217	61	0.177	941	0.179	1028	0.944	0.947	97.4708	0.148
1.913-1.985	0.226	27	0.16	961	0.161	1027	0.933	0.957	96.2025	0.132
1.985-2.065	0.221	51	0.159	881	0.162	965	0.94	0.961	96.5803	0.132
2.065-2.157	0.157	46	0.14	858	0.14	935	0.968	0.973	96.6845	0.12
2.157-2.261	0.143	41	0.131	829	0.132	895	0.975	0.978	97.2067	0.11
2.261-2.383	0.174	48	0.142	784	0.144	854	0.967	0.972	97.4239	0.114
2.383-2.526	0.138	34	0.145	747	0.145	795	0.968	0.967	98.239	0.121
2.526-2.699	0.197	38	0.142	733	0.145	782	0.952	0.969	98.5933	0.123
2.699-2.913	0.231	41	0.147	669	0.151	718	0.95	0.97	98.8858	0.128
2.913-3.187	0.157	41	0.155	605	0.155	652	0.97	0.971	99.0798	0.134
3.187-3.557	0.132	24	0.145	591	0.144	615	0.982	0.977	100	0.134
3.557-4.096	0.179	31	0.157	511	0.158	550	0.965	0.976	98.5455	0.152
4.096-4.989	0.173	15	0.17	434	0.17	457	0.955	0.971	98.2495	0.173
4.989-6.941	0.233	13	0.217	351	0.217	380	0.957	0.952	95.7895	0.209
6.941-27.409	0.182	12	0.208	199	0.207	244	0.953	0.951	86.4754	0.217

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