PDB-7odp: Neisseria gonorrhoeae transaldolase at 2.7 MGy dose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7odp

タイトル

Neisseria gonorrhoeae transaldolase at 2.7 MGy dose

要素

Transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / Transaldolase / Cross-link / Regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Widespread occurrence of covalent lysine-cysteine redox switches in proteins.
著者: Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Ye, J. / Uranga, J. / Irisarri, I. / de Vries, J. / Funk, L.M. / Mata, R.A. / Tittmann, K.

履歴

登録	2021年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7odp.cif.gz	237.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7odp.ent.gz	193.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7odp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7odp_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7odp_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	7odp_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	7odp_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7odoC 7odqC 7oeyC 6zx4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zwf-d 7bbw-1 1gp6-d 6zwh-d 5k78-2 6zx4-d 7bbx-d 7odq-d 2r71-d 6zwj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transaldolase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.170, 82.820, 89.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transaldolase 分子量: 37614.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: tal, E8M68_10680, WHOO_01512, WHOO_01712 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3FXY0, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8000, Sodium citrate, Sodium phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→38.14 Å / Num. obs: 61991 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.429 % / B_iso Wilson estimate: 23.061 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.828 / Net I/σ(I): 15.69 / Num. measured all: 832453 / Scaling rejects: 72

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.44	13.333	1.553	1.71	59773	4541	4483	0.739	1.613	98.7
1.44-1.48	13.475	1.281	2.08	58468	4438	4339	0.81	1.331	97.8
1.48-1.52	13.521	0.975	2.78	57855	4360	4279	0.869	1.013	98.1
1.52-1.57	13.659	0.808	3.42	56495	4197	4136	0.904	0.839	98.5
1.57-1.62	13.628	0.649	4.25	55194	4075	4050	0.945	0.674	99.4
1.62-1.67	13.603	0.537	5.11	53514	3958	3934	0.957	0.557	99.4
1.67-1.74	13.551	0.421	6.47	51141	3807	3774	0.974	0.437	99.1
1.74-1.81	13.489	0.33	7.95	49114	3668	3641	0.985	0.342	99.3
1.81-1.89	13.476	0.258	10.08	47329	3553	3512	0.99	0.268	98.8
1.89-1.98	13.342	0.192	13.16	44681	3389	3349	0.994	0.2	98.8
1.98-2.09	13.176	0.141	17.2	42439	3231	3221	0.996	0.147	99.7
2.09-2.21	13.075	0.105	22.49	40126	3075	3069	0.997	0.11	99.8
2.21-2.37	13.83	0.091	26.43	39720	2879	2872	0.998	0.095	99.8
2.37-2.56	13.727	0.078	30.47	36775	2680	2679	0.999	0.081	100
2.56-2.8	13.494	0.068	34.82	33910	2513	2513	0.999	0.071	100
2.8-3.13	13.151	0.057	39.34	29484	2242	2242	0.999	0.06	100
3.13-3.61	12.989	0.045	46.71	26342	2028	2028	0.999	0.047	100
3.61-4.43	13.284	0.04	53.79	22583	1721	1700	0.999	0.041	98.8
4.43-6.26	13.213	0.04	53.73	18128	1372	1372	0.999	0.042	100
6.26-38.14	11.757	0.035	52.67	9382	823	798	0.999	0.037	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZX4

6zx4

解像度: 1.4→38.14 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1664	3094	5 %
R_work	0.1418	58821	-
obs	0.143	61915	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.54 Å² / B_iso mean: 21.6421 Å² / B_iso min: 12.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→38.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2645	0	18	434	3097
B_iso mean	-	-	26.12	31.73	-
残基数	-	-	-	-	352

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3153	133	0.2816	2584	2717	98
1.42-1.45	0.3278	137	0.2629	2609	2746	98
1.45-1.47	0.2411	138	0.24	2613	2751	98
1.47-1.5	0.2483	139	0.2167	2624	2763	98
1.5-1.53	0.2181	137	0.2036	2624	2761	99
1.53-1.56	0.2265	140	0.1883	2641	2781	99
1.56-1.59	0.1897	138	0.178	2623	2761	99
1.59-1.63	0.1791	141	0.1683	2661	2802	98
1.63-1.67	0.1915	138	0.159	2637	2775	100
1.67-1.71	0.1939	139	0.1491	2643	2782	99
1.71-1.76	0.1796	142	0.1442	2692	2834	99
1.76-1.82	0.1701	140	0.1371	2666	2806	100
1.82-1.89	0.16	138	0.1346	2628	2766	99
1.89-1.96	0.1567	138	0.1297	2645	2783	99
1.96-2.05	0.1575	142	0.1231	2671	2813	100
2.05-2.16	0.1418	142	0.116	2708	2850	100
2.16-2.29	0.1437	141	0.1152	2703	2844	100
2.29-2.47	0.1491	144	0.121	2734	2878	100
2.47-2.72	0.1424	143	0.1239	2703	2846	100
2.72-3.11	0.1602	145	0.1354	2748	2893	100
3.11-3.92	0.1567	146	0.1286	2766	2912	99
3.92-38.14	0.1588	153	0.1481	2898	3051	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -13.3532 Å / Origin y: 17.1135 Å / Origin z: -17.597 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1283 Å²	0.0021 Å²	-0.0026 Å²	-	0.1457 Å²	-0.0015 Å²	-	-	0.1726 Å²
L	0.3338 °²	0.0618 °²	-0.0049 °²	-	0.7808 °²	0.0818 °²	-	-	0.3775 °²
S	-0.0031 Å °	0.0138 Å °	-0.0059 Å °	-0.0093 Å °	-0.0045 Å °	-0.016 Å °	-0.0105 Å °	-0.0013 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	0 - 351
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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