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- PDB-7odn: Crystal structure of TD1-mebendazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odn
タイトルCrystal structure of TD1-mebendazole complex
要素
  • Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-3 chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Colchicine / Mebendazole
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / netrin-activated signaling pathway / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / netrin-activated signaling pathway / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / dorsal root ganglion development / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Hedgehog 'off' state / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / axon guidance / filopodium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / lamellipodium / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cilium / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal ...Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-V95 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Oliva, M.A. / Bonato, F. / Diaz, J.F.
資金援助 スペイン, European Union, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-104545RB-I00/AEI/10.13039/501100011033 スペイン
Spanish National Research CouncilFondo de Investigaciones Sanitarias COV20/01007 スペイン
European Research Council (ERC)H2020-MSCA-ITN-2019 860070 TUBINTRAINEuropean Union
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Effect of Clinically Used Microtubule Targeting Drugs on Viral Infection and Transport Function.
著者: Oliva, M.A. / Tosat-Bitrian, C. / Barrado-Gil, L. / Bonato, F. / Galindo, I. / Garaigorta, U. / Alvarez-Bernad, B. / Paris-Ogayar, R. / Lucena-Agell, D. / Gimenez-Abian, J.F. / Garcia- ...著者: Oliva, M.A. / Tosat-Bitrian, C. / Barrado-Gil, L. / Bonato, F. / Galindo, I. / Garaigorta, U. / Alvarez-Bernad, B. / Paris-Ogayar, R. / Lucena-Agell, D. / Gimenez-Abian, J.F. / Garcia-Dorival, I. / Urquiza, J. / Gastaminza, P. / Diaz, J.F. / Palomo, V. / Alonso, C.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-3 chain
F: Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,93216
ポリマ－119,9113
非ポリマー2,02113
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area36390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.441, 91.390, 82.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-3 chain


分子量: 50481.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2T9S0
#3: タンパク質 Designed Ankyrin Repeat Protein (DARPIN) D1


分子量: 19224.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 8種, 122分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-V95 / methyl N-(6-benzoyl-1H-benzimidazol-2-yl)carbamate / Mebendazole / 4030


分子量: 295.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: bis-tris methane, ammonium sulphate,PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→49.11 Å / Num. obs: 45660 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 40.84 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 189889 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.33-2.414.20.7961854744180.8650.4410.9131.897.9
9.02-49.113.90.02532358250.9990.0140.02940.998.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.79 Å49.11 Å
Translation6.79 Å49.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16.精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5nm5

5nm5


解像度: 2.33→49.11 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 2193 4.81 %
Rwork0.1902 43379 -
obs0.192 45572 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.69 Å2 / Biso mean: 51.1507 Å2 / Biso min: 24.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7836 0 170 109 8115
Biso mean--49.98 41.91 -
残基数----1007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.380.34351250.29052658278397
2.38-2.440.32821300.29482695282598
2.44-2.50.31741380.28972669280798
2.5-2.560.32371420.26912680282298
2.56-2.640.30351370.24182663280098
2.64-2.730.25011330.23112722285598
2.73-2.820.31231280.2332712284098
2.82-2.940.25931290.23792725285498
2.94-3.070.30021420.25332689283198
3.07-3.230.28831480.22042708285699
3.23-3.430.23331270.2022711283898
3.43-3.70.22451280.18762730285899
3.7-4.070.19761450.15222730287599
4.07-4.660.1641500.13342737288799
4.66-5.870.17331340.14632775290999
5.87-49.110.18821570.15852775293298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0383-0.0111-0.06430.160.02950.0349-0.2026-0.0028-0.5474-0.42780.0329-0.33670.42860.18750.00020.29680.07760.03250.43650.0930.3449-23.219312.46662.2889
20.0128-0.00520.00260.04180.04970.03460.1174-0.11590.08470.1133-0.0405-0.0247-0.08360.108100.43460.03930.06180.49490.03160.3636-26.321723.346655.8285
3-0.00020.0174-0.0130.0050.01810.0459-0.0788-0.001-0.45040.24470.045-0.01660.38060.244400.387-0.00250.02310.42630.05090.4163-23.158511.311552.2969
40.12410.02040.14930.07380.07560.1422-0.06170.06010.08050.08210.07050.1905-0.0261-0.219-00.33820.03010.0020.42270.00470.3879-22.885818.600845.431
50.0137-0.02610.00410.0310.010.0383-0.27130.0456-0.3392-0.0794-0.0671-0.08610.55450.0161-0.00010.47890.0343-0.04510.4492-0.07060.5414-247.265842.4624
60.0926-0.0740.0670.0675-0.01130.0844-0.1283-0.2434-0.03120.0512-0.18080.1102-0.2877-0.1705-0.00010.44880.0275-0.03020.46390.02330.4353-24.939121.248637.1738
70.0085-0.0098-0.0140.00860.0080.00890.1584-0.21680.0762-0.2474-0.0078-0.07020.00810.0741-00.46240.0085-0.00450.4637-0.03810.4312-16.325815.814732.1823
80.0055-0.00960.01560.0246-0.00790.02150.01760.1573-0.0253-0.5763-0.16350.15470.27510.36220.00020.42340.0085-0.05610.4481-0.00190.4114-20.1637.415132.234
90.70460.0293-0.18840.78690.07791.4960.0346-0.0142-0.0122-0.012-0.0351-0.0074-0.08450.1189-00.3146-0.0294-0.00340.2855-0.01510.302940.143321.053414.4516
101.0207-0.0854-0.39890.43130.07331.3380.06260.13650.0215-0.0619-0.01520.0246-0.13390.01100.3783-0.0068-0.00160.25740.01480.322232.53128.2229-0.9409
110.3963-0.25340.34340.30750.04870.5353-0.0559-0.1588-0.3560.06610.0136-0.12060.17990.1729-00.42970.03150.00180.45970.15490.622720.6735-1.107141.5944
12-0.0017-0.0477-0.00540.20560.18410.15090.008-0.4763-0.0220.5431-0.2149-0.0546-0.10590.0843-0.01080.4460.0069-0.05270.77880.13210.501415.479411.795455.2767
130.29470.1982-0.42070.03940.10860.70280.0157-0.1415-0.0711-0.0209-0.03480.0074-0.0370.0742-00.37810.0075-0.02320.4520.04670.46157.707513.749642.1617
140.45380.20630.18060.1642-0.2620.5178-0.00020.0259-0.25420.00060.0333-0.14190.09050.1275-00.42550.00780.02860.37620.03030.502211.46148.354530.7922
150.1278-0.03320.0870.1611-0.12890.23030.05950.0424-0.0752-0.0627-0.128-0.2320.0864-0.2481-00.4017-0.00470.01870.42420.00520.43522.29876.239223.3207
160.09170.1164-0.02290.1701-0.06520.05110.05690.22230.0847-0.2092-0.0171-0.33420.0714-0.187500.51170.02920.03320.44220.00680.478510.90098.435314.0382
170.48420.34320.08640.16320.0120.3692-0.0010.1504-0.1657-0.0455-0.0545-0.0620.0623-0.1666-00.40710.0223-0.00030.39350.02680.38863.972214.551926.9245
180.3666-0.00530.01150.28010.22480.13980.2556-0.06120.12450.1029-0.068-0.0269-0.473-0.11930.00010.4282-0.02830.00320.47980.04810.4687-1.891126.529543.0903
190.0056-0.02750.01020.0411-0.01210.0017-0.33480.0466-0.26270.21540.07270.1039-0.30580.293900.46880.0022-0.01580.72070.05190.3296-18.270420.057170.0758
200.01580.00470.0180.00220.0060.01890.09710.0409-0.33340.0786-0.05650.1866-0.26550.2170.00010.65620.11750.04150.72810.17280.5518-21.989112.320374.1076
210.0184-0.0275-0.00240.04890.02820.0184-0.176-0.22670.1878-0.11730.16830.2655-0.1141-0.043-00.423-0.01670.09770.4873-0.02660.4352-23.978924.097265.3481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 50 through 69 )F50 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 70 through 82 )F70 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 83 through 101 )F83 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 102 through 125 )F102 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 126 through 134 )F126 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 135 through 148 )F135 - 148
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 149 through 158 )F149 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 159 through 167 )F159 - 167
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 243 )A1 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 244 through 435 )A244 - 435
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 88 )B2 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 89 through 127 )B89 - 127
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 128 through 215 )B128 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 216 through 266 )B216 - 266
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 267 through 311 )B267 - 311
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 312 through 338 )B312 - 338
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 339 through 400 )B339 - 400
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 401 through 441 )B401 - 441
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 13 through 24 )F13 - 24
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 25 through 36 )F25 - 36
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 37 through 49 )F37 - 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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